水稻高亲和力磷酸盐转运蛋白基因的克隆、表达及检测

以水稻（粳稻）cDNA为模板,设计一对特异性引物,获得编码水稻高亲和力磷酸盐转运蛋白基因的全序列,ORF区编码含535个氨基酸的蛋白,具有磷酸盐转运蛋白保守的蛋白激酶C作用位点、N端糖基化位点与酪蛋白激酶Ⅱ作用位点Southern blot分析显示此基因在水稻基因组中具有多个拷贝,与水稻基因组序列分析结果一致Westernblot预测目的基因表达的蛋白大小约为57．7ku．该基因的真核表达研究正在进行中．     

卷枝毛霉苹果酸转运蛋白生物信息学分析

借助生物信息学技术预测分析卷枝毛霉苹果酸转运(malate transporter,MT)蛋白的理化特性、空间结构及功能位点,通过Protpara、PredictProtein、TMHMM Server、NetPhos等在线分析工具对MT蛋白的基本性质和结构进行分析预测.结果表明,MT蛋白疏水性强且性质稳定,属于非分泌...     

水稻(Oryza sativa L.)磷酸盐转运蛋白编码基因的表达研究

研究揭示了水稻磷酸盐转运蛋白编码基因的表达．低磷处理下，根系与叶片中的PTW-J，转录子迅速表达，处理7d时达到最高表达量．PTW-J mRNA的诱导积累具有元素的专一性，因为在缺氮、缺钾与缺铁情况下此基因不表达．缺磷处理后恢复供磷，PTW-J转录子积累量明显降低．这些结果说明，PTW-J基因表达是对磷素缺乏的早期反应机制．     

乳牛肝菌发酵条件的优化

探究乳牛肝菌在液态培养基中的发酵生长曲线,采用单因素实验对乳牛肝菌的发酵条件进行优化.实验结果表明,乳牛肝菌发酵培养可分为四个时期:第3⁵d为延滞期,第55d为延滞期,第5¹2d为快速生长期,第1212d为快速生长期,第12¹4d为稳定期,第14d后进入衰亡期.适宜的发酵条件为:最适接种量为6%14d为稳定期,第14d后进入衰亡期.适宜的发酵条件为:最适接种量为6%⁸%,最适乳牛肝菌种子液种龄为58%,最适乳牛肝菌种子液种龄为5⁷d,最适初始pH值为6.0,最适装液量为100mL/250mL,最适摇床转速为140r/min,适宜的封口材料为封口膜,最适培养温度范围为247d,最适初始pH值为6.0,最适装液量为100mL/250mL,最适摇床转速为140r/min,适宜的封口材料为封口膜,最适培养温度范围为24²6℃.在优化条件下,乳牛肝菌的菌丝体干重生物量可达3.26g/L,是初始干重的20倍左右,比优化前提高了33.1%.     

编码普通野生稻磷酸盐转运蛋白基因片段的分离与克隆

以云南普通野生稻基因组DNA为模板，根据GeneBank中登记的编码小麦高亲和力磷酸转运蛋白基因保守序列设计一对特异引物，利用多聚酶链反应技术（PCR），扩增出目标基因（cwrpt)1002bp长度的基因片段并克隆到载体pGEM-T。经DIG标记探针杂交检测初筛，限制性内切酶酶切，PCR扩增，DNA序列分析与可能氨基酸序列同源性比较，此推定的氨基酸序列与小麦，水稻，拟南芥，番茄磷酸转运蛋白同源性很高，初步认为此基因片段为普通野生稻耐低磷胁迫相关磷酸盐转运蛋白的编码基因，获得全长序列与基因表达的进一步研究正在进行中。     

高亲和力钠离子依赖二羧酸转运蛋白基因的克隆、表达及亚细胞定位研究

为了研究高亲和力钠离子依赖二羧酸转运蛋白(high affinity sodium-dependent dicarboxylate transporter,SDCT2,NaDC3)的功能,从小鼠肾组织中克隆出了其cDNA基因,并对其结构特征、基因表达谱及细胞内定位情况进行了分析。结果显示NaDC3蛋白由600个氨基酸组成,同源性分析表明其氨基酸序列与大鼠及人NaDC3分别有97％和87％相同。二级结构分析显示,该蛋白有13个跨膜α-螺旋区。Northern杂交显示该基因可在肾、肝、脑、胎盘等多种组织中表达。激光共聚焦显微镜观察显示该蛋白定位于肾小管上皮细胞膜上。     

稻瘟病菌中己糖载体蛋白的生物信息学分析

己糖载体蛋白是一种重要的糖载体蛋白,主要用于己糖的摄取和运输。本文通过生物信息学的方法,研究发现稻瘟病菌有67个可能的己糖载体蛋白。其中,MGG 06203、MGG 03620、MGG 15700、MGG 00040、MGG 13651、MGG 05946的氨基酸序列分别与Neurosporacrassa、Aspergillusnidulans和Colletrotrichumgramini-cola中已鉴定出的己糖载体蛋白高度同源。此外,稻瘟病菌不同的己糖载体蛋白基因在附着胞形成的各个阶段表达量存在很大的差异,尤其是其中有25个基因在稻瘟病菌侵染水稻48 h后有明显上调表达,表明它们可能参与了稻瘟病菌的致病过程。     

梅花鹿抗病毒蛋白的生物信息学分析

通过在线生物软件分析梅花鹿四种抗病毒蛋白A3Z2、BST-2A、BST-2B和SAMHD1蛋白的生物信息学特性。从转录组中获得四种蛋白的基因序列,应用Prot Param、Protscale、SOPMA、TMHMM、Target P、Signal P、Motif Scan、Interproscan以及BLAST等在线软件分析蛋白的理化性质、二级结构、穿膜域、结构域等等。首次获得了四种抗病毒因子的基因和蛋白序列,梅花鹿A3Z2基因编码393个氨基酸,相对分子质量为47.59 k Da,碱性,不稳定性亲水蛋白,无信号肽和跨膜结构域,胞内定位,具有糖基化和磷酸化位点,两个胞嘧啶脱氨酶结构域。梅花鹿BST-2A和2B基因编码159个氨基酸,相对分子质量为17.69 k Da和18.12 k Da,酸性,不稳定性亲水蛋白,无信号肽,BST-2A有两个跨膜结构域,BST-2B有一个跨膜结构域,膜定位,具有糖基化和磷酸化位点。梅花鹿SAMHD1基因编码613个氨基酸,相对分子质量为70.51 k Da,碱性,不稳定性亲水蛋白,无信号肽和跨膜结构域,胞内定位,具有磷酸化位点,d NTP磷酸水解酶活性结构域。梅花鹿A3Z2、BST-2A、BST-2B和SAMHD1蛋白具有潜在的抗病毒能力。     

甜瓜持绿蛋白的生物信息学分析

采用生物信息学方法,对甜瓜持绿蛋白(stay-green protein,SGR)理化性质、信号肽、前导肽、功能型位点、疏水性和亲水性、跨膜结构域、蛋白质二级结构和三级结构进行预测和分析,并构建系统进化树.结果表明:甜瓜含有4个持绿蛋白家族成员,进化分析发现有2个同源基因对,同源的基因对之间功能上完全冗余,4个蛋白都不具有信号肽和跨膜结构域,属于非分泌型蛋白,推测SGR可能在细胞质基质中发挥功能.采用同源建模法预测其三级结构,并通过拉氏构象图分析准确性和合理性,证明了同源建模的结果相对可靠性.     

粘盖牛肝菌菌丝发酵养条件研究

研究了武陵山粘盖牛肝菌菌丝体的液体培养基和培养条件.结果显示,粘盖牛肝菌菌丝体液体发酵的最适培养基为:玉米粉4.0%,麸皮5.0%,磷酸二氢钾0.10%,硫酸镁0.05%;最适培养条件为:培养液pH 6.0,装液量75 mL.250 mL-1三角瓶,接种量9.0%,培养温度28℃,摇床转速170 r.min-1,培养时间6 d.在此培养条件下,粘盖牛肝菌菌丝体生长好,菌丝体产量达到(0.414 8±0.009 0)g.l00 mL-1.     

数据库技术在生物信息学中的应用

阐述了生物信息学研究中重要的数据库及其应用,并对其发展进行了展望.     

基于共表达网络对OLR1在头颈肿瘤发生发展及预后判断的生物信息学分析

mRNA基因芯片表达谱为头颈癌（HNC）的分子生物学诊断及研究HNC的生物过程提供了诸多重要生物学信息。目的：通过生物信息学技术研究HNC基因表达谱,从而发掘头颈癌新的分子标志物。方法：我们对4个GSE数据集和TCGA头颈癌数据库进行了综合分析,鉴定出HNC和相邻正常组织样本中3639个差异表达基因（DEGs）,然后应用加权基因共表达网络分析相关差异表达基因DEGs和HNC临床特征之间的关系。结果：鉴定出15个共表达基因模块。其中蓝绿色基因模块所对应HNC患者的风险比最高（HR =6.16, P<0.00001）。通过对该模块的进一步研究,我们发现氧化低密度脂蛋白1（OLR1）的表达量与HNC患者的总体生存率呈显著负相关性。结论：OLR1在mRNA水平的表达水平可作为判断HNC患者生存预后的潜在分子标志物。     

生物信息学及其在病毒研究中的应用

介绍生物信息学的原理与方法及其在病毒研究中的应用。保守序列承担着极其重要的功能，通过多重序列对齐搜寻保守序列，是生物信息学方法的基础；敏感位点是一种反映蛋白质或核酸功能的特定模式，因此，通过数量关系的优化推导敏感位点，可用于分离病毒蛋白质与核酸相互作用位点；核苷酸和氨基酸序列只有形成了三级或四级结构才能表现功能，通过同源建模预测蛋白质的高级结构，有助于疫苗的研制、抗病毒药物的筛选以及药物的分子设计。预测RNA的三级结构大多从RNA折叠入手．病毒蛋白质三级结构预测比较成功的是日本脑炎病毒包膜糖蛋白的三级结构。     

耐辐射菌Micrococcus luteus SC1204总蛋白双向电泳体系的建立

以耐辐射藤黄微球菌Micrococcus luteus SC1204为研究对象,建立总蛋白双向电泳体系.结果表明,采用液氮研磨-酚/超高速离心法提取总蛋白,裂解液Ⅱ(8 mol/L尿素、2mol/L硫脲、60mmol/L DTT、4%CHAPS、40mmol/L Tris、1%pH 3~10NL IPG buffer、0.002%BPB)溶解蛋白,使用24cm、pH 4~7的IPG胶条,上样量250μg及等电聚焦7h(56000Vh),可获得满意分辨率的双向电泳图谱,适用于后续的质谱及差异蛋白质组分析.     

仿生计算的生物信息学应用及思考

仿生计算是目前比较热门的计算方法，生物信息学也是一个很有希望的交叉学科。本文归纳了仿生计算的特点，介绍了其在生物信息学中的最新的一些应用方法，并对仿生计算方法进行了思考和总结。     

21世纪的生物信息学述评

20世纪的生命科学研究对人类科学、化、经济、政治和生活等各方面产生了极大的影响。尤其是人类基因组计划（HGP）的提出和实施,不仅带动了自然科学和人社会科学的交叉与融合,而且推动了许多高新技术的发展和新兴学科的产生。分子生物学、计算生物学、计算机科学和信息技术学学科的交叉和融合产生的生物信息学（Bioinformatics)的形成和发展,对全球范围内广泛开展的各物种的基因组学、未来的后基因组学以及包括新药开发在内的新兴生物技术产业的发展等多个领域将产生重大影响。是21世纪生命科学和新兴生物技术发展的基石,然而,生物信息学毕竞是一门十分年轻的学科,还带有相当明显的计算生物学的印记。笔认为,生物信息学的内容应该从涵盖生命本质的遗传信息（生物信息流）的流动、传递、储存与复制、表达、重组的角度来全面解读。因此,笔对生物信息学这门崭新学科的相关基本概念、研究内容、目标、现状和发展进行了评述。     

磷酸酯类新型皮革加脂剂的研究

本文就磷酸酯类新型皮革加脂剂科研工作的项目水平、原料选择、工艺路线、工艺参数、应用试验等内容进行了较为详尽的阐述,并对有关的反应机理、产品特性加以探讨。     

磷酸盐单矿的微波合成

采用微波固相合成法 ,以化学试剂和溶胶 -凝胶法制备的干凝胶为前驱体 ,合成了磷酸盐单矿CaO·P2 O5(CP)、2CaO·P2 O5(C2 P)、4CaO·P2 O5(C4 P)、Ca2 (PO4 ) 3 OH(HAp) ,与电炉煅烧试样进行对比 ,通过X射线衍射(XRD)、红外 (IR)、扫描电镜 (SEM)等分析手段 ,研究了各单矿的合成和结构的差异。研究表明 :磷酸盐单矿在微波辐射下的合成温度较电炉低 ,合成速度快 ,且各单矿的化学活性有相应提高。     

锌钙系磷化膜层中钙的分光光度法分析

锌钙系磷化液属于室温磷化,形成的磷化膜结晶细致,在其磷化膜层上喷漆或涂塑均可获得细致、光亮的膜层,因此备受广大电镀工作者的青睐．其膜层中钙的含量直接影响到膜层的质量．但磷化膜层中钙的分析未曾见报道,作者拟采用ＣＨＣｌ３ ＋（ＮＨ４）６Ｍｏ７Ｏ２４ 溶液萃取分离ＰＯ３ －４ ,用偶氮氯膦Ⅲ对Ｃａ２ ＋ 显色进行分光光度法分析,并取得了满意的结果