一种新的DNA序列的3D图形表示

基于DNA序列的混沌游戏表示，给出了一种新的3D图形表示来表征DNA序列。为了便于序列间的比较，将DNA序列的3D图形表示转化成了相应的矩阵表示并讨论了它们的数字特征。     

一种有效的基于4D图形表示法的DNA序列相似性比较方法

研究了一种有效地DNA序列相似性比较方法,在将每条DNA序列平均分成两个片段的基础上,采用4D图形表示法构建了每个片段的中心几何点重现模型,以此为基点,建立了DNA序列间的相似性与不相似性的欧氏距离比较法.最后,11个物种球蛋白基因的第一个外显子的DNA序列比较的结果验证表明:欧氏距离越小,其相似性越大,在进化上越趋于同源性;反之,欧氏距离越大,则物种差异性越大.实验结果表明,通过这样的方式可以有效避免信息的丢失,结果更具有统计显著性,并更有效地反映位置信息,可以对DNA序列的研究提供良好的支撑作用.     

人类DNA序列图形化参数的提取和应用

在DNA序列郝柏林图形化表示方法的基础上,提取出表征图形特征的两个量化参数：信息熵和分形盒维．对人类基因序列和非基因序列各50个片段进行郝柏林图形化和特征参数的提取,结果表明：这两个参数具有区分人类基因序列和非基因序列的统计规律．     

高维数据的2D图单点表示原理

高维数据的单点2D图表示是2D图表示的重要分支.由于其可在单幅多元图中显示多个观察,因此适用于模式识别领域中的特征选择与分类空间形成.本文根据多元图中单点映射的变量数目的不同对单点图表示进行了对比,并分析了其各自的适用范围与优缺点.     

基因预测中的信噪比计算新模型

以快速傅立叶变换(FFT)求出DNA序列功率谱后,用重复计算实验的办法,对大量DNA序列中核苷酸的分布情况进行统计,得出综合考察变量,然后以核苷酸分布频数和DNA序列长度为自变量,建立Z-curve映射规则得到DNA序列信噪比的新模型,并进行实例分析。新模型不需要对序列进行离散Fourier变换(DFT),而且不要求DNA指示序列长度必须为3的倍数,应用范围更大。     

多维数据2D图表示的统一数学描述与唯一性证明

讨论了多维数据2D图表示的统一数学描述问题.多维数据的2D图表示可分为单点表示和多点表示.这两种表示的数学描述通式,一般是在直角坐标系下的点或者矢量表达式.在建立多维数据集合和二维平面定序图形基元集合间映射关系的基础上,证明了该表示是唯一的.     

基于色度学空间的多元图表示

针对传统的多元图表示可以表示信息在空间中的几何分布,但无法表示类别概率的缺点,本文提出基于色度学空间的彩色多元图表示。在保留传统多元图表示优点的基础上,集成了色度学维度,利用色度混合原理表示不同类别数据在空间点所占的比例,有利于通过直观的视觉认识类别分布信息以及引入图像处理方法。比传统的多元图表示更适合可视化模式识别的应用。     

基于信号处理的基因识别模型

为了获得精确可靠的基因识别信息,根据所给DNA 序列进行数值化映射（基于 Voss映射和Z-curve映射）运用快速傅立叶变换（FFT ）以及离散小波变换算法计算DNA序列功率谱和信噪比;对于不同类型生物的基因预测采用靴带抽样算法推断基因预测的最佳阈值并以特异性、敏感性和精度3个性能指标来评估基因预测方法的性能,所建模型在基因识别中精度较高、运算快、效果好。     

工程岩体开挖过程全空间块体搜索及其系统研制

在现场结构面非接触摄影技术采集的基础上,探讨岩体扰动区内所有块体的全空间切割与搜索问题,给出了包括三维结构面网络模拟、结构面与边界面的交线分析、封闭块体搜索等切割搜索过程,提出一种新的块体识别新方法.并将该搜索技术接入用自行开发研制的三维数值分析系统GeoSMA-3D,进行岩体开挖过程全空间块体搜索研究.工程算例表明:该系统具有可以动态添加结构面,适合建立开挖过程复杂几何模型等优点,系统通过人机交互界面或文件形式进行数据输入,计算结果图形化显示,并与AutoCAD等通用图形软件接口,可方便实现软件操作使用.     

DNA序列非退化的二维图形表示及其应用

提出了一种新的DNA序列的2-D图形表示方法,并证明了它的非退化性,随后结合图形表示给出DNA序列的12个正规化的ALE指标.在此基础上,结合双核苷酸计数和符号序列LZ复杂度,将DNA序列转化为一个29维的数值向量.对23个物种的β球蛋白基因和18个物种的线粒体NADH脱氢酶序列进行的系统发生分析,证明了所提方法的有效性.     

DNA序列的非线性分析

以10条真菌DNA序列为原始数据,根据序列CGR游走点的弧度值将DNA序列转换成相应的时间序列.对转换后的时间序列进行多重分形Hurst分析,10条DNA序列均具有长期记忆性;通过对表征系统混沌性质的3个统计特征量:关联维数、Kolmogorov熵和最大lyapunov指数的分析表明,10条DNA序列均呈现出混沌特性,说明DNA序列中的长期记忆性与混沌特性存在一定的对应关系.     

面向对象的概念建模

给出一种面向对象概念建模方法，它将图形表示、Ｅ－Ｒ方法、关系演算、时态逻辑溶为一体，支持对象结构、行为和对象演变建模的一体化和封装     

基因识别问题及其算法实现（下）

利用序列的频谱曲线和信噪比曲线,建立基因识别的简化算法.提出可变窗宽的DFT算法,代数推导出Voss映射和Z-curve映射下频谱和信噪比的函数关系.运用Bootstrap算法,在精度指标下比较四组具有代表性的基因序列的阈值.     

基因识别问题及其算法实现(上)

基因识别是目前生物信息学领域的一个研究热点,采用信号处理方法来识别基因编码序列也受到广泛重视.本文基于DNA序列的3-周期性,利用序列的频谱曲线和信噪比曲线,建立基因识别的简化算法.基于Voss映射,本文提出可变窗宽的DFT算法,代数推导出Voss映射和Z-curve映射下频谱和信噪比的函数关系.关于各类基因的阈值确定,本文运用统计学中的Bootstrap算法,取信噪比序列迭代所得均值的中位数,作为新的阈值,在精度指标下比较四组具有代表性的基因序列的阈值.进一步,运用本文提出算法对待测序列进行数据模型,确定编码区域.     

多管落球法测液体黏度实验的探讨

多管落球法测液体黏度实验，关键是测定满足无限宽广条件下小球下落的时间。针对该实验常用的作图法徒手画线，随机性很大，很难准确测量的问题。文章对多管落球法测液体黏度实验的数据处理作了改进，介绍了作图法、逐差法、最小二乘法并相互比较，得出了逐差法是最好方法的结论。     

基于Cp-曲线的蛋白质序列相似性分析

蛋白质是生物体内行使重要功能的生物大分子.蛋白质的功能是由其空间结构决定的,而蛋白质的空间结构取决于其一级序列.因此,研究蛋白质的氨基酸序列就成为蛋白质结构预测的前提和基础,并已经成为生物学家关注的主要研究内容之一.主要介绍基于20种氨基酸的一种5-L模型,将蛋白质序列粗粒化为5-L序列,进而给出蛋白质序列的一种3-D图形表示,称之为Cp曲线.将Cp曲线转化为容易比较的序列不变量,并在此基础上对11个物种β-球蛋白质序列进行相似性分析.     

机电领域中伺服电机的选择原则

提出的选择原则是将电机特性与负载特性分离开，并用图解的形式表示，这种表示方法使得驱动装置的可行性检查和不同系统间的比较更方便，另外，还提供了传动比的一个可能范围。     

寄蝇亚科部分物种线粒体COl基因DNA条形码分类

DNA条形码分类(DNA Barcoding)是以生物线粒体DNA为工具来鉴定物种的新方法,是外来物种快速鉴定、物种分类与系统发育和进化分析的基础.研究以我国辽宁地区常见的寄蝇亚科(双翅目:寄蝇科)2族4属6种为对象,扩增和测定COI基因部分序列,对得到数据用MEGA4软件分析计算,构建该类群分子系统发育树.分析表明:...     

Measurement of anomalously high hydration of (dA)n.(dT)n double helices in dilute solution

Different DNA sequences have different physical properties, which seem to be important for their biological function. In particular, (dA)n.(dT)n has many unusual features, which include resistance to conformational changes in a variable chemical environment, an unusual thermodynamics of interaction with ligands, and the inability to reassociate into nucleosomes. Short A.T base-pair runs also play a critical role in DNA bending. It is believed that hydration of DNA is an important factor in determining the physical chemical and biological properties of different regions of DNA. Until now, however, it has not been possible to study the details of the hydration of DNA in dilute solution with sufficient sensitivity and precision. Moreover, it was not known if different base sequences differ in the extent of their hydration. Indirect evidence that (dA)n.(dT)n can be hydrated to a greater extent than other DNA sequences may be inferred from a recent study of the binding of drugs to polynucleotides. Here we used a novel high-precision technique measuring ultrasonic velocity to obtain direct estimates of the extent of hydration of various oligo- and polynucleotides in dilute solution. We report that different DNA sequences differ in their hydration, and that (dA)n.(dT)n in particular has an anomalously high level of hydration.