翘嘴鳜EST-SSR标记的开发及3个群体遗传多态性分析

为保护野生翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)的种质资源以及遗传育种,本研究从翘嘴鳜的EST文库中开发微卫星并筛选出22对具有多态性的微卫星标记,对来自陆水水库(赤壁)和沅江流域(常德、怀化)的3个野生群体进行了遗传多样性分析.实验结果显示,这些标记在3个群体中均表现出了丰富的多态性;共检测到134个等位基因;各基因座观测等位基因数4～8个;平均等位基因数为6.090 1;观测杂合度0.675 4;期望杂合度0.748 7;多态信息含量0.701 0,表明3个翘嘴鳜群体在各检测位点中具有较好多态性.对数据进行F-检测,平均Fst值为0.038 3,说明群体间的遗传分化程度低;而群体遗传相似度和遗传距离的计算结果显示:常德和怀化群体的遗传相似度最大,遗传距离最小;而常德与赤壁群体的遗传相似度最小,遗传距离最大.这恰恰与翘嘴鳜群体的流域分布一致.     

用微卫星技术研究珠江流域三个野生大眼鳜群体的遗传多样性

采用微卫星标记技术,探讨了广西右江、左江及红水河三江段野生大眼鳜群体的遗传多样性。采用生物信息学方法,自主开发了4对大眼鳜微卫星DNA引物,此外,还从28对鳜属微卫星通用引物中筛选出15对,19对标记均表现为高度多态性。对32尾右江(YJ)、35尾左江(ZJ)及36尾红水河(HSH)三地理群体野生大眼鳜进行遗传多样性分析,总群体的固定指数Fix范围为0.001 4~1.000,表明19个位点在总群体内表现为杂合子缺失,其对环境的应对能力有所下降。遗传参数统计结果表明,总群体观测等位基因数(Na=19.4737)、香农指数(I=2.399 8)、平均杂合度(Ave Het=0.720 6)、多态信息含量(0.447PIC0.947)均显示:在哈温平衡下,大眼鳜3群体遗传多样性丰富;但3群体遗传多样性存在差异,红水河群体的遗传多样性比左江群体、右江群体的遗传多样性丰富,左江和右江群体的遗传多样性水平较为接近。群体间遗传分化水平较大(0.15群体间近交系数Fst=0.153 90.25),15.39%的遗传变异来自于群体间,84.61%的遗传变异来自于群体内,群体内近交系数Fis为0.576 1,各座位的基因流Nm分布范围较广(0.147 4~8.909 1),平均Nm值为1.374 5,表明3群体间属于中等遗传分化水平,基因流基本顺畅,群体内的近交系数较高,容易引起遗传结构的变化。基于Nei's遗传距离的聚类分析显示左江群体与右江群体首先聚为一支,再与红水河聚为一支,符合其在地理位置上的关系。     

翘嘴鳜淀粉酶基因SNPs和微卫星位点多态性的检测

本研究主要检测翘嘴鳜淀粉酶(amylase,AMY)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)和微卫星位点多态性.实验采用PCR产物直接测序法(PCR-direct sequencing,PCR-DS)检测翘嘴鳜AMY基因组序列的SNPs和微卫星位点,并使用创造限制酶切位点PCR法(created restriction sites PCR,CRS-PCR)和PCR-DS法对SNPs进行分型,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测AMY基因微卫星位点的多态性.实验结果发现AMY基因第1内含子有一个SNP位点A1,第5内含子有3个SNPs位点(A2、A3和A4);此外,第5内含子中还存在一个微卫星位点B1,共检测到4个等位基因,有9种单倍型.在翘嘴鳜群体中,4个SNP位点呈中度遗传多样性,而微卫星位点表现出高度遗传多样性.     

杂交鳜胚胎发育观察

通过对斑鳜(♀)×翘嘴鳜(♂)人工杂交F1胚胎发育的观察,详细描述了其胚胎发育各个阶段的发育时序和形态特征.结果表明:杂交F1的卵裂方式属于盘状卵裂,在水温(24±1)℃条件下,受精后2 h 30 min进入2细胞期,受精后4h 30 min进入囊胚期,受精后13 h进入原肠期,受精后19 h 40 min进入神经胚期,受精后22 h 30 min进入器官形成期,受精后117 h 30 min仔鱼出膜.杂交F1的胚胎发育特征与母本基本一致.     

翘嘴鳜的人工繁殖与胚胎发育观察

采用不同配伍外源激素对性成熟翘嘴鳜催情,发现:20～24°C下,催产素PG+LRH-A+HCG的效应时间更短;25～29°C下,则催产素PG+HCG效应时间更短。采用人工受精的方法获得受精卵,在水温18～22°C观察翘嘴鳜胚胎发育的时序和特点,从受精卵发育到破膜仔鱼经过了68h17min;翘嘴鳜胚胎发育可分为7个阶段26个时期。文章还详细记录了翘嘴鳜胚胎发育各个阶段的形态特征。     

翘嘴鳜口服免疫效果的初步观察

将翘嘴鳜“肝肾坏死症”病原菌经福尔马林灭活的菌苗注射饵料鱼后,投喂翘嘴鳜,连续１４ｄ。于投喂结束２１ｄ后,通过检测受免鱼和对照鱼血清,体表和肠粘液中凝集抗体效价和血液中白细胞的吞噬活性,证实了口服免疫接种能使翘嘴鳜产生特异性免疫应答。     

三个不同地理种群大仓鼠的遗传多样性

利用从大仓鼠基因组部分文库中筛选的3对高变异特异性微卫星引物-PAY7802、PAY7807和P5022801对北京顺义,河北固安,河北饶阳3个不同地理种群大仓鼠的遗传多态性进行检测和分析.结果表明PAY7802和PAY7807在固安和顺义两地分扩增出6个与5个等位基因,但是这两对引物在饶阳没有扩增出等位基因.相反,P5022801则只在饶阳种群中扩增出6个等位基因.在检测等位基因的扩增片断时发现,固安和顺义大仓鼠种群等位基因片断之间差异较小,而饶阳种群的等位基因数和片断大小均与固安和顺义两地的大仓鼠种群存在明显差异.因此PAY7802、PAY7807和P5022801可以用作不同地理种群大仓鼠遗传多态性的遗传标记,为在分子水平上研究大仓鼠种群扩散机理及地理分布提供参考.     

基于线粒体控制区D-loop序列的洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性分析

为掌握洪泽湖翘嘴鲌(Culter alburnus)种质资源遗传多样性状况,采集洪泽湖6个群体共233尾翘嘴鲌,采用线粒体控制区D-loop全序列进行遗传多样性分析.结果显示,翘嘴鲌线粒体D-loop序列长度为934 bp～936 bp,碱基(A+T)含量(66.0%)明显高于(G+C)含量(34.0%). 243条D-loop序列检出23个变异位点,其中有9个单一信息位点,14个简约信息位点. 6个群体发现22个单倍型,全部群体的单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为(0.794±0.019)和(0.002 51±0.000 14),呈现出高H_d和低P_i的遗传多样性模式. 6个群体中洪泽湖群体的遗传多样性最高(H_d:0.873±0.038,P_i:0.002 95±0.000 35),顾勒河群体的遗传多样性最低(H_d:0.709±0.064,P_i:0.002 03±0.000 31).分子方差分析表明,...     

舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星多态标记分析舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体共90个体的遗传多样性。结果显示,8个微卫星位点共检测到等位基因64个,各位点等位基因数(A)范围为5~10个,观测杂合度(Ho)的平均值为0.9111,期望杂合度(He)的平均值为0.8108,多态信息含量(PIC)平均值为0.7800,表明所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性。群体的遗传多样性分析结果显示,3个群体的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.891 7、0.900 0、0.941 7和0.738 4、0.743 2、0.821 3,Shannon多样性指数分别为1.467 0、1.449 0、1.800 9,表明3个群体的遗传多样性处于较高水平。HardyWeinberg平衡检验发现只有LYC0015和LYC0009位点处于平衡状态(PHW0.05),其余6个位点都不同程度地偏离了平衡。3个群体的聚类分析表明,岱山和朱家尖西岙网箱2个养殖群体亲缘关系较近,而与舟山市水产所耐低温F2代群体亲缘关系较远。     

中药植物玉竹微卫星标记的筛选及遗传多样性分析

利用磁珠富集法构建玉竹的微卫星文库,用筛选出的微卫星引物对玉竹样品进行遗传多样性分析。根据链亲和素磁珠和生物素特异结合的特性,用3’端生物素标记的探针与两端连接已知序列人工接头的玉竹基因组DNA酶切片段杂交,杂交复合物结合到包被有链亲和素的磁珠上,洗脱并收集吸附在磁珠上的含有微卫星的片段。经过克隆和测序,再根据微卫星两侧的保守序列设计引物,最后利用从中筛选出的微卫星引物对玉竹种群进行遗传学分析。从基因组微卫星富集文库中分离出9个多态微卫星位点,来自3个玉竹种群的40个个体的多态性显示,每个位点的等位基因数从3到6个不等,观察杂合度范围为0000～0.875,预期杂合度范围为0.520～0.760,多态信息含量范围为0.066～0.687。9个多态位点经哈温平衡检测结果显示有5个位点符合哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡,其余4个位点显著偏离哈温平衡(P0.05)。这可能是存在无效等位基因和或近亲繁殖效应的结果,鉴定出的微卫星遗传标记可以在玉竹的遗传多样性和种群遗传结构的评价中具有潜在的应用价值。     

翘嘴鳜髓过氧化物酶基因克隆及重链序列的原核表达

利用RT PCR和RACE PCR方法,从翘嘴鳜中克隆出髓过氧化物酶（myeloperoxidase, MPO）cDNA全长。其开放阅读框有2?292个核苷酸,编码763个氨基酸的蛋白。虽然序列相似性分析发现该蛋白与哺乳动物MPO相似性为64%～65%,但分子质量大小相近。翘嘴鳜含有1个与人MPO相似的血红素基,1个保守的Ca2+结合位点,6个分子内二硫键,以及6个糖基化位点。由此推测翘嘴鳜MPO蛋白的空间结构及催化机制可能与哺乳动物的相似。将翘嘴鳜MPO的部分DNA序列连接到pET 32a c(+)载体上,成功构建了1个重组表达质粒pET MPO,该质粒在大肠杆菌（DE3）中获得了高效表达。另外,利用重组蛋白N末端带有的6×His标签,通过Ni2 NTA柱纯化获得了翘嘴鳜MPO重组蛋白。     

翘嘴鳜线粒体基因组全序列的克隆与特征分析

通过直接测序的方法获得翘嘴鳜线粒体DNA基因组全序列(GenBank:JF972568).翘嘴鳜线粒体基因组全长为16 496 bp,其包含13个编码蛋白基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个Control region区域.整个翘嘴鳜线粒体DNA利用率非常高,仅仅只有32 bp的基因间隔和35 bp的基因重...     

新疆7个绵羊品种MHC区段微卫星遗传多样性的分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用SSR Hunter软件寻找5个微卫星标记,采用PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳,对新疆7个品种绵羊群体遗传多样性进行了检测分析,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和群体间的遗传距离。结果显示新疆7个绵羊群体共发现28个等位基因,实验证明在5个微卫星位点的平均多态信息含量为0.5569~0.7335,平均杂合度为0.6208~0.7437,有效等位基因数为2.7118~4.4203,均属于高度多态性位点。聚类分析和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。这5个位点作为与生产性能相关的遗传标记较为理想。     

大眼鳜斯坦尼斯小体的显微与超微结构

应用显微和亚显微研究方法观察了大眼鳜斯坦尼斯小体的组织结构和细胞类型．结果表明：大眼鳜斯坦尼斯小体仅具t1型分泌细胞,缺乏淡水鱼类普遍存在的t2型分泌细胞．在同一个斯坦尼斯小体中可以观察到分别处于合成时相、成熟时相、分泌时相和凋亡时相的t1细胞．斯坦尼斯小体主要功能是参与Ca^2＋水平的调节．     

5个棘胸蛙养殖群体微卫星遗传多样性分析

养殖群体繁殖过程往往受到人为干扰,经过多年养殖后容易出现近亲繁殖现象,影响养殖效益。为了解棘胸蛙Quasipaa spinosa养殖群体的遗传多样性,评估棘胸蛙的遗传现状,本研究选用9个微卫星分子标记对5个养殖群体(江西、浙江、广西、广东、福建)148个实验样本进行遗传多样性分析,结果显示：9个微卫星位点在5个养殖群体中共检测到46个等位基因位点,其中,平均等位基因和平均有效等位基因数分别为5.111和2.702,平均观测杂合度和期望杂合度为0.182和0.589,平均多态信息含量为0.536;养殖群体内观测杂合度和期望杂合度分别在0.130～0.230和0.353～0.468,且观测杂合度均小于期望杂合度。广东和广西群体遗传相似度最高(0.819),福建和江西群体的遗传相似度最低(0.441),与利用MEGA软件构建UPGMA进化树结果相一致。实验结果揭示棘胸蛙养殖群体已经存在一定的近亲繁殖现象。建议在人工养殖棘胸蛙的过程中,应尽量扩大选种范围,避免近亲繁殖;同时,定期从外地良种场引进良种作为繁殖亲本,提高亲本遗传多样性。     

长白猪微卫星标记的遗传多样性

采用ESTMS20,SW2570和S0002等3个微卫星标记对长白猪进行了遗传多样性的研究。结果发现,3个卫星标记在长白猪中均具有多态性,遗传杂合度分别为0.69,0.70和0.41,多态信息含量分别为0.64,0.68和0.38。以上结果表明,这3个微卫星标记在长白猪群体中属于高度多态性座位,可以用于长白猪遗传多样性的评估。     

基于微卫星标记的中华蜜蜂5个自然群体遗传多样性分析

【目的】分析中国四川阿坝、黄土高原、海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地的中华蜜蜂(Apis cerana cerana)自然群体遗传多样性。【方法】提取样品基因组DNA后进行PCR扩增,并用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。通过计算15对微卫星标记在5个中华蜜蜂自然群体中的等位基因数、多态信息含量、期望杂合度、观测杂合度、遗传距离、遗传相似系数和遗传分化系数,进而评估各中华蜜蜂种群遗传多样性和各种群间遗传分化。【结果】15个微卫星位点共检测到64个等位基因,每个位点的等位基因数平均为4.266 7个,单个位点的等位基因数为2～6个。各群体平均等位基因数为2.6～3.066 7个,平均观测杂合度为0.550 3～0.664 3,平均期望杂合度为0.524 4～0.566 7,平均多态信息量为0.410 3～0.492 7。四川阿坝群体与黄土高原、海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地群体在Acc001,Acc096,Acc131等3个位点上存在明显分化;黄土高原群体与海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地群体在Acc114,Acc121,Acc132等3个位点上表现出一定程度的遗传分化;海南岛群体与浙闽丘陵、滇南地区两地群体在Acc001,Acc002,Acc004,Acc131,Acc132等5个位点上均表现出较强的遗传分化;浙闽丘陵与滇南地区群体间在Acc002,Acc121,Acc131等3个位点上遗传分化极明显。5个中华蜜蜂自然群体之间的遗传距离在0.160 1～0.491 0之间。【结论】5个中华蜜蜂群体遗传多样性丰富,群体间遗传分化明显。     

3个野生毛花猕猴桃居群的SSR多样性分析

利用9对SSR引物对来自和平县上陵镇高峰和羊石、上陵镇桃源村及热水镇3个居群的野生毛花猕猴桃不同植株叶DNA进行PCR扩增,以分析野生毛花猕猴桃居群遗传多态性.结果表明,3个野生毛花猕猴桃居群的遗传多态性百分比在97.3%~98.9%之间,平均多态性信息量 (polymorphism information content, 简称PIC值)在0.846~0.880之间,其中,上陵镇高峰和羊石野生毛花猕猴桃居群的SSR多样性相对较高,平均PIC值为0.880;而上陵镇桃源村野生毛花猕猴桃居群的SSR多样性较低,平均PIC值为0.846;但3个野生毛花猕猴桃居群的多态性百分比差异不明显.这些结果显示,广东省和平县不同野生毛花猕猴桃居群间遗传多样性较高,保存了丰富的猕猴桃野生居群基因资源.     

黄嘴白鹭遗传多样性AFLP分析方法的建立

以黄嘴白鹭为研究对象,探讨并建立其遗传多样性分析的Pst I/Mse I AFLP分子标记方法.采用黄嘴白鹭13个样品作为一个种群的池DNA,通过对AFLP方法中DNA提取、酶切、连接、预扩增、选择性扩增、电泳和银染等条件进行优化,建立了一套适合黄嘴白鹭的AFLP技术优化体系,为黄嘴白鹭遗传多样性的分析奠定研究基础.