基于网络药理与分子对接技术的乌梅清润茶防治咽喉疾病作用机制研究

采用网络药理学与分子对接技术筛选乌梅清润茶防治咽喉疾病的主要活性成分并研究其作用机制.利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)及文献挖掘的方式筛选乌梅清润茶活性成分及作用靶点,与OMIM和GeneCards数据库筛选咽喉疾病靶基因取交集获取潜在作用靶点.采用Cytoscape(3.7.1)软件建立"化合物-靶点网络"并...     

穿心莲用于妊娠胆汁淤积症的作用机制

目的:采用网络药理学方法全面系统筛选穿心莲治疗妊娠胆汁淤积症的作用靶点及相关信号通路,并通过动物实验进一步明确其作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库TCMSP筛选穿心莲的有效化学成分,整合多种系统生物数据库构建"活性成分-疾病-靶点"网络关系,对共有蛋白互作PPI网络基因进行功能富集分析,对有效成分进行动物实验验证...     

网络药理学对乳增宁胶囊治疗乳腺增生作用机制研究

目的:基于网络药理学探讨乳增宁胶囊治疗乳腺增生的作用机制并对核心靶蛋白进行实验验证.方法:通过中药系统药理学数据库平台(TCMSP)检索乳增宁胶囊所有药物的化学成分和相关作用靶点;采用GeneCard数据库检索乳腺增生的相关靶基因;后采用Perl语言软件筛选药物与疾病共同的靶点及药物的有效成分,并将药物与疾病共同靶蛋白...     

基于网络药理学探究"黄连-知母"治疗2型糖尿病的作用机制

基于网络药理学预测"黄连-知母"治疗2型糖尿病的活性成分、作用靶点、作用机制.采用中药系统药理学数据库和分析平台、PubChem数据库预测"黄连-知母"成分及靶点,采用GeneCards数据库预测2型糖尿病靶点,通过二者的映射获得共有靶点.使用DAVID数据库对共有靶点进行KEGG通路分析.构建"中药-成分-靶点-信号通路"可视化网络,从而预测"黄连-知母"治疗2型糖尿病作用机制.共筛得"黄连-知母"成分有甲基黄连碱、黄连碱、小檗浸碱等30个,成分-靶点491个,其中459个于2型糖尿病靶点重合.使用DAVID数据库对共有靶点分析,发现涉及蛋白质磷酸化、信号转导、凋亡过程的负调控、对药物的反应、细胞增殖的正调控等多个生物过程及P13K-Akt信号通路、MAPK信号通路、趋化因子信号通路、胰岛素信号通路等多个通路."黄连-知母"二药多种成分作用于多靶点、多通路,达到治疗2型糖尿病的目的.     

鸦胆子治疗卵巢癌作用机制的网络药理学研究

目的:通过网络药理学方法分析鸦胆子作用于卵巢癌的潜在基因靶点及信号通路,探讨其治疗卵巢癌潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索出鸦胆子的有效成分并预测其潜在基因靶点,利用DRUGBANK、DisGeNET、OMIM等数据库检索出与卵巢癌相关的基因靶点,Cytoscape软件构建出成分-基因靶点-信号通路的网络关系图,应用DAVID及KEGG分析出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制.结果:最终检索出鸦胆子有效成分12个,预测相关的基因靶点有124个;与卵巢癌作用机制有关的基因靶点有622个,其中二者有交集的关键基因靶点有33个;主要富集在mTOR、VEGF等14个信号通路,涉及细胞信号转导、基因表达调控及转录、翻译的调节等多个生物学过程.结论:应用生物信息学技术初步预测出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制,为进一步深入研究提供了参考和依据.     

基于网络药理学和分子对接技术研究艾叶对黑色素瘤的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨中药艾叶治疗黑色素瘤的作用机制.通过中药系统药理学数据库和分析平台筛选出艾叶的有效成分,通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库查找与黑色素瘤相关的靶点.采用Cytoscape3.7.1软件,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,借助STRING数据库平台构建蛋白质相互作用网络.并采用分子对接技术将主要活性成分槲皮素与FOS、HIF1A、IL-6、JUN、MAPK1、RELA进行分子对接.最后利用皮肤黑素瘤A375细胞模型进行体外实验验证,结果表明艾叶可能主要是通过其活性成分槲皮素实现其抗黑色素瘤的作用.     

基于网络药理学探究百合抗抑郁的作用机制

通过网络药理学的方法探究百合抗抑郁的作用机制.利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库,以生物利用度(OB)≥30％、类药性(DL)≥0.18为条件筛选百合活性成分及抗抑郁的靶点,构建成分-靶点、关键靶点蛋白网互作图、靶点基因GO富集及KEGG通路分析.结果表明,通过筛选获得7个符合标准的活性成分、85个与抑郁相关的靶点,GO富集分析得到17个生物学功能,KEGG通路分析得到11条显著富集的通路.百合通过多靶点、多通路、多成分发挥抗抑郁的作用,可能是通过胆碱能突触、神经活性配体-受体、p53信号通路、钙信号通路等信号通路发挥复杂的调节作用.     

基于网络药理学探讨人参治疗失眠的潜在分子机制与实验研究

应用网络药理学探讨人参治疗失眠的潜在分子生物学机制,并通过斑马鱼睡眠剥夺模型对相关靶点蛋白进行验证.从中药系统药理学分析平台(TCMSP)查询人参相关的化合物与作用靶点,并构建药物分子靶点网络;通过TTD、genecards数据库筛选与失眠相关靶标,利用STRING平台构建药物和疾病之间的靶点交互网络,然后运用网络拓扑...     

基于数据挖掘及网络药理学探讨中医药抗呼吸道合胞病毒的用药规律及作用机制

采用数据挖掘及网络药理学方法分析中药抗呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus, RSV)用药规律，并探讨核心中药可能的作用机制。利用中国知网数据库收集治疗RSV的含中药复方，应用SPSS Statistics 26.0软件对纳入标准的中药进行频次、性味归经、四气五味及其功效分类统计，并对频数大于5的中药进行系统聚类分析。使用中药系统药理学数据库分析平台进行成分、靶点筛选，将其靶点与在GeneCards及OMIM数据库筛选得到的RSV疾病靶点进行匹配，获取高频中药抗RSV的关键靶点；采用STRING、DAVID数据库对关键靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析及京都基因与基因组百科全书通路富集分析；最后通过Cytoscape 3.7.1软件构建中药-活性成分-关键靶点-通路网络，并进行拓扑分析。共获得符合标准的中药复方91个，涉及121味中药；其中以清热药、化痰止咳平喘药多见，以归肺、肝经居多，以寒温平、苦辛甘为主；麻黄、黄芩、甘草、苦杏仁累计频次最高且聚为一类。获得麻黄、黄芩、甘草、苦杏仁活性成分共126个；抗RSV关键靶点110个，核心靶点包括GSR、...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-白术-茯苓配伍治疗乳腺癌的作用机制

利用网络药理学和分子对接探讨黄芪-白术-茯苓配伍使用治疗乳腺癌的分子机制.采用TCMSP数据库获取黄芪、白术、茯苓的化学成分及其相关靶点,在GeneCards、OMIM数据库中收集乳腺癌疾病的相关靶点,利用Venny 2.1筛选出二者的共同靶点,由Cytoscape 3.7.2绘制可视化的药物-成分-靶点-疾病网络及PPI网络;通过DAVID数据库对靶点进行GO和KEGG分析,并运用SwissDock软件进行分子对接验证.发现黄芪-白术-茯苓的22个有效成分可以通过调控93个靶点和98条通路对乳腺癌产生作用,且筛选的靶点蛋白与关键活性成分具有较好的结合活性.表明黄芪-白术-茯苓可以通过多成分、多靶点、多途径发挥抗乳腺癌的作用,从而为其临床应用及相关机制的研究提供了理论依据.     

基于网络药理学挖掘连翘治疗胆汁淤积的机制

本文首先利用中药系统药理学数据库分析平台TCMSP构建连翘成分-疾病靶点网络及靶蛋白互作网络,采用R语言包进行生物功能（GO）和通路（KEGG）富集分析,再根据网络药理学结果,结合文献资料,采用SYBYL 2.1.1进行分子对接,分析连翘活性成分与胆汁酸调节通路关键靶点的相互作用。网络药理学筛选得到活性成分17个,核心靶点8个,主要涉及胆汁酸代谢转运、核受体反馈调控、胆红素转化、炎症氧化损伤的细胞应答等,分子对接显示这些连翘活性成分与核受体有较好结合,木脂素类可能是连翘抗胆汁淤积的主要活性成分群。连翘显示出通过多成分、多靶点、多途径方式作用于胆汁淤积关键靶标的潜力,通过核受体调控胆汁酸代谢、抗炎抗氧化损伤等可能是其抗胆汁淤积的主要机制,这为连翘治疗肝胆疾病的研究和开发提供了依据和参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨猫爪草治疗肺腺癌的作用机制

应用网络药理学和分子对接探讨猫爪草多成分、多靶点、多通路治疗肺腺癌的作用机制。根据口服利用度和类药性的分析条件,采用中药系统药理学数据库与分析平台数据库筛选猫爪草主要活性成分及作用靶点;疾病靶点在GeneCards和OMIM数据库中获得;利用R软件绘制维恩图,获得活性成分和疾病的交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;利用Bioconductor数据库对预测靶点进行GO(Gene ontology)功能富集分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路分析。结果表明:筛选出猫爪草的10个潜在活性成分和40个作用靶点,其中有36个靶点与肺腺癌相关;主要活性成分为β-谷甾醇、豆甾醇等,这些活性成分作用于PTGS2、BCL2、BAX、CASP9、CASP3、RXRA等靶点,通过调控神经变性的途径-多种疾病、神经活性配体-受体相互作用、小细胞肺腺癌、细胞凋亡、多细胞凋亡、铂类耐药、p53信号传导途径、大肠癌等通路发挥抗肿瘤作用。对猫爪草的有效成分和潜在靶点进行预测,为药物的应用和开发提供了新思路。     

黄芪治疗乳腺癌机制研究

基于网络药理学理论,采用生物信息学手段对中药黄芪中治疗乳腺癌有效成分及其机制进行探讨.一方面通过TCMSP中草药系统药理学平台筛选出黄芪的有效成分,另一方面通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank和DisGeNET等数据库查找与乳腺癌相关靶点.而后,利用筛选出的有效成分和靶点构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,借助STRING数据库平台探究蛋白质互相作用关系,并进行GO分析和KEGG通路富集分析.采用分子对接技术将黄芪中的主要活性成分槲皮素与JUN、RELA、ESR1、MYC、MAPK1、FOS、HIF1A、MAPK14、AKT1、CCND1和IL-2等靶点进行分子对接.最后进行槲皮素(quercetin)对人乳腺癌MCF-7和MDA-MB-435细胞模型进行体外实验验证,结果表明黄芪可能主要是通过其活性成分槲皮素实现其抗乳腺癌的作用.本研究初步探讨黄芪治疗乳腺癌具有的多靶点、多通路的潜在作用机制,可进一步为黄芪抗乳腺癌有效成分的筛选验证提供依据.     

基于网络药理学的桑白皮治疗2型糖尿病的作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨桑白皮治疗2型糖尿病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选桑白皮的活性成分及相应作用靶点,借助DrugBank、GeneCards和TTD数据库检索疾病靶点。活性成分靶点与疾病靶点取交集得到桑白皮作用于2型糖尿病的预测靶点,构建活性成分-潜在靶点网络图和关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络。将交集基因进行基因本体(gene ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及关键靶点之间的分子对接验证。预测得到桑白皮活性成分25个,桑白皮与疾病的交集靶点126个。PPI网络发现AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、TP53、CASP3等可能是桑白皮治疗2型糖尿病的关键靶点。GO富集分析涉及细胞因子信号转导通路、对脂质的反应和凋亡信号通路等生物过程。KEGG通路分析涉及糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、T...     

基于网络药理学和分子对接技术分析赤芍对黑色素瘤的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨中药赤芍治疗黑色素瘤的作用机制.通过中药系统药理学数据库和分析平台筛选出赤芍的有效成分,通过GeneCards,OMIM,PharmGkb和TTD数据库查找与黑色素瘤相关的靶点.采用Cytoscape3.7.1软件,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,借助STRING数据库平台构建蛋白质相互作用网络（protein-to-protein interaction,PPI）,应用Bioconductor平台对关键靶点进行GO分析和KEGG通路富集分析.采用分子对接技术将赤芍主要活性成分黄芪素与RELA,VEGFA,FOS,CASP3和HIF1A进行分子对接.最后,利用皮肤黑素瘤A375细胞模型进行体外实验验证,结果表明赤芍可能主要是通过其活性成分黄芩素实现其抗黑色素瘤的作用.     

基于网络药理学和分子对接研究十味益脾颗粒的作用机制

为了挖掘十味益脾颗粒中治疗脾虚食滞症的主要药效成分及其作用机制,通过相关文献以及中药系统药理学数据库与分析平台获取十味益脾颗粒中10味药材所含的主要化学成分并构建化学成分库,通过多个数据库构建相关靶点库;运用Genecards数据库、OMIM数据库、TTD数据库搜索积食、健脾有关的疾病靶点;通过化学成分-潜在靶点网络筛选关键成分和关键靶点,构建中药-关键成分-关键靶点-疾病网络筛选核心成分和核心靶点;使用SwissADME数据库对核心成分进行分析;采用CB-Dock网站进行分子对接。结果表明,槲皮素、茯苓酸A、茯苓酸C、β-谷甾醇是十味益脾颗粒中的核心成分,CA2、PTGS1、PTGS2是十味益脾颗粒作用的核心靶点。分子对接结果显示核心成分与核心靶点的亲和作用较好。该研究为深入诠释十味益脾颗粒的作用机制和临床应用提供了理论基础和数据支撑。     

基于网络药理学和分子对接探讨三黄泻心汤治疗阿尔茨海默病的机制

运用网络药理学方法探讨三黄泻心汤治疗阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease, AD)的作用机制。利用中药系统药理学数据库与分析平台检索并筛选出三黄泻心汤的有效成分及作用靶点。通过GeneCards数据库检索并筛选出AD相关靶点，维恩图获取药物与疾病交集靶点。使用STRING数据库得到蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络信息。使用Cytoscape构建药物-有效成分-靶点-疾病网络与PPI网络图，通过DAVID数据库对共同靶点进行GO(gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析。使用SYBYL-X 2.1.1软件进行分子对接验证。筛选出三黄泻心汤47个有效成分，71个药物与疾病交集靶点，主要活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、汉黄芩黄素、黄芩新素、半枝莲种素、苏荠苎黄酮，核心靶点为IL-6、TNF、IL-1β、VEGFA、TP53。GO功能分析主要涉及药物反应、缺氧反应、细胞迁移的正向调节、一氧化氮生物合成过程的正调控等生物过程，KEGG分...     

基于网络药理学和分子对接探讨蛇床子治疗乳腺癌的作用机制

利用网络药理学和分子对接探讨蛇床子抗乳腺癌的分子机制。采用中药系统药理学数据库与分析平台获取中药蛇床子的化学成分及其相关靶点,借助Uniprot数据库进行基因转换;在GeneCards、OMIM数据库中检索乳腺癌疾病的相关靶点;利用Venn在线软件获取药物与疾病的共同靶点;由Cytoscape 3.7.2绘制药物-成分-靶点-疾病网络;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;基于DAVID数据库对靶点进行基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析,运用AutoDock软件对蛇床子的关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果表明, 蛇床子的17个有效成分通过调控19个靶点和56条通路对乳腺癌产生作用,4个关键的化合物分别为β-谷甾醇、(E)-2,3-bis(2-keto-7-methoxy-chromen-8-yl)acrolein、豆甾醇、蛇床子素,可通过HSP90AA1、JUN、PRKACA、KDR等关键靶点介导癌症通路、癌症的蛋白聚糖、粘着斑、PI3K-Akt等信号通路发挥抗乳腺癌作用。该研究初步揭示了蛇床子抗乳腺癌的作用机制,为蛇床子的临床应用及其治疗乳腺癌的相关研究提供了理论依据。     

基于网络药理学与体外实验研究清髓消炎汤治疗骨髓炎的作用机制

通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库筛选经验方中的中药化合物及作用靶点;通过GeneCards、DRUGBANK、TTD数据库查找骨髓炎疾病相关靶点,取疾病与中药化合物靶点的交集靶点预测清髓消炎汤治疗骨髓炎的潜在靶点.运用Cytoscape软件构建分析“中药-成分-成分作用靶点-疾病靶点”网络图;利用STRING数据库平台分析作用靶点PPI网络;通过DAVID、微生信数据库对作用靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析.利用AutoDockTools及PYMOL软件对清髓消炎汤中核心靶点与疾病的核心靶点进行分子对接与体外实验验证清髓消炎汤对骨髓炎常见耐药菌MRSA的抑制,探索清髓消炎汤治疗骨髓炎的作用机制.筛选得到清髓消炎汤中289个成分靶点,骨髓炎有944疾病靶点,得到交集靶点83个.通过网络拓扑学分析得到主要有效成分quercetin、luteolin、fisetin、kaempferol、baicalein、naringenin,主要作用靶点TNF、IL-6、IL-10、STAT3、IL-1β、MAPK14等.主要成分与靶点分子对接结果均为负数,均有很好的自由结合能力.清髓...     

基于网络药理学卷柏活血通经的作用机制分析

通过网络药理学分析来探讨卷柏活血通经作用可能的分子作用机制.通过查阅文献及在TCMSP数据库中获取卷柏可能的主要活性成分,并对其进行筛选,利用Gene-Cards、OMIM数据库预测活血通经疾病(痛经、经闭、抗血栓、抗凝血)相关基因,构建卷柏活性成分-靶点-通路相互关系网络,对靶点进行GO及KEGG分析,结果显示,卷柏...