云台山白云岩表层土可培养细菌多样性

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析贵州云台山白云岩表层土可培养细菌的多样性.稀释涂布平板分离共获得131株细菌,限制性内切酶HhaⅠ和HaeⅢ对扩增的16S rRNA基因片段进行酶切分型,根据ARDRA酶切图谱划分为40个操作分类单元.16S rRNA基因序列测定和系统发育分析结果显示,这些菌株隶属于包括厚壁菌门(Firmicutes,64.89%)、β-变形菌纲(β-Proterbacteria,3.82%)、γ-变形菌纲(γ-Proterbacteria,17.56%)、放线细菌门(Actinobacteria,11.45%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,3.82%)等5大类群,共13个属.优势菌群为芽胞杆菌属(Bacillus,53.44%),亚优势菌群为寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.16%)、假单胞菌属(Pseudomonas,8.40%)和微小杆菌属(Exiguobacterium,8.40%).15.00%的有效序列与GeneBank已知序列相似性小于等于97%,可能为潜在新类群.研究表明,云台山白云岩喀斯特地区不仅含有较为丰富的细菌物种多样性,且潜藏着许多新的微生物资源.     

西沙野生诺尼叶片内生菌的分离与初步鉴定

主要研究西沙群岛野生诺尼叶片中可培养内生菌的多样性。利用常规平板分离方法进行菌株分离。通过测定真菌核糖体基因翻译间隔序列(ITS序列)和细菌16S r DNA基因序列,结合系统发育研究对所分离菌株进行鉴定分析。共分离到32株内生菌,分为19种。其中2种霉菌,共2株,分别属于炭层菌属(Nemania sp.)和毛壳菌属(Chaetomium sp.);细菌17种,共30株,分别属于芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp.)、微球菌属(Micrococcus sp.)、土地芽孢杆菌属(Terribacillus sp.)、肠杆菌属(Enterobacter sp.)、黄单胞菌属(Xanthomonas sp.)、黄杆菌属(Flavobacterium sp.)等7个已知属,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)为绝对优势属,共20株,11种。     

产酶苦豆子内生细菌筛选及其活性菌株鉴定

对苦豆子健康植株和种子内的内生细菌进行分离,共分离获得41株内生细菌.对41株菌株进行了分泌胞外淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶、几丁质酶和β-1,3-葡聚糖酶特性的研究.结果表明,有80.5%的菌株具有蛋白酶活性;有78.0%和61.0%的菌株具有淀粉酶和纤维素酶活性;具有几丁质酶和葡聚糖酶活性的菌株则较少.经16SrRNA基因序列分析鉴定,6株高活性产酶菌株与枯草芽孢杆菌属(Bacillus subtilis)、韩国丛毛假单胞菌(Pseudomonas koreensis)、固氮阴沟肠细菌(Enterobacter cloacae)、苍白杆菌(Ochrobactrum tritici)和嗜麦芽窄食单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)亲缘关系较近,核苷酸序列一致性在98%以上.     

具有ACC脱氨酶活性的绞股蓝根际细菌的分离鉴定及其促生作用

为了筛选含ACC脱氨酶的根际促生细菌,以1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)为唯一氮源,从绞股蓝根际土壤中富集和分离ACC脱氨酶阳性细菌,利用α-丁酮酸测定法和CAS平板法分别检测其ACC脱氨酶活性和产嗜铁素能力,利用菌液培养接种法检测细菌的促生作用,最后通过生理生化试验和16SrRNA基因序列分析对所筛选的菌株进行鉴定.经富集筛选法从绞股蓝根际土壤中分离出9株ACC脱氨酶阳性细菌,它们均具有不同程度的ACC脱氨酶活性,其中3株细菌能产生嗜铁素.促生试验结果表明,7株ACC脱氨酶活性细菌对水稻幼苗根系的生长发育表现出不同程度的促生作用,其中菌株JDG127的促生作用最明显,与对照组相比,水稻幼苗的根长和根鲜重增长了约1.6倍.鉴定结果表明,9株细菌中1株属于单胞菌属(Stenotrophomonas),1株属于类芽胞杆菌属(Paenibacillus),1株属于芽孢杆菌属(Bacillus),2株属于肠杆菌属(Enterobacter),4株属于不动杆菌属(Acinetobacter),与ACC脱氨酶相比,铁载体对根际细菌的促生作用更明显.     

黄土高原沙棘根际氢氧化细菌的分离与种属分布

目的研究陕西黄土高原沙棘(Hippophae rhamnoides)根际氢氧化细菌种属分布。方法利用持续通H2的气体循环培养体系分离纯化细菌。通过TTC(2,3,5-氯化三苯基四氮唑)试验和氧化H2能力测定筛选含有氢化酶的菌株。根据其培养特征、形态特征和生理生化特征进行菌株鉴定。用16S rRNA基因序列分析法对氧化氢能力最强的优势菌株构建系统发育树。结果筛选出6株菌初步确定为氢氧化细菌,并划分为4个属:芽孢杆菌属(Bacillus)、气单胞菌属(Aeromonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和微球菌属(Micrococcus)。其中菌株FS2的16S rRNA基因序列(Gen-Bank登录号为GU084156)与芽孢杆菌属相似性为99%,在系统发育树上位于同一分支,因此将菌株FS2归为芽孢杆菌属(Bacillus)。结论说明氢氧化细菌在自然界分布广泛,并为分析氢氧化细菌的种群结构特征提供基础材料。     

林下连作种植参根际土壤可培养微生物区系及细菌群落对酚酸类化感物质的响应

为探究酚酸类成分对林下连作参根际土壤中微生物区系及可培养细菌群落的影响,以未栽培人参(Panax ginseng C.A.Meyer)林地土壤(1#样品)、连作未发病土壤(2#样品)和连作发病土壤(3#样品)为研究对象,探究根际土壤中微生物区系及可培养细菌群落结构、多样性的变化。同时,通过高效液相色谱(High Performance Liquid Chromatography, HPLC)分析方法对土壤样品中的酚酸进行定性和定量分析。结果表明,2#样品和3#样品土壤可培养微生物总数量与1#样品相比分别下降61.37%和68.24%;可培养细菌分别下降61.36%和68.18%;可培养放线菌分别下降72.97%和75.68%;可培养真菌分别为1#样品的1.40倍和0.47倍。3种样品共分离到193株细菌,分属于4门6纲13目19科39属96种。3种样品中最优势菌纲均为芽孢杆菌纲Bacilli(相对分离频率分别为51.67%、64.00%、48.28%),1#样品、2#样品最优势菌属为芽孢杆菌属Bacillus(相对分离频率分别为15.00%、21.33%),3#样品最优势菌属为链霉菌属...     

四川传统烟区烤烟叶面可培养细菌的遗传多样性分析

为认识烤烟(Flue-cured tobaccos)叶面可培养细菌的多样性,挖掘叶面可培养细菌资源.本研究以四川省各传统烟区旺长期烤烟叶片为材料,通过纯培养法及测定菌株的产吲哚乙酸(IAA)能力、溶磷溶钾特性、纤维素降解活性、拮抗病原菌等,并通过反转录重复因子扩增(BOXA1R-PCR)技术、16S rRNA基因测序和系统发育分析研究叶面可培养细菌的遗传多样性和功能特征.结果表明:分离得到的86株叶面细菌中有12株菌株(占总分离菌株的13.95%)具有产IAA的能力,4株产量较高(57μg/mL);有9株(占总分离菌株的10.47%)表现溶磷活性,8株(占总分离菌株的9.30%)表现溶钾活性.基于BOXA1R-PCR图谱选取12株代表菌株进行16S rRNA基因序列测定,系统发育分析显示,86株菌株分别属于节杆菌属(Arthrobacter)、短小芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、无色杆菌属(Achromobacter)和假单胞菌属(Pseudomona),其中以假单胞菌属(Pseudomonas)为优势菌属.表明四川传统烟区烤烟叶面存在着丰富的细菌资源.     

白色念珠菌与细菌混合感染小鼠阴道炎动物模型的构建及感染菌的鉴定

摘要: 目的 在制作单一白色念珠菌性阴道炎动物模型的过程中,出现了两例严重感染的小鼠,因此,对其感染机 制进行了深入研究。方法 从严重感染小鼠的阴道内分离得到真菌与细菌,经纯化 3 代后得到 15 个真菌样本和 19 个细菌样本,对于真菌样本进行念珠菌的显色培养基鉴定,对于细菌进行了 16SrDNA 提取、PCR 验证和 PCR- DGGE 分析,对不同种细菌的 DNA 样本进行序列测定。结果 分离出 1 种真菌和 4 种致病性细菌,证实了小鼠阴 道重度感染是由 1 种真菌和 4 种细菌共同作用而引起。结论 我们所发现的小鼠阴道重度感染模型,是由白色念 珠菌( Monilia albican) 与 4 种细菌,即变形菌( Proteus vulgaris) 、嗜麦芽寡养单胞菌( Stenotrophomonas maltophilia) 、产 碱杆菌( Alcaligenes Castellani＆Chalmers) 和芽孢杆菌( Bacillus) 的混合感染所致。     

哈密瓜内生细菌的分离及拮抗菌的筛选

对新疆不同品种和不同种植地区的健康哈密瓜植株组织中内生细菌进行分离,共得到252个菌株.经鉴定分属于芽孢杆菌属(Bacillus spp.)、黄单胞菌属(Xanthomonas spp.)、假单胞菌属(Pseudomonas spp.)、欧文氏菌属(Erwinia spp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus spp.)及短小杆菌属(Curtobacterium),其中芽孢杆菌为优势种群.对内生细菌数量测定表明,不同品种、组织及种植地,内生细菌的数量不同,品种间内生细菌的数量变化为3.15×103～2.01×105CFU/g鲜重;各组织中以种子中最多,平均含量在6.18×106CFU/g鲜重;其次为根,再次为叶片,茎和叶柄中较少;对分离菌株进行哈密瓜叶斑病和果斑病菌拮抗菌的筛选表明,252株内生细菌中有71个菌株对叶斑病菌有拮抗作用,占菌株总数的28.2%,抑菌圈半径最大的可达8mm;6.7%的菌株对果斑病菌有拮抗作用.     

生防菌对黄瓜枯萎病防效及其对黄瓜诱导抗性测定

为确定生防菌对黄瓜枯萎病的防效及其对黄瓜诱导抗性,采用生物测定方法,测定了枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)菌剂、粉红粘帚霉(Gliocladium roseum)菌剂、棘孢木霉(Trichodema asperellum)及嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)对黄瓜枯萎病的防治效果及黄瓜叶片几种防御酶活性的影响。结果表明:经棘孢木霉菌对黄瓜枯萎病的防治效果达到70.24%。生防菌剂处理后的黄瓜叶片中4种防御酶的活性变化呈现一定的规律:经粉红粘帚霉、枯草芽孢杆菌和棘孢木霉处理的黄瓜叶片POD活性是空白对照的1.26倍、1.11倍和1.40倍;经嗜麦芽寡养单胞菌和棘孢木霉处理的黄瓜叶片SOD活性分别是空白对照的3.92倍和2.66倍;经粉红粘帚霉、枯草芽孢杆菌、棘孢木霉和嗜麦芽寡养单胞菌4种生防菌处理的黄瓜叶片PAL活性分别仅为空白对照处理的43.01%,69.11%,33.81%,34.70%;经枯草芽孢杆菌、粉红粘帚霉、棘孢木霉和嗜麦芽寡养单胞菌4种生防菌处理的黄瓜叶片CAT活性分别是空白对照的1.04倍、1.88倍、1.07倍和1.07倍。说明黄瓜经生防菌诱导处理后的一部分防御酶活性会升高。     

中华鳖病原菌菌种的分离鉴定及多重PCR的初步建立

对患病中华鳖心脏、肝脏、肠道中分离得到的疑似致病菌株进行常规生理生化鉴定,同时采用分子生物学鉴定方法,设计细菌16srDNA保守区通用引物,进行基因扩增及序列比对,建立并优化多重PCR反应条件.分离鉴定出4种病原菌:迟钝爱德华氏菌(Edwardsiella tarda,Et)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila,Ah)、维氏气单胞菌(Aeromonas veronii,Av)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii,Cf).多重PCR检测体系敏感性与特异性良好,证明多重PCR是一种能快速准确鉴定多种中华鳖致病菌的方法,且操作简单、灵敏度高、稳定性和重复性好.     

环境中抑菌微生物YZ-02的分离鉴定及抑菌机理研究

目的:研究抑菌微生物YZ-02的生长及其抑菌机理.方法:以实验室发现的一株对金黄色葡萄球菌有抑制作用的菌株YZ-02为研究对象,对其形态特征、生长特性、耐药性、抑菌性等进行研究,利用16S rDNA对其进行测序,测定了其基因组框架图,并探究了其抑菌机制.结果:该菌隶属于芽孢杆菌属(Bacillus),可抑制金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等多种常见细菌,对抗生素的耐药性不强,基因组中存在多种芽孢杆菌特有的细菌素基因hag,ituA,tasA等,实时荧光定量RT-PCR分析表明这些细菌素基因在YZ-02菌株抗菌时的表达显著上调.结论:隶属于芽孢杆菌属的YZ-02菌株可抑制多种常见细菌生长,可能是hag基因和ituA基因等细菌素单个或联合作用的结果.     

高效脱酚菌的筛选及微生物多样性分析

为了揭示不同培养基分离的细菌种群的多样性差异及获得高效脱酚菌,采用单链构象多态性技术,以16S rRNA基因的V3区为靶对象,对3种不同培养基SJ(自制培养基)、LB(牛肉膏蛋白胨培养基)、YEB(酵母牛肉膏培养基)分离细菌的种群多样性进行了比较研究.结果表明:SJ培养基比LB和YEB培养基有更高的种群多样性,更适于细菌的分离筛选.利用SJ培养基筛选出的3株高效脱酚菌降解废水中总酚的能力均在99%以上,经过生理生化鉴定和16S rDNA测序,建立了系统发育树,鉴定出这3株菌分别属于气单胞菌属(Aeromonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)和不动细菌属(Acinetobacter).     

番茄灰霉菌拮抗细菌的筛选鉴定及评价

为分离鉴定一些对番茄灰霉菌具有拮抗作用且适合当地生境的生防细菌,以金华连续10年的番茄种植保护地土壤为材料,分离细菌,并以灰霉菌为靶标菌对其拮抗效果进行检验,对候选菌株进行格兰氏染色,将其16S rDNA序列与GenBank中已知标准菌株的16S rDNA序列比对,利用Neighbor-joining方法构建进化树,通过菌株发酵液灌根番茄后48 h,离体叶片挑战接种番茄灰霉菌,以及温室盆栽接种实验明确其防治效果.结果显示:分离获得5株疑似芽孢杆菌,其中1株(JH-2)对番茄灰霉病菌具有较高抗性,鉴定为芽孢杆菌属(Bacillus sp.),与标准菌株AB735995.1解淀粉酶芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)聚于同一分支,同源性高达99%;菌株JH-2发酵液处理的番茄叶片病斑面积为对照处理的77%,防治效果为22.3%;菌株JH-2处理后对番茄灰霉的防治效果为38.9%.以上结果表明,解淀粉酶芽孢杆菌JH-2灌根后,可以触发番茄植株系统抗病性,增强植株免疫能力.     

基于传统分离和高通量测序的健康和患锈腐病西洋参根际土壤微生物群落分析

探究健康和患锈腐病西洋参根际土壤微生物的群落多样性和可培养菌株分离，以期为西洋参锈腐病发生机制及防控提供参考。利用传统分离技术和高通量测序技术分析健康和患锈腐病西洋参的根际土壤，探究其微生物的群落组成及多样性变化。经由传统分离技术合计得到24株细菌和25株真菌，优势菌属包括假单胞菌属(Pseudomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)和青霉菌属(Penicillium)。高通量测序结果显示，健康和锈腐病土壤中细菌群落均以蓝细菌门(Cyanobacteria)和变形门(Proteobacteria)为主；患锈腐病组有所降低的为蓝细菌门(Cyanobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)和变形菌门(Proteobacteria),大幅上调的为拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)与厚壁菌门(Firmicutes)。健康和锈腐病土壤内所含的真菌群落以子囊菌门(Ascomycota)为主，被锈腐病感染后有所上调的为担子菌亚门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)与被孢...     

会仙湿地底泥可培养微生物

利用平板涂布法分离会仙湿地底泥可培养原核微生物,共获得65个分离株,基于细菌16S rRNA基因序列的相似性和系统聚类分析显示,它们分属4个门,12个属,24个种,包括厚壁菌门的芽孢杆菌属Bacillus、类芽孢杆菌属Paenibacillus、Fictibacillus属、Lysinibacillus属和肠球菌属Enterococcus;放线菌门的链霉菌属Streptomyces和红球菌属Rhodococcus;变形菌门的假单胞菌属Pseudomonas、寡养单胞菌属Stenotrophomonas、泛菌属Pantoea、代尔夫特菌属Delftia以及拟杆菌门的金黄杆菌属Chryseobacterium。分离株中芽孢杆菌属的菌株占53.85%,为优势菌群,其在有机物含量高的条件下会大量繁殖,与湿地富营养化特征相吻合;分离的微生物中含10株4种条件致病性菌,占分离株的15.38%,有机砷耐受菌株30株12种,占46.15%,表明该生态环境已被人为活动严重影响。此外,还分离获得对农药五氯硝基苯(PCNB)耐受性在300 mg/L以上的菌株1株,它们的出现与当地农药与化肥的滥用有着直接关系。     

骆驼肠道内3种含氮杂环化合物富集培养的微生物多样性

为研究骆驼(Camelus bactrianus)体内是否存在潜在的杂环化合物降解菌,采集3头骆驼肠道内容物,分别以吡啶、喹啉和吲哚3种含氮杂环化合物作为唯一碳源和氮源进行5代富集培养.通过高通量测序技术对肠道内容物和5代富集培养微生物进行了测序分析.结果显示:骆驼肠道中经过杂环化合物(吡啶、喹啉、吲哚)富集后,变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)5个门类在富集的微生物中丰度最高;骆驼肠道内吡啶富集的优势菌属于芽孢杆菌属(Bacillus)、鞘氨醇杆菌属(Sphingo-bacterium)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)和假单胞菌属(Pseudomonas),吲哚富集的优势菌属于芽孢杆菌属、棒状杆菌属(Corynebacterium)和赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus),而喹啉富集的优势菌以鞘氨醇杆菌属为主.骆驼肠道内容物原始样品经过吡啶、喹啉、吲哚富集5代后,优势菌群发生了较大的改变,这暗示骆驼肠道内存在具有降解吡啶、吲哚和喹啉潜能的微生物,且涉及这3种杂环化合物的降解菌群不同.     

高温高矿化度超稠油油藏细菌多样性分析

运用16S rDNA克隆文库技术分析研究了塔河油田高温高矿化度超稠油油藏中的细菌多样性.研究结果表明:在油藏温度100～130℃、地层水矿化度26×104mg/L、地面原油黏度10×104mPa.s的油藏环境中,存在丰富的细菌群落,其中包括Candidate division OP菌、盐单胞菌(Halomonas sp.)、耐盐芽孢杆菌(Bacillus halodurans)和油杆菌(Petrobacter sp.)等具有耐温、耐盐和降解原油的生理生化特性的菌群,同时还存在大量未培养的微生物.     

基于高通量测序的液态奶中微生物多样性研究

目的 为探究不同液态奶样品中微生物的菌群组成和其多样性。方法 采用高通量测序技术对液态奶中细菌16S rRNA的V₃-V₄区进行测序,研究了四组液态奶样品在门水平和属水平的菌群结构。结果 四组样品中共有分类操作单元(Operational Taxonomic Unit, OTU)数目为119个,独有的OTU数分别占15.0%、6.85%、8.86%和12.35%。在门水平,厚壁菌门和变形菌门是四组液态奶的共有菌门,其中4组样品中厚壁菌门的相对丰度分别为38.9%、73.8%、20.9%、29.6%,变形菌门的相对丰度分别为46.9%、10.0%、28.0%、17.2%;在属水平,4组液态奶中的优势菌属分别是芽孢杆菌属、短波单胞菌属;芽孢杆菌属;Cloacibacterium和寡养单胞菌属;芽孢杆菌属、微杆菌属和异常球菌属。结论 四组样品在门水平的菌群组成基本相似。属水平上,液态奶中含有的不动杆菌属、芽孢杆菌属和克雷伯氏菌属属于嗜冷菌,这些菌属可以导致液态奶发生腐败变质等现象。这为今后探索液态奶中腐败菌防治措施提供重要依据。     

降解苯酚细菌的分离及其生理特性研究

从工业废水中分离到两株可以降解苯酚的细菌，初步确定为假单胞菌属(Pseudomonas)和芽孢杆菌属(Bacillus),分别命名为C1和C2，菌株C1和C2都能在以苯酚为唯一碳源的无机盐培养基中生长，并且确立了它们的最适培养条件。在苯酚浓度适宜的条件下，不同氮源对于苯酚的降解效率有一定的影响．