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1.
研究了Escherichiacoli,Bacillussubtilis和saccharomycesYeast三类核酸序列的密码子使用频率与基因表达水平的关系,依照每一基因中最适密码子、非最适密码子和稀有密码子出现的概率,计算其信息熵E。首先,发现E与CAI值保持了很好的线性关系,且三类序列的线性拟合方程非常接近,因此,用信息熵E作为描述基因表达水平的物理量是合适的;其次,三类序列的E─P(R)(稀有密码子概率)曲线都接近对数关系,说明稀有密码子在抑制基因表达水平方面,起着很重要的作用;第三,由各种关系曲线的相似性,可以推测,E.coli等原核生物与真核生物Yeast在密码子使用与基因表达水平的关系方面,其机理是相似的。 相似文献
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基因表达水平与密码子使用的关系及其预测 总被引:2,自引:2,他引:2
研究了两个方面的问题.首先,对E.coli(121个基因),B.subtilis(111个基因)、Yeast(107个基因)三种生物的核酸序列,将同义密码子按使用频率统计值分成三种特性的密码子:最适密码子、非最适密码子和稀有密码子.对每一序列的编码区,算出它们各自出现的概率后,用信息聚类法聚类.发现每种生物的高低表达基因明显分开,将三种生物基因聚类结果综合来看,基因表达水平被分为四级:甚高表达基因(VH)、高表达基因(H)、较低表达基因(LM)和低表达基因(LL).每类基因的表达水平与实验结果保持了很好的相关性.在此基础上提出一个预测稀有密码子及基因表达水平的自洽信息聚类方法,E.coli、Yeast预测的结果与E.coli、Yeast的现有资料相比,符合很好.文中还预测了B.subtilis、Drosophila和Bacterio-phage三种基因的表达水平及稀有密码子. 相似文献
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依据E.coli和Yeast基因表达水平与同义密码子使用,密码子内部碱基关联以及相邻密码子之间碱基关联的相关性,引入参数CDI和CEI分别代表密码子内部碱基关联与相邻密码子之间碱基关联对基因表达水平的影响,提出了一个通过CDI和CEI的极大化改造外源基因使之在E.coli和Yeast中高效表达的方案,并以鱼抗冻蛋白基因为例进行了具体计算。 相似文献
4.
用自洽信息聚类方法预测了锥体虫(Trypanosomabrucei)(81个基因)和果蝇(Drosophila)(124个基因)的基因表达水平,高表达基因同义密码子的使用规律,求出描述基因表达水平的参数IE值和CAI值,在此基础上,用我们提出的基因表达增强网络(EEN)理论研究了基因编码区的碱基构成,密码子内和密码子之间的碱基关联与基因表达水平的关系,结果表明,其增强网络位点数目比E.coli和Y 相似文献
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用自洽信息聚类方法预测了锥体虫(Trypanosomabrucei)(81个基因)和果蝇(Drosophila)(124个基因)的基因表达水平、高表达基因同义密码子的使用规律,求出了描述基因表达水平的参数IE值和CAI值;在此基础之上,用我们提出的基因表达增强网络(EEN)理论研究了基因编码区的碱基构成、密码子内和密码子之间的碱基关联与基因表达水平的关系,结果表明,其增强网络位点数目比E.coli和Yeast要多,说明生物越高级,编码区内的碱基关联越强. 相似文献
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研究了E.coli和Yeast基因编码区内碱基关联与基因表达水平的关系,结果表明:1)单碱基构成与基因表达水平有一定的关系;2)紧邻、次紧邻碱基间的关联(t≤2)与基因表达水平有较好的线性关系;3)密码子第1位碱基的构成与基因表达水平有关系;4)密码子内1、3位和2、3位碱基之间的关联熵与基因表达水平有很强的关系;5)密码子内各位碱基与相邻密码子第1位碱基的关联熵与基因表达水平有很好的线性关系. 相似文献
7.
提出了基因表达水平与碱基顺序关系的表达增强网络模型,认为EEN与编码区中密码子的某些特定位点关联,这些位点称为EENS。用统计分析的方法证实了EENS的存在,并对E.coli和Yeast找出了这些位点。发现表达水平不仅与同义密码子的使用、且与密码子第1第2位点(特别是1位点)有关,因此Ikemura的tRNA丰度说是不完全的。发现EEN在编码区中可能具有很大的尺度,而不局限于相邻密码子,因此tRN 相似文献
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提出了基因表达水平与碱基顺序关系的表达增强网络(EEN)模型,认为EEN与编码区中密码子的某些特定位点相关联,这些位点称为EENS.用统计分析的方法证实了EENS的存在,并对E.coli和Yeast找出了这些位点.发现表达水平不仅与同义密码子的使用、且与密码子第1第2位点(特别是1位点)有关,因此Ikemura的tRNA丰度说是不完全的。发现EEN在编码区中可能具有很大的尺度,而不局限于相邻密码子,因此tRNA-tRNA相互作用说是不完全的. 相似文献
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该文建立了高阶Euler多项式的一个递归关系,给出了包含广义Fibonaci,Lucas序列与高阶Euler多项式的一些恒等式,推广了L.Toscano和P.F.Byrd的结果 相似文献
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酵母Yarrowia lipolytica的密码子用法分析 总被引:9,自引:0,他引:9
分析了酵母Yarrowia lipolytica的43个蛋白编码基因的同义密码子使用情况。计算了酵母Yarrowia lipolytica的密友子地;首镒确定出了母Yarrowia lipolyica的17个视表达优越密码子。这些结果与已知的酵母S.cerevisiae及K.lactis中的密码子用法存在较大的差别,说明Yarrowia lipolytica有特有的密码子用法。 相似文献
11.
采用DEAE—纤维素柱和SephadexG-100柱色谱对从土壤中筛选得到的普鲁兰杆菌(Bacilusacidopululyticus)菌株所产生的普鲁兰酶(丹麦NovoNordisk产品)进行分离纯化。酶活测定的结果表明,该酶的最适催化pH为48,最适温度为38℃,有相当高的热稳定性,米氏常数Km为52mmol。 相似文献
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按照E.coli和Yeast甚高表达基因中的同义密码子使用、碱基构成和密码子之间的碱基关联的EENS模式,对鱼抗冻蛋白基因AFPIIA7进行了改造,理论上使得AFPIIA7基因在E.coli和Yeast中的表达水平有了非常显著的提高.未改造的AFPIIA7基因在E.coli中表达,其表达水平为CAI=0.411,CEI=3.240是较低表达水平的基因,估计值在10~103mol/cell之间.经改造后,其表达水平变成甚高表达基因CAI=0.868,CEI=5.978,估计值在104~105mol/cell之间.在Yeast中表达,未改造的AFPIIA7基因的表达水平为CAI=0.359,CEI=5.880,也是较低表达基因.经改造后,此基因为Yeast的高表达基囚,CAI=0.703,CEI=11.668.本文的方法为异质基因获得高效表达提供了一种理论途径. 相似文献
15.
杨建雄 《陕西师范大学学报(自然科学版)》1998,(2)
从环毛蚓(Phevetimaasiatica)提取纤维素酶CX,用SephadexG50凝胶过滤和DEAE-SephadexA25离子交换层析进行分离纯化,得CXⅠ和CXⅡ,分别测定了CX,CXⅠ和CXⅡ的最适pH和最适温度. 相似文献
16.
仲海洋 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》1996,19(4):292-295
首先对二重复函数方法做了简要介绍,并从二重复Ernst方程出发,对二重复Ernst方程进行形式的变换后,得到一种便于利用的形式。然后,给出了Harrison B acklund变换的二重复化形式,并利用此二重Harrison B acklund变换,给出了一个由已知二重复种子解Ernst势求取新Ernst势的方法,即,通过矩阵形式来获得新Ernst势。最后,对进行两次二重Harrison B ac 相似文献
17.
建立了Fibonacci,Lucas序列的一类倒数和,推广了Jennings的结果。 相似文献
18.
仲海洋 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》1996,(4)
首先对二重复函数方法做了简要介绍,并从二重复Ernst方程出发,对二重复Ernst方程进行形式的变换后,得到一种便于利用的形式.然后,给出了HarisonBa¨cklund变换的二重复化形式,并利用此二重HarrisonBa¨cklund变换,给出了一个由已知二重复种子解Ernst势求取新Ernst势的方法,即,通过矩阵形式来获得新Ernst势.最后,对进行两次二重HarrisonBa¨cklund变换的具体问题做了讨论 相似文献
19.
《西南师范大学学报(自然科学版)》1997,(5)
CatalyticactivityforhydrogenationoverZPMMPAPdcatalystsMaXuebing,FuXiangkaiScholofChemistryandChemicalEnginering,SouthwestCh... 相似文献
20.
华东、华中经济、能源与SO_2污染趋势预测TrendForecastofEconomy,EnergyandSO_2PollutionintheEastandCenturalChina¥//孔祥应(北京联大电子自动化工程学院,教授北京100009)尚晓航... 相似文献