两株产人参皂苷糖苷酶酵母菌株的18S rDNA和ITS序列分析

对两株产人参皂苷糖苷酶的酵母菌株进行核糖体18S rDNA和ITS序列克隆测定,获得了长度分别为1 477和1 478 bp的18S rDNA序列和长度分别为791和727 bp的ITS序列,对获得的基因序列进行比对及同源性分析,结果显示,两株酵母菌的18S rDNA序列的相似性达100%,而ITS序列的相似性则为66%,均与NCBI数据库中登录的啤酒酵母的相应序列同源性最高.从GenBank中选取部分不同种属的酵母菌ITS序列,以ITS为对象构建系统发育树,从分子生物学角度确定了两株酵母菌为酵母菌属的不同种类.     

枝孢属11个种18S rDNA序列测定及与近似属序列分析

本文对枝孢属11个种单孢分离菌株18S rDNA进行了序列测定,并与其近似属尾孢菌属、假尾孢属、钉孢属、色链隔孢属、柱隔孢属及其有性型属球腔菌属进行了序列分析,构建系统发育树.结果显示色链隔孢属与枝孢属之间系统关系较近,尾孢属、钉孢属和柱隔孢属相互之间系统关系很近,而与假尾孢属系统关系较远.球腔菌属与所有参比无性型属的关系较远.     

产脂肪酶假丝酵母的筛选及其研究

从武汉油污样中分离获得一株高产脂肪酶酶的假丝酵母R－2．发酵研究表明,最适培养基为蛋白胨20g/L,蔗糖10g/L,橄榄油5g/L,(NH4)2SO41g/L,MgSO4.7H2O1g/L,K2HPOR1g/L和吐温－801g/L,最适产酶条件为30℃,初始pH7．0,转速200r/min,培养32h ,最高产酶活力达到1437u/mL,酶作用最适温度40℃,最适pH7.5。     

基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统发育关系

基于1 720 bp的18S rRNA基因序列以Darwinula sp.和Cytherelloidea. munechikai为外群,采用最大简约法（MP法）和邻接法（NJ法）对腺介虫亚目（Cypridocopina）3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析.结果表明：1） 现生腺介虫亚目动物为单系群;2） 两种营海水生活的介形类—海介虫总科（Pontocypridoidea）和大介虫总科（Macrocypridoidea）间的亲缘关系较近;3） 现生腺介虫总科（Cypridoidea）也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的Dolerocypris sp.与萤光介虫科的Candona holzkanpfi聚成一支;而萤光介虫科的Cypria crenulata和泥介虫科的Ilyocypris. angulata同时与腺介虫科其它动物聚为一支.     

基于18S rDNA、rbcL和atpB序列的轮藻科植物的系统发育研究

为找到适宜用于轮藻科植物系统发育研究的分子片段,对本研究所选轮藻进行18S rDNA、rbcL、atpB及18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合序列的多样性分析,并通过构建系统进化树的方法,开展系统发育研究.结果表明,18S rDNA序列较适宜用于研究轮藻科下两个族和各属间的分类问题,但进一步对属内轮藻进行分类需要借助变异程度更高的序列;rbcL、atpB序列变异程度高于18S rDNA序列,但两者不适宜单独用于轮藻科植物的系统发育研究;三基因联合序列的种间、种内遗传距离有一定差异,种间遗传距离(0.002～0.097)大于种内遗传距离(0～0.001),且所得进化树的拓扑结构与传统形态学分类结构一致,属内轮藻分类不再混乱,进化树呈现良好的拓扑结构.综上所述,18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合分析后可将形态近似的轮藻分开,解决本研究选取的轮藻科植物的分类问题.     

基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统5发育关系

基于1720 bp 的18S rRNA 基因序列以 Darwinula sp．和 Cytherelloidea．munechikai 为外群,采用最大简约法(MP 法)和邻接法(NJ 法)对腺介虫亚目(Cypridocopina)3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析．结果表明：1)现生腺介虫亚目动物为单系群；2)两种营海水生活的介形类—海介虫总科(Pontocypridoidea)和大介虫总科(Macrocypridoidea)间的亲缘关系较近；3)现生腺介虫总科(Cypridoidea)也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的 Dolerocypris sp．与萤光介虫科的 Candona holzkanpfi 聚成一支；而萤光介虫科的 Cypria crenulata 和泥介虫科的 Ilyocypris．angulata 同时与腺介虫科其它动物聚为一支．     

拟迷误裂孔苔虫18S rDNA的序列测定及系统学分析

对我国沿海常见的一种污损苔藓动物--拟迷误裂孔苔虫的18S rRNA基因进行了PCR扩增、全序列测定及分析.同时通过获取已有的苔藓动物和其它触手冠动物的18S rDNA序列资料,经CLUSTAL软件对位排列后,用MEGA分子进化遗传分析软件构建了分子系统树, 并结合形态学资料探讨了它们的系统发生关系.     

基于18S rDNA序列鉴定北部湾养殖区引发藻华的一株原甲藻

高度保守的核糖体18SrDNA序列可用于经济快捷且精确地鉴定浮游植物的种类。2018年夏季,广西北部湾近海的对虾养殖区内发生了原甲藻引起的藻华,藻华的优势种密度为5.5×105 cells·L~(-1),本文采用形态学观察法结合序列分析鉴定的方法来鉴定该藻的种类。结果表明,在形态上,这株分离培养获得的原甲藻(编号BBGA-9003),其大部分细胞类似心形或卵形,少部分细胞近似三角形,鞭毛2条,细胞长和宽分别为(16.55±1.42)μm和(13.84±1.86)μm。该原甲藻经18SrDNA基因序列测定并进行BLAST分析,结果表明该原甲藻序列和GenBank中56株不同种原甲藻具有很高的同源性,在系统进化树上与不同来源的微小原甲藻聚在一大分支上,且与各微小原甲藻间的遗传距离均小于与其他种间的遗传距离。因此,从分子生物学的角度鉴定该株原甲藻属于微小原甲藻,此种藻华的发生意味着北部湾养殖区有害藻华种类多样性的增加。本研究为18SrDNA序列测定用于海洋浮游植物种类鉴定提供了实验依据,也为广西北部湾养殖区有害藻华的防治提供基础资料。     

一株鸭源恶臭假单胞菌16S rDNA的序列测定与分析

从病鸭翅静脉无菌采集抗凝血,直接镜检和姬姆萨染色镜检,微生物感染呈阳性．从血液中分离出该微生物,用细菌16SrDNA通用引物扩增出约1500bp的条带,经DNA测序得到一条长1499bp的16SrDNA序列,与GeneBank已提交的序列进行BLAST相似性搜索表明该微生物应归属于假单胞菌属（Pseudomonas）,并用DNAStar进行同源性分析并构建系统进化树,显示与恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida）同源性最近,首次发现恶臭假单胞菌可能感染家鸭．     

基于18S rDNA的全变态类昆虫系统发育分析

 为了揭示全变态类昆虫的系统发育关系,选择准新翅群3目3种昆虫作为外群,基于18S rDNA序列对全变态类11个目21科21种昆虫的系统发育关系进行研究。通过对18S rDNA序列进行多重序列比对,用似然比检验进行碱基替代模型的选择,分别利用ML法和贝叶斯法构建系统发育树。结果表明,全变态类昆虫聚为3个分支：双翅目+捻翅目、鞘翅目+(广翅目+(蛇蛉目+脉翅目))和膜翅目+(蚤目+长翅目)+(鳞翅目+毛翅目)。长翅类的单系性未得到支持。     

1997的粤东海域棕囊藻赤潮原因种18SrDNA基因分析

近年来,随着沿海城市工农业的高速发展,大量含有氮、磷等营养元素的污水排入大海,导致海水富营养化的加剧,有毒藻类赤潮分布范围及出现频率明显增加.1997年7～12月我国东南沿海水面首次发生大规模的棕囊藻类(Ｐｈａｅｏｃｙｓｔｉｓ)有毒赤潮,其持续时间长,危害大,给水产...     

石珊瑚演化的18S rDNA分子生物学和形态学研究

用分子生物学方法测定石珊瑚目一些现代种类的18S rDNA,构建石珊瑚的系统发生树,并且对石珊瑚目中一些亚目和科属的演化关系进行分子生物学和传统的比较形态学的对照研究,以期为石珊瑚起源和演化提供新的证据。研究表明： 1） 石珊瑚的早期演化至少有两个主要演化分支,这支持以前的形态分类研究和分子生物学研究的结果。尽管这两方面研究所得出的分支不尽相同,但都说明石珊瑚目的亚目一级有强烈分化; 2） 石珊瑚目的5个亚目不全是单系发生的,对Wells的传统分类提出了质疑。此项分子生物研究虽与大部分种的属和科级根据形态生物学的归属相符合,但还有些科的归属还有分歧,如Faviina亚目中的Rhizangiidae科和Faviina亚目中的Dendrophylliidae科等。     

螺旋状专性化能自养铁氧化细菌ML-04菌株的分子鉴定

对1株螺旋状专性化能自养铁氧化细菌ML-04的16S rDNA基因PCR扩增产物进行了序列分析，并以16Sr DNA序列同源性为基础构建系统发育树，结果表明，ML-04菌株与氧化亚铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferrooxidans)具有较大的差异性，而与嗜铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferriphilum)的相似度达99．7％以上，属于同一类群．     

酵母菌的分离及鉴定

从新疆吐鲁番所采的土样中分离出的３株编号为Ｓｙ９５－００１、Ｓｙ９４－００２、Ｓｙ９４－００３的酵母菌株，通过形态和生理生化试验，初步鉴定为：克洛克酵母属（Ｋｌｏｅｃｋｅａｓｐ．）、假丝酵母属（Ｃａｎｄｉｄａ）的热带假丝酵母（Ｔｒｏｐｉｃａｅｉｓ）、类酵母属（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｏｄｅｓ）的中国类酵母（ｓｉｎｅｎｓｉｓ）     

鹿角菜18S rDNA序列分析及其系统发生分析

通过制备鹿角菜DNA,PCR扩增得到鹿角菜18S rDNA序列.测序拼接后全长1733 bp,碱基A、T、C、G含量分别为25.45%、26.72%、26.72%、21.12%,序列已提交Gene Bank登录号为GQ433994.该序列与NCBI数据库中其他褐藻18S rDNA序列比对后,得到可变碱基位点184个,简约信息位点161个,单碱基变化位点23个.转换碱基值Si为44,颠换碱基值Sv为30,转换颠换比值R约为1.5.NJ法构建的系统发生树显示18S rDNA在褐藻门中具有保守性,可用于辅助传统分类.PLACE数据库预测发现在鹿角菜18S rDNA保守区有多个与水分胁迫、光诱导、Ca2+信号传导等相关转录元件,这表明18S rDNA可能参与细胞重要调控途径.     

Oceanic 18S rDNA sequences from picoplankton reveal unsuspected eukaryotic diversity

Picoplankton--cells with a diameter of less than 3 microm--are the dominant contributors to both primary production and biomass in open oceanic regions. However, compared with the prokaryotes, the eukaryotic component of picoplankton is still poorly known. Recent discoveries of new eukaryotic algal taxa based on picoplankton cultures suggest the existence of many undiscovered taxa. Conventional approaches based on phenotypic criteria have limitations in depicting picoplankton composition due to their tiny size and lack of distinctive taxonomic characters. Here we analyse, using an approach that has been very successful for prokaryotes but has so far seldom been applied to eukaryotes, 35 full sequences of the small-subunit (18S) ribosomal RNA gene derived from a picoplanktonic assemblage collected at a depth of 75 m in the equatorial Pacific Ocean, and show that there is a high diversity of picoeukaryotes. Most of the sequences were previously unknown but could still be assigned to important marine phyla including prasinophytes, haptophytes, dinoflagellates, stramenopiles, choanoflagellates and acantharians. We also found a novel lineage, closely related to dinoflagellates and not previously described.