基于网络药理学和分子对接探讨黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探索黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的分子机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台对黄连温胆汤药物活性成分及药物作用靶点基因进行筛选。通过Genecards数据库、DisGENET数据库查找幽门螺杆菌相关性胃炎疾病相关靶点,利用维恩在线绘图工具获得疾病与药物的共同靶点基因。利用Cytoscape 3.8.2软件以及STRING数据库分别构建药物-化合物-靶点相互作用网络及蛋白质-蛋白质相互作用网络图。运用DAVID数据库进行基因本体功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。选取度值排名前3的靶点蛋白和活性成分使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。共筛选得到槲皮素、川皮苷、柚皮素等127种黄连温胆汤药物活性成分,并获得Akt1、JUN、TNF-α、STAT3等101个潜在靶点蛋白,涉及P53信号通路、NOD样受体信号通路、TNF信号通路等90条信号通路。分子对接结果显示关键靶点STAT3、TP53、Akt1与活性成分槲皮素、川皮苷、柚皮素的亲和力较好,其中以Akt1与柚皮素的结合能力最强。通过分析黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作...     

三七-白及药对作用机制的网络药理学分析

通过网络药理学的方法,研究三七-白及药对在疾病治疗过程中潜在的药理作用机制.采用TCMSP数据库筛选三七-白及药对的活性成分和作用靶点,并用Uniprot数据库校正靶点信息得到靶点基因,利用CTD数据库获得靶点基因相关的疾病类型,通过STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络,分析得到核心蛋白,运用DAVID数据库富集分析靶点基因参与的基因本体论(GO)生物学过程及京都基因与基因百科全书(KEGG)通路.共筛选得到17个活性成分,涉及193个作用靶点.结果表明:槲皮素、β-谷甾醇和豆甾醇的作用靶点数目最多;靶点基因与35类疾病相关,主要包括癌症、神经系统疾病、心血管疾病等;蛋白相互作用网络分析得到核心蛋白AKT1,MAPK1,c-Jun,P53,TNF等;靶点基因主要涉及药物反应,RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等91条GO生物学过程,KEGG通路显著富集到癌症通路、乙型肝炎等66条通路,与前述疾病分析结果相符.     

四磨汤治疗功能性胃肠病机制的网络药理学分析

目的构建四磨汤活性成分-作用靶点网络和蛋白相互作用网络,富集靶点信号通路,探讨其治疗功能性胃肠病的作用机制。方法以四磨汤中槟榔次碱、槟榔碱、去甲槟榔次碱、去甲槟榔碱、木香烃内酯、去氢木香内酯等22个活性成分为研究对象,运用TCMSP及BATMAN-TCM数据库以及Pharm Mapper反向分子对接服务器预测四磨汤活性成分对应的靶点,将其与GeneCards、DisGeNET、OpenTargets、CTD数据库中功能性胃肠病靶点进行比对找重,采用Cytoscape 3.5.1软件构建活性成分-靶点网络,STRING平台构建靶蛋白互作网络,借助DAVID平台对靶点KEGG通路进行分析。结果 22个四磨汤活性成分作用的190个靶点,主要富集在神经-递质相关的5-羟色胺能突触、多巴胺能突触;平滑肌运动相关的钙信号通路、c AMP信号通路;以及炎症相关的TNF信号通路、NF-κB信号通路等17条信号通路。结论四磨汤治疗功能性胃肠病的主要机制在于其多成分、多靶点调控胃肠神经传导、平滑肌运动以及炎症。     

基于网络药理学的忧遁草治疗乙型肝炎的成分分析及作用机制研究

目的:以网络药理学知识为基础,探寻忧遁草治疗乙型肝炎的活性成分与作用机制.方法:基于传统中草药数据库与化合物信息数据库全面挖掘忧遁草活性成分,利用虚拟对接平台预测筛选各组分靶蛋白,通过化合物-蛋白-疾病互作网络确定忧遁草治疗慢性乙型肝炎的重要靶点,结合生物信息学手段、GO分析及KEGG信号通路富集,分析忧遁草治疗慢性乙型肝炎的活性成分及分子机制.结果:获得忧遁草类药成分27种,其中治疗乙型肝炎有效成分16种,数据库挖掘及维恩分析获得疾病-化合物重叠靶基因20个,筛选出关键节点与Hub节点,富集分析显示忧遁草可能通过凋亡、炎症、免疫等多个方面,对多个靶点、多个通路产生调控作用.结论:忧遁草可能通过多重作用靶点,参与调控多条主要信号通路,影响多类细胞的功能,从而起到治疗乙型肝炎的作用.     

基于网络药理学与分子对接技术的催汤颗粒治疗新冠肺炎研究

借助数据库对催汤颗粒主要化学成分和潜在靶点进行整理,获取化合物靶点相互作用(PPI)图,对核心靶点展开分析;运用分子对接技术虚拟筛选与病毒结合力较强的活性成分,预测可能的结合位点.筛选获得催汤颗粒化合物120个,涉及479个核心靶点,与冠状病毒靶点(351个)交叉60个.催汤颗粒主要对细胞表面信号转导、分子功能、磷酸化...     

基于网络药理学与分子对接探讨“萆薢-菟丝子”药对治疗慢性前列腺炎的分子机制

应用网络药理学与分子对接揭示“萆薢-菟丝子”药对治疗慢性前列腺炎的分子机制,为其临床应用提供新的理论依据及研究思路.从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得“萆薢-菟丝子”药对主要活性成分,利用PubChem数据库以及SwissTargetPrediction平台数据库获取主要活性成分的药物靶点,由GeneCards数据库、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNET数据库中获得慢性前列腺炎疾病相关靶点,与先前获得的药物靶点进行交集,获得共有靶点.利用DAVID 2021在线数据库对共有靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;应用STRING11.5在线数据库构建共有靶点蛋白互作网络(PPI)分析;最后通过Discovery Studio2019对靶点蛋白与关键化合物进行分子对接评价.共筛选出13个“萆薢-菟丝子”主要活性成分,包括Diosgenin薯蓣皂素、Sesamin芝麻素、NSC63551柱头甾醇、Isorhamnetin异鼠李素、beta-sitosterol β-谷甾醇等;药物靶点312个,与疾病...     

基于网络药理学和分子对接探讨虎杖调控铁死亡治疗动脉粥样硬化作用机制

目的:以网络药理学和分子对接分析的方法,系统研究虎杖调控铁死亡抗动脉粥样硬化(AS)的机制,为开发治疗AS的新药提供理论依据。方法:采用TCMSP数据库对虎杖的活性成分和治疗靶点进行预测和筛选。通过GeneCards数据库和Drugbank数据库获取AS的疾病靶点。利用Venny在线工具获得虎杖活性成分和AS的共同作用靶点。在Cytoscape3.9.1软件绘制活性组分和靶点网络图,STRING数据库分析了蛋白-蛋白相互作用(PPI),利用Metascape数据库对交叉靶点进行了GO生物富集及KEGG富集分析。运用GeneCards数据库和FerrDb数据库获得调控铁死亡基因,综合分析虎杖活性成分、AS、铁死亡3者关系并进行分子对接。分子对接研究由SYBYL-X 2.0软件进行验证完成。结果:得到的虎杖的活性成分有10个,对应靶点252个,AS靶点1328个,铁死亡对应靶点887个,3者取交集基因得到44个,蛋白互作分析发现TP53、JUN和IL-6为调控铁死亡治疗AS主要靶点,KEGG富集结果发现,虎杖调控铁死亡治疗AS通过介导MAPK信号通路。分子对接结果表明,虎杖药物主要活性成分...     

基于网络药理学预测地瓜藤抗糖尿病的作用及分子机制

研究运用网络药理学方法筛选地瓜藤的活性成分,并构建地瓜藤活性成分—作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的生物功能和通路进行分析,探讨地瓜藤抗糖尿病的作用及机制。整理文献报道,并结合BATMAN数据库及TCMSP数据库获取地瓜藤的活性化合物,再通过TTD数据库筛选地瓜藤活性化合物的作用靶点,建立靶点数据集,OMIM数据库筛选糖尿病相关的靶标,PPI数据库构建地瓜藤和糖尿病的交互靶标,用Cytoscape软件构建"成分-靶点-疾病"交互网络图,并通过生物学信息注释数据库(DAVID)富集分析涉及的靶点基因功能及信号通路。筛选得到地瓜藤10个活性成分,网络分析表明地瓜藤活性成分涉及细胞肿瘤抗原p53、雌激素受体、Caspase-3、胰岛素受体、转录因子E2F1等靶点39个,通过调节胰岛素抵抗、TNF信号通路、2型糖尿病信号通路、胰岛素信号通路等信号通路来发挥其抗糖尿病的作用。研究结果体现了地瓜藤抗糖尿病具有多成分—多靶点—多途径的特点,为进一步研究地瓜藤抗糖尿病的作用及分子机制提供了新思路和新目标。     

基于网络药理学和分子对接探讨桂芍镇痫片治疗颞叶癫痫的作用机制

基于网络药理学研究桂芍镇痫片抗颞叶癫痫的作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台检索桂芍镇痫片的有效成分和作用靶点，使用Uniprot数据库进行标准基因名转化；通过OMIM,GeneCards和DrugBank数据库检索颞叶癫痫相关的疾病靶点，使用维恩图获得桂芍镇痫片治疗颞叶癫痫的交集靶点；运用Cytoscape 3.8.2软件构建药材-成分-靶标网络图，分析核心成分和关键分子靶点；使用基因本体富集和京都基因与基因组百科全书分析靶点的生物学过程和相关通路；使用前三个关键靶点与其对应的前两个核心化合物进行分子对接验证。通过筛选，共获得127个有效成分和46个相关靶点，其中，β-谷甾醇、槲皮素、山柰酚等14个成分发挥核心作用，涉及CALM1、SCN5A、GSK3B等11个关键靶点。抗癫痫作用主要涉及膜电位调节、药物响应等生物学过程，突触后膜和树突等细胞组成，离子通道和钙调蛋白等分子功能，神经活性配体-受体相互作用、尼古丁成瘾等相关通路。分子对接结果显示CALM1、SCN5A、GSK3B三个靶点分别和对应的核心化合物有较好的结合能力。桂芍镇痫片通过减轻氧化损伤和保护神经元，影响离子通道和...     

基于BATMAN-TCM在线分析平台的浙贝母-瓜蒌配伍治疗慢性阻塞性肺病的网络药理学研究

基于中药分子机理的生物信息学分析工具（bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine,BATMAN-TCM）挖掘浙贝母-瓜蒌治疗慢性阻塞性肺病的分子作用机制。应用BATMAN-TCM预测浙贝母-瓜蒌的潜在靶点,GeneCards数据库检索慢性阻塞性肺病的靶点;应用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-疾病-靶点相互作用网络、蛋白质-蛋白质相互作用( protein-protein interaction,PPI) 网络,进行基因本体( gene ontology,GO) 功能富集分析和京都基因与基因组百科全书( Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG) 的生物通路富集分析。结果筛选得到浙贝母-瓜蒌中21种活性成分,基于STRING构建的浙贝母-瓜蒌靶点PPI网络包含131个节点和236条相互作用关系,关键节点包括ANXA1、EDN1、HDAC1、RXRA、ADRA2A、OXT、RXRB等。GO富集分析途径主要涉及离子门控通道活性、底物特异性通道活性、被动跨膜转运活性、细胞外配体门控离子通道活性、神经递质受体活性、配体门控离子通道活性等。KEGG通道分析主要涉及神经活动配体-受体相互作用、cAMP信号通路、钙离子信使通路、类胆碱能突触、逆行内源性大麻素信号传导、5-羟色胺能突触、多巴胺能突触等途径。研究结果提示浙贝母-瓜蒌关键的作用靶点包括ANXA1、HDAC1等,信号通路方面涉及类胆碱能、5-羟色胺、多巴胺等神经受体相关通路,体现了中药复方的整体性特点,为进一步研究浙贝母-瓜蒌的分子作用机制提供了新思路。     

桃蚜关键抗性基因挖掘及抗蚜Cry蛋白预测

为了挖掘桃蚜(Myzus persicae)的关键抗性基因并构建抗性调控网络,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异表达基因分析(DEGs)对桃蚜抗性研究的GEO数据库进行分析,筛选出2 426个枢纽基因和2 263个差异表达基因探针.将关键抗性基因在String数据库中进行蛋白质相互作用(PPI)分析,获得154个桃蚜关键抗性基因,并绘制桃蚜的抗性调控网络.结果表明:acpp基因的上调表达可能是大多数Cry蛋白不能有效杀死桃蚜的原因之一;参考抗蚜Cry1Cb2蛋白和11个靶标蛋白的对接规则,通过同源建模和分子对接等生物信息学技术,预测了10个新的Cry蛋白可能对桃蚜具有杀虫活性.     

黄连中抗肿瘤生物碱的计算机虚拟筛选研究

运用计算机辅助药物设计寻找黄连抗肿瘤生物碱成分.以"黄连"为关键词,在TCMSP数据库中搜索生物碱类化学成分,从Pubchem数据库下载相应化合物结构;再从蛋白质数据库中下载与抗肿瘤作用明确的17个靶点蛋白,采用Sybyl软件中蛋白质预处理工具确定活性区域,应用Surflex-dock模块对小分子与靶蛋白进行分子对接,通过Total Score打分函数筛选出活性成分,采用Discovery Studio软件分析结合最好的蛋白复合体的相互作用力.筛选出具有较好结合活性的化合物9个,其中非洲防己碱、巴马亭、N-反式-阿魏酰酪胺具有多靶标活性;蛋白复合体的分析结果显示氢键、疏水作用力在对接中发挥着重要作用.     

基于网络药理学和分子对接技术探讨鬼针草对结肠炎的治疗作用及机制研究

利用网络药理学方法,研究鬼针草(Bidens pilosa L.)治疗结肠炎的潜在药效物质基础和分子机制,为其后续体内外基础研究提供一定的理论依据.通过TCMSP数据库检索鬼针草化学成分;结合PubChem数据库和Chemicaldraw软件获得化合物SDF格式文件,并在SwissTarget Prediction对化合物进行靶点预测;通过GeneCards数据库查询结肠炎的相关靶点;借助Uniprot数据库;使靶点的蛋白和基因信息标准化;制作分子预测靶点和疾病靶点韦恩图,获得交集基因;借助String数据库,筛选核心靶点,使用Cytoscape3.7.2软件构建成分靶点图和PPI网络互助图.再通过Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.TCMSP数据库筛选到OB≥30且DL≥0.18的活性成分6个,SwissTarget Prediction靶点预测,去除重复靶点后剩下137个靶点,GeneCards数据库获得疾病靶点203个,共有靶点19个.Metascape数据库GO富集分析得到29个条目(P<0.05),KEGG通路富集得到相关通路5条(P&l...     

基于HPLC-Q-TOF-MS/MS技术的石见穿化学成分分析及其治疗胃癌的网络药理学探究

为了探究石见穿主要成分,分析其治疗胃癌的可能机制及作用靶点,借助HPLC-Q-TOF- MS/MS技术对石见穿水提物进行分析,并运用TCMSP平台筛选石见穿潜在活性成分,从石见穿水提物中共鉴定出48个化合物,主要包括酚酸类、黄酮类等化学成分,其中,具有较好体内活性作用的成分共计9个.通过搜索SwissTargetPrediction数据库得到活性成分的治疗靶点,并与DisGeNET数据库检索所得的胃癌靶点取交集,获得石见穿治疗胃癌的靶点共计18个.通过DAVID进行GO和KEGG富集分析,发现石见穿在胃癌治疗中共涉及到48个生物过程（BP）,8个细胞组分（CC）、27个分子功能（MF）及8条通路.最后,运用STRING数据库及Cytoscape软件构建PPI网络,结果表明EGFR、CDH1、CTNNB1、PTGS2、EGF等在内的靶点蛋白在PPI网络中发挥着关键作用.由此,可得出结论,石见穿体内活性成分较为丰富,主要通过对药物反应、质膜、酶结合等,发挥抑制增殖、迁移,诱导凋亡,降低耐药等作用而治疗胃癌.     

基于网络药理学技术的肉苁蓉治疗便秘的分子机制研究

运用网络药理学探讨肉苁蓉治疗便秘的作用机制.通过TCMSP数据库和文献挖掘获取肉苁蓉潜在活性成分,并结合Pharmmapper数据库、OMIM和GeneCards数据库分析其治疗便秘的作用靶点.采用String数据库得到靶点蛋白互作网络关系,运用R软件包clusterProfiler对靶点进行GO功能富集分析和KEGG...     

当归治疗乳腺癌网络药理学机制研究

运用网络药理学探讨当归治疗乳腺癌的作用机制。运用中药药理学数据库(TCMSP)设定药物口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18,筛选出当归125种活性成分,通过Gene Cards、OMIM等数据库查寻乳腺癌基因。使用Cytoscape软件构建当归治疗乳腺癌的“成分-靶标-疾病”网络图,将关键核心靶点导入STRING库,绘制蛋白质互作(PP2)网络图,对PPI可视化分析。对核心靶点进行GO、KEGG分析,探究当归治疗乳腺癌的物质基础及作用机制。筛选出当归主要有效活性成分2个,作用于40个靶标,GO功能富集提示的生物学过程及功能集中在G蛋白偶联胺受体活性(9个蛋白)、突触后神经递质受体活性(7个蛋白)、神经递质受体活性(7个蛋白)、被动跨膜转运蛋白活性(7个蛋白)等。KEGG分析揭示当归治疗本病主要以Ca信号、p53信号、Estrogen信号等通路为主。通过本次研究可探讨当归治疗乳腺癌的机制,为新药等研发提供依据。     

基于网络药理学的当归芍药散治疗PD机制研究

通过计算机技术筛选当归芍药散治疗帕金森病的主要活性成分及其潜在作用靶点,探讨当归芍药散对帕金森病的多成分群-多靶点群-疾病的有效的分子机制和通路.应用TCMSP数据库总结整理当归芍药散中当归、芍药、茯苓、白术、泽泻、川芎的成分和作用靶点,并以OB≥30%、DL≥0.18为标准筛选出有效成分,合并六种药物的主要有效成分,去除重复项后获得当归芍药散的主要有效成分,去除非人源蛋白及重复项后,运用Uniprot数据库查询靶蛋白对应的基因名.然后通过TTD、Genecards、OMIM数据库提取PD疾病的相关靶点基因,进行Venn分析选取两者交集的靶蛋白,导入String数据库进行蛋白质相互作用分析和cytoscape3.8.0软件建立成分-靶点-疾病网络进行拓朴异构分析,再采用DAVID在线分析数据工具和FunRich对筛选出的共同靶点进行GO和KEGG富集分析.筛选得到当归芍药散的的54个活性成分及作用于帕金森病的靶点46个,主要与PTGS1、PTGS2、NR3C2、NCOA2、PGR、CHRM1等靶点有关;PPI网络涉及43个节点,184条边;以P<0.05进行筛选,得到GO生物过程...     

麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎邪热壅肺证的潜在药效物质及作用机制探析

将网络药理学和分子对接技术相结合,旨在探析麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)邪热壅肺证的潜在药效物质,并预测其作用机制.首先利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选麻杏石甘汤的主要活性成分及作用靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建"活性成分-靶点"网络并进行分析.借助Uniprot数据库和Genecards数据库分别获取靶蛋白基因名和疾病相关靶点,将二者的共同靶点上传STRING数据库构建蛋白质相互作用核心网络,筛选出核心靶标.通过DAVID 6.8数据库进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析.最后利用分子对接软件将关键活性成分与潜在治疗COVID-19的作用靶点进行对接筛选.结果表明,麻杏石甘汤采用多种活性成分作用于多个靶点,通过炎症通路、抑制细胞因子风暴、免疫调节等多条途径,从而对新型冠状病毒肺炎发挥治疗作用.     

基于网络药理学探究百合抗抑郁的作用机制

通过网络药理学的方法探究百合抗抑郁的作用机制.利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库,以生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为条件筛选百合活性成分及抗抑郁的靶点,构建成分-靶点、关键靶点蛋白网互作图、靶点基因GO富集及KEGG通路分析.结果表明,通过筛选获得7个符合标准的活性成分、85个与抑郁相关的靶点,GO富集分析得到17个生物学功能,KEGG通路分析得到11条显著富集的通路.百合通过多靶点、多通路、多成分发挥抗抑郁的作用,可能是通过胆碱能突触、神经活性配体-受体、p53信号通路、钙信号通路等信号通路发挥复杂的调节作用.     

基于网络药理学研究槐花丸治疗结肠炎机制

通过网络药理学的方法对槐花丸治疗结肠炎的作用机制进行探索和研究.通过TCMSP和ETCM数据库找到槐花丸的主要成分,通过Swiss Target Prediction对成分靶点进行预测;使用OMIM、GeneCards、TTD Database和MalaCards数据库以"colitis"为关键词进行检索,获得结肠炎相关的疾病靶点;将疾病靶点与主要成分靶点进行交集得出药物作用成分;使用Cytoscape软件绘制出药物的主要作用成分-靶点相互关系网络图;使用STRING平台导出药物的蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络图.应用DAVID数据库对核心靶点进行GO分析及KEGG相关通路分析,并对KEGG信号通路进行可视化.得到槐花丸共有54个主要作用成分,其中26个成分活性较好,可能作用于STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、TNF、VEGFA等关键靶点,参与91条信号通路.通过绘制药物成分-疾病靶点网络、药物蛋白与蛋白相互作用网络等多条途径,对槐花丸治疗结肠炎的作用机制进行了初探和研究,为其他相关研究提供了依据,为其后续临床疗效评价指标的筛选提供了研究方向.