用信息论方法研究几类核酸序列的密码子使用与基因表达水平的关系

研究了Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ，Ｂａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓ和ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓＹｅａｓｔ三类核酸序列的密码子使用频率与基因表达水平的关系，依照每一基因中最适密码子、非最适密码子和稀有密码子出现的概率，计算其信息熵Ｅ。首先，发现Ｅ与ＣＡＩ值保持了很好的线性关系，且三类序列的线性拟合方程非常接近，因此，用信息熵Ｅ作为描述基因表达水平的物理量是合适的；其次，三类序列的Ｅ─Ｐ（Ｒ）（稀有密码子概率）曲线都接近对数关系，说明稀有密码子在抑制基因表达水平方面，起着很重要的作用；第三，由各种关系曲线的相似性，可以推测，Ｅ．ｃｏｌｉ等原核生物与真核生物Ｙｅａｓｔ在密码子使用与基因表达水平的关系方面，其机理是相似的。     

基因表达水平与密码子使用的关系及其预测

研究了两个方面的问题．首先，对Ｅ．ｃｏｌｉ（１２１个基因），Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ（１１１个基因）、Ｙｅａｓｔ（１０７个基因）三种生物的核酸序列，将同义密码子按使用频率统计值分成三种特性的密码子：最适密码子、非最适密码子和稀有密码子．对每一序列的编码区，算出它们各自出现的概率后，用信息聚类法聚类．发现每种生物的高低表达基因明显分开，将三种生物基因聚类结果综合来看，基因表达水平被分为四级：甚高表达基因（ＶＨ）、高表达基因（Ｈ）、较低表达基因（ＬＭ）和低表达基因（ＬＬ）．每类基因的表达水平与实验结果保持了很好的相关性．在此基础上提出一个预测稀有密码子及基因表达水平的自洽信息聚类方法，Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅａｓｔ预测的结果与Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｙｅａｓｔ的现有资料相比，符合很好．文中还预测了Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ和Ｂａｃｔｅｒｉｏ－ｐｈａｇｅ三种基因的表达水平及稀有密码子．     

外源基因在E.coli和Yeast中高效表达的理论

依据Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ基因表达水平与同义密码子使用，密码子内部碱基关联以及相邻密码子之间碱基关联的相关性，引入参数ＣＤＩ和ＣＥＩ分别代表密码子内部碱基关联与相邻密码子之间碱基关联对基因表达水平的影响，提出了一个通过ＣＤＩ和ＣＥＩ的极大化改造外源基因使之在Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ中高效表达的方案，并以鱼抗冻蛋白基因为例进行了具体计算。     

锥体虫,果蝇基因编码区的密码子使用,碱基间关联与基…

用自洽信息聚类方法预测了锥体虫（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａｂｒｕｃｅｉ）（８１个基因）和果蝇（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）（１２４个基因）的基因表达水平，高表达基因同义密码子的使用规律，求出描述基因表达水平的参数ＩＥ值和ＣＡＩ值，在此基础上，用我们提出的基因表达增强网络（ＥＥＮ）理论研究了基因编码区的碱基构成，密码子内和密码子之间的碱基关联与基因表达水平的关系，结果表明，其增强网络位点数目比Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙ     

锥体虫、果蝇基因编码区的密码子使用、碱基间关联与基因表达水平的关系研究

用自洽信息聚类方法预测了锥体虫（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａｂｒｕｃｅｉ）（８１个基因）和果蝇（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）（１２４个基因）的基因表达水平、高表达基因同义密码子的使用规律，求出了描述基因表达水平的参数ＩＥ值和ＣＡＩ值；在此基础之上，用我们提出的基因表达增强网络（ＥＥＮ）理论研究了基因编码区的碱基构成、密码子内和密码子之间的碱基关联与基因表达水平的关系，结果表明，其增强网络位点数目比Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ要多，说明生物越高级，编码区内的碱基关联越强．     

碱基关联与基因表达水平的关系

研究了Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ基因编码区内碱基关联与基因表达水平的关系，结果表明：１）单碱基构成与基因表达水平有一定的关系；２）紧邻、次紧邻碱基间的关联（ｔ≤２）与基因表达水平有较好的线性关系；３）密码子第１位碱基的构成与基因表达水平有关系；４）密码子内１、３位和２、３位碱基之间的关联熵与基因表达水平有很强的关系；５）密码子内各位碱基与相邻密码子第１位碱基的关联熵与基因表达水平有很好的线性关系．     

密码子的碱基关联与度表达增强网络

提出了基因表达水平与碱基顺序关系的表达增强网络模型，认为ＥＥＮ与编码区中密码子的某些特定位点关联，这些位点称为ＥＥＮＳ。用统计分析的方法证实了ＥＥＮＳ的存在，并对Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ找出了这些位点。发现表达水平不仅与同义密码子的使用、且与密码子第１第２位点（特别是１位点）有关，因此Ｉｋｅｍｕｒａ的ｔＲＮＡ丰度说是不完全的。发现ＥＥＮ在编码区中可能具有很大的尺度，而不局限于相邻密码子，因此ｔＲＮ     

密码子的碱基关联与表达增强网络

提出了基因表达水平与碱基顺序关系的表达增强网络（ＥＥＮ）模型，认为ＥＥＮ与编码区中密码子的某些特定位点相关联，这些位点称为ＥＥＮＳ．用统计分析的方法证实了ＥＥＮＳ的存在，并对Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ找出了这些位点．发现表达水平不仅与同义密码子的使用、且与密码子第１第２位点（特别是１位点）有关，因此Ｉｋｅｍｕｒａ的ｔＲＮＡ丰度说是不完全的。发现ＥＥＮ在编码区中可能具有很大的尺度，而不局限于相邻密码子，因此ｔＲＮＡ－ｔＲＮＡ相互作用说是不完全的．     

递归序列与高阶Euler多项式

该文建立了高阶Ｅｕｌｅｒ多项式的一个递归关系，给出了包含广义Ｆｉｂｏｎａｃｉ，Ｌｕｃａｓ序列与高阶Ｅｕｌｅｒ多项式的一些恒等式，推广了Ｌ．Ｔｏｓｃａｎｏ和Ｐ．Ｆ．Ｂｙｒｄ的结果     

酵母Yarrowia lipolytica的密码子用法分析

分析了酵母Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ的４３个蛋白编码基因的同义密码子使用情况。计算了酵母Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ的密友子地;首镒确定出了母Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｉｃａ的１７个视表达优越密码子。这些结果与已知的酵母Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ及Ｋ．ｌａｃｔｉｓ中的密码子用法存在较大的差别,说明Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ有特有的密码子用法。     

普鲁兰酶的纯化及其性质

采用ＤＥＡＥ—纤维素柱和ＳｅｐｈａｄｅｘＧ－１００柱色谱对从土壤中筛选得到的普鲁兰杆菌（Ｂａｃｉｌｕｓａｃｉｄｏｐｕｌｕｌｙｔｉｃｕｓ）菌株所产生的普鲁兰酶（丹麦ＮｏｖｏＮｏｒｄｉｓｋ产品）进行分离纯化。酶活测定的结果表明,该酶的最适催化ｐＨ为４８,最适温度为３８℃,有相当高的热稳定性,米氏常数Ｋｍ为５２ｍｍｏｌ。     

英语阅读初论

英语阅读初论许师范，董金伟Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｒｅａｄｉｎｇ，ａｓａｍａｉｎｌｉｎｋｉｎｔｈｅｐｒｏｃｓｓｏｆＥｎｇｌｉｓｈｓｔｕｄｙ，ｉｓａｎｉｍｐｏｒｔａｎｔｍｅａｎｓｉｎｂｏｔｈｔｅａｃｈｉｎｇａｎｄｌｅａｒｎｉｎｇｏｆＥｎｇｌｉｓｈ．Ｔｈｉｓａ...     

抗牙周病厌氧菌（Bg）单链抗体基因的构建与表达

从牙周病厌氧菌（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）单克隆抗体的杂交瘤细胞株出发，通过基因工程方法──ＰＣＲ技术，调出其抗体的重链和轻链基因可变区序列，体外重组后得到单链抗体ＳｃＦｖ（ｓｉｎｇｌｅｃｈａｉｎｆｒａｇｍｅｎｔｖａｒｉａｂｌｅ）片段，克隆到了ｐＣＡＮＴＡＢ５载体上，在ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉＴＧｌ中得到了成功表达。     

鱼抗冻蛋白在E.coli和Yeast中高效表达的理论初探

按照Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ甚高表达基因中的同义密码子使用、碱基构成和密码子之间的碱基关联的ＥＥＮＳ模式，对鱼抗冻蛋白基因ＡＦＰＩＩＡ７进行了改造，理论上使得ＡＦＰＩＩＡ７基因在Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ中的表达水平有了非常显著的提高．未改造的ＡＦＰＩＩＡ７基因在Ｅ．ｃｏｌｉ中表达，其表达水平为ＣＡＩ＝０．４１１，ＣＥＩ＝３．２４０是较低表达水平的基因，估计值在１０～１０３ｍｏｌ／ｃｅｌｌ之间．经改造后，其表达水平变成甚高表达基因ＣＡＩ＝０．８６８，ＣＥＩ＝５．９７８，估计值在１０４～１０５ｍｏｌ／ｃｅｌｌ之间．在Ｙｅａｓｔ中表达，未改造的ＡＦＰＩＩＡ７基因的表达水平为ＣＡＩ＝０．３５９，ＣＥＩ＝５．８８０，也是较低表达基因．经改造后，此基因为Ｙｅａｓｔ的高表达基囚，ＣＡＩ＝０．７０３，ＣＥＩ＝１１．６６８．本文的方法为异质基因获得高效表达提供了一种理论途径．     

环毛蚓纤维素酶C_X的初步研究

从环毛蚓（Ｐｈｅｖｅｔｉｍａａｓｉａｔｉｃａ）提取纤维素酶ＣＸ,用ＳｅｐｈａｄｅｘＧ５０凝胶过滤和ＤＥＡＥ－ＳｅｐｈａｄｅｘＡ２５离子交换层析进行分离纯化,得ＣＸⅠ和ＣＸⅡ,分别测定了ＣＸ,ＣＸⅠ和ＣＸⅡ的最适ｐＨ和最适温度．     

由二重复Harrison B acklund变换来生成Ernst方程新解

首先对二重复函数方法做了简要介绍，并从二重复Ｅｒｎｓｔ方程出发，对二重复Ｅｒｎｓｔ方程进行形式的变换后，得到一种便于利用的形式。然后，给出了Ｈａｒｒｉｓｏｎ Ｂ ａｃｋｌｕｎｄ变换的二重复化形式，并利用此二重Ｈａｒｒｉｓｏｎ Ｂ ａｃｋｌｕｎｄ变换，给出了一个由已知二重复种子解Ｅｒｎｓｔ势求取新Ｅｒｎｓｔ势的方法，即，通过矩阵形式来获得新Ｅｒｎｓｔ势。最后，对进行两次二重Ｈａｒｒｉｓｏｎ Ｂ ａｃ     

一类Fibonacci,Lucas序列的倒数和

建立了Ｆｉｂｏｎａｃｃｉ，Ｌｕｃａｓ序列的一类倒数和，推广了Ｊｅｎｎｉｎｇｓ的结果。     

由二重复Harison Ba¨cklund变换来生成Ernst方程新解

首先对二重复函数方法做了简要介绍，并从二重复Ｅｒｎｓｔ方程出发，对二重复Ｅｒｎｓｔ方程进行形式的变换后，得到一种便于利用的形式．然后，给出了ＨａｒｉｓｏｎＢａ¨ｃｋｌｕｎｄ变换的二重复化形式，并利用此二重ＨａｒｒｉｓｏｎＢａ¨ｃｋｌｕｎｄ变换，给出了一个由已知二重复种子解Ｅｒｎｓｔ势求取新Ｅｒｎｓｔ势的方法，即，通过矩阵形式来获得新Ｅｒｎｓｔ势．最后，对进行两次二重ＨａｒｒｉｓｏｎＢａ¨ｃｋｌｕｎｄ变换的具体问题做了讨论     

Catalytic activity for hydrogenation over ZP-MMPA-Pd catalysts

ＣａｔａｌｙｔｉｃａｃｔｉｖｉｔｙｆｏｒｈｙｄｒｏｇｅｎａｔｉｏｎｏｖｅｒＺＰＭＭＰＡＰｄｃａｔａｌｙｓｔｓＭａＸｕｅｂｉｎｇ，ＦｕＸｉａｎｇｋａｉＳｃｈｏｌｏｆＣｈｅｍｉｓｔｒｙａｎｄＣｈｅｍｉｃａｌＥｎｇｉｎｅｒｉｎｇ，ＳｏｕｔｈｗｅｓｔＣｈ...     

华东,华中经济,能源与SO2污染趋势预测

华东、华中经济、能源与ＳＯ_２污染趋势预测ＴｒｅｎｄＦｏｒｅｃａｓｔｏｆＥｃｏｎｏｍｙ，ＥｎｅｒｇｙａｎｄＳＯ_２ＰｏｌｌｕｔｉｏｎｉｎｔｈｅＥａｓｔａｎｄＣｅｎｔｕｒａｌＣｈｉｎａ￥／／孔祥应（北京联大电子自动化工程学院，教授北京１００００９）尚晓航...