DNA芯片技术及其农业应用

 ＤＮＡ芯片（ＤＮＡｃｈｉｐ）是生物芯片（ｂｉｏ-ｃｈｉｐ）的一种 ,它有多种同义词 :基因芯片（ｇｅｎｅｃｈｉｐ）、ＤＮＡ显微芯片（ＤＮＡｍｉｃｒｏｃｈｉｐ）、ＤＮＡ阵列（ＤＮＡａｒｒａｙ）、ＤＮＡ显微阵列（ＤＮＡｍｉｃｒｏａｒｒａｙ） ;另外 ,由于ＤＮＡ芯片是一种寡核苷酸 ,所以也称为寡核苷酸阵列（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅａｒｒａｙ）或寡核苷酸芯片（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｃｈｉｐ）［１］。显微阵列分析源于固体表面的生化试验。芯片技术就是利用高密度的分子阵列分析方法来检测生化样品 ,ＤＮＡ或ＲＮＡ混合物用酶促方法加上核苷酸作为标记形成报告标签 ,再与显微阵列进行杂交。     

墨天牛属三个近缘种的RAPD分析

应用ＲＡＰＤ（随机扩增的多态性ＤＮＡ）技术,分析了墨天牛属三个近缘种－松墨天牛、云杉大墨天牛和云杉小墨天牛的ＤＮＡ多态性。通过采用多种引物对同种天牛幼虫的浸渍标本和新鲜标本的ＤＮＡ多态性研究,发现浸渍标本与新鲜标本ＤＮＡ扩增后的电泳指纹图谱完全一致;同种害虫不同虫态间的ＤＮＡ指纹图谱完全一致;三种随机引物可明显鉴别三种天牛幼虫。这为天牛近缘种的鉴定,尤其是天牛幼虫的鉴定提供了一种新方法。     

河南西峡恐龙18srDNA片段质颖

按照ｒＤＮＡ的结构特点，将ＤＡ１８Ｓ１，７与其他８种生物的ｒＤＮＡ序列进行排列比较，结果表明这２上序列不是恐龙ｒＤＮＡ片段ＤＡ１８Ｓ７看来更接近一种植物ｒＤＮＡ片段，而ＤＡ１８Ｓ１与２种参与比较的真菌ｒＤＮＡ序列有很高的同源性，它们与脊椎动物ｒＤＮＡ的同源性分别只在６７．８％－７４．１％之间。     

叶绿体DNA种内多样化

着重讨论了９科３２种植物叶绿体ＤＮＡ种内多样化，进而探讨叶绿体ＤＮＡ种内多样化的遗传学基础和意义。     

河南西峡恐龙18srDNA片段质疑

按照ｒＤＮＡ的结构特点，将ＤＡ１８Ｓ１，７与其他８种生物的ｒＤＮＡ序列进行排列比较，结果表明这２个序列不是恐龙ｒＤＮＡ片段，ＤＡ１８Ｓ７看来更接近一种植物ｒＤＮＡ片段（与金虎尾的同源性达９４％以上），而ＤＡ１８Ｓ１与２种参与比较的真菌ｒＤＮＡ序列有很高的同源性（８８．３％和８９％），它们与脊椎动物ｒＤＮＡ的同源性分别只在６７．８％～７４．１％之间。     

一种上膜虫线粒体DNA提取的新方法

本文根据四膜虫线粒体ＤＮＡ（ｍＤＮＡ）对碱稳定这一特性，建立了一种更为简便的，能直接提取四膜虫线粒体ＤＮＡ的方法。该方法快速简便，重复性好，可用于游离细胞材料ｍｔＤＮＡ的提取。     

一种快速简单的质粒DNA纯化方法

文中介绍一种快速获取高纯度质粒ＤＮＡ的方法，这种称之为万能微量制备（ＴｈｃＭａｇｉｃＭｉｎｉｐｒｅｐｓ）ＤＮＡ纯化系统在质粒ＤＮＡ纯化过程中不用有机溶剂抽提和乙醇沉淀，而用一万能微柱吸附质粒ＤＮＡ，吸附上的质粒ＤＮＡ可用于水或ＴＥ缓冲液洗脱出来，且不含任何盐或主同分子杂质，纯化的质普ＤＮＡ不需进一步处理即可直接进行ＤＮＡ顺序测定和限制性内切酶消化，整个过程可在１５ｍｉｎ内完成，不失为一种简单可靠的     

一种简便实用的植物总DNA提取方法

对近年来发展起来的植物基因组ＤＮＡ提取方法进行了改良,提出一种简便,实用的ＤＮＡ提取方法,所得ＤＮＡ的产量和纯度能够满足基因工程操作的要求。     

Ru（phen）3^2＋与小牛胸腺DNA和鱼精DNA作用的研究

用吸收光谱、荧光光谱和ＣＤ光谱等方法研究了配合物Ｒｕ（ｐｈｅｎ）３２＋与小牛胸腺ＤＮＡ和鱼精ＤＮＡ的作用．结果表明，配合物Ｒｕ（ｐｈｅｎ）３２＋与小牛胸腺ＤＮＡ作用为插入作用方式，而与鱼精ＤＮＡ的作用却是面式结合方式．该配合物与这两种ＤＮＡ的作用具有不同的立体选择性．     

Chelex~100提取果蝇非新鲜标本核基因组方法的建立

引言从大量材料中提取ＤＮＡ的经典方法包括分离和纯化的过程，繁琐的操作步骤会引起提取物的污染。Ｃｈｅｌｅｘ○Ｒ１００是一种弱的阳离子螯合树脂，可以螯合一些被认为在高温、低离子强度下催化ＤＮＡ降解的金属离子［１］，在提取ＤＮＡ过程中防止ＤＮＡ的降解。此外...     

3种提取淡水涡虫基因组DNA方法比较

分别用试剂盒法、改良的CTAB法、改良的酚-氯仿抽提法提取活体涡虫和95%酒精固定的涡虫标本的基因组DNA.结果显示:试剂盒法提取的基因组DNA质量最好,主要表现在分子完整,几乎无降解,并且该方法所得DNA的产率也比另外两种方法的产率要高,试剂盒法是最适合涡虫基因组DNA制备的方法.相同起始物质量条件下,3种方法从活体涡虫中提取的DNA量和纯度均高于95%酒精固定的涡虫标本,但试剂盒法提取95%酒精固定半年以上的涡虫标本,所得DNA产率较高、质量较好,可满足PCR扩增等分子生物学实验的要求.     

海洋底泥环境DNA提取与纯化方法比较研究

为了探索有效的海洋底泥宏基因组DNA提取与纯化方法,分别采用CTAB结合SDS法、CTAB结合玻璃珠法、SDS结合蛋白酶K法和SoilMasterTM试剂盒法提取海洋底泥宏基因组DNA,用柱式腐殖酸清除试剂盒法与电洗脱法纯化宏基因组DNA,并对宏基因组DNA的产量与纯度进行评价.结果表明:SDS结合蛋白酶K法提取率最高,DNA片段完整;SoilMasterTM试剂盒法与CTAB结合SDS法次之;CTAB结合玻璃珠法有严重降解;电洗脱法可以得到高纯度、大于42kb宏基因组DNA片段.因此,SDS结合蛋白酶K法和电洗脱法提取纯化海洋近海底泥宏基因组DNA优于其他方法.     

三种血液基因组 DNA 提取方法的比较研究

摘要: 目的 比较采用 3 种不同 DNA 提取方法提取豚鼠血液基因组 DNA 之间的差异。方法 分别用新鲜抗凝血 NaI 手提法、血凝块手提法和试剂盒 DNA 提取法提取 20 只豚鼠血液基因组 DNA,用分光光度计测定、琼脂糖凝胶 电泳、PCR 扩增等方法对提取的 DNA 片段的完整性、浓度、纯度和用于 PCR 扩增的效果等方面进行比较研究。结 果 新鲜抗凝血 NaI 手提法提取的 DNA 完整性、浓度和纯度均为最高; 血凝块法提取的 DNA 浓度和抗凝血提取的 DNA 浓度接近但纯度最低,有一定程度的断裂和降解; 试剂盒法提取的 DNA 浓度最低,纯度和完整性处于中间,但 三种方法提取的 DNA 都可用于 PCR 扩增反应。结论 3 种方法都可以提取基因组 DNA 并且所提取的 DNA 均能 满足后续 PCR 扩增实验的要求,但每种方法各有利弊,可根据具体的条件选择适宜的方法。     

大草履虫总DNA的提取方法比较

快速而稳定地提取大草履虫的基因组DNA是进行后续分子生物学研究的前提.文章通过比较传统SDS法、CTABⅠ法和CTABⅡ法等提取大草履虫DNA的效果,进一步优化提取方法,获得快速稳定地提取大草履虫基因组DNA的方法.结果表明:用CTAB I法提取的DNA浓度低,杂质较多;CTABII提取的DNA电泳时检测不出条带;而SDS法提取的DNA在电泳时带型较整齐,无降解,且DNA的得率和纯度较高,但仍有蛋白质污染.针对蛋白质的去除,用SDS-蛋白酶K法和SDS-NaAc法来提取DNA,经过试验发现这2种方法都能够很好地去除蛋白质,所获DNA样品的纯度和得率都能用于进一步分子试验,而SDS-NaAc法更经济适用.     

菊叶香藜（Chenopodium foetidum）基因组DNA的提取方法研究

文章通过传统CTAB法、改良CTAB法、SDS法、高盐低pH法和试剂盒法等5种方法,对菊叶香藜进行基因组DNA提取,旨在筛选一种菊叶香藜基因组DNA的适宜提取方法。同时用紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳对5种方法所提DNA进行检测,并对改良CTAB法提取的DNA进行RAPD-PCR扩增检测。结果表明：改良CTAB法提取速度较快,便于操作,提取的DNA质量较好,进行的RAPD-PCR扩增条带清晰,能满足分子标记的要求。因此,改良CTAB法为菊叶香藜基因组DNA可靠并合适的提取方法。     

麻疯树适生区域土壤DNA提取及多重PCR验证

比较了4种土壤总DNA提取方法应用于四川西昌去南元谋和海南海口三地麻疯树适生区土壤样品的DNA提取效果,发现改进后的方法1和方法4提取效果显著好于方法2和方法3.不仅如此,采用多重PCR扩增方法证明方法1和方法4扩增的真菌DNA产量所占比例增加,说明所得DNA更具有代表性.然而仅有方法4能成功提取海南及云南两地麻疯树适生地区的土壤总DNA,但提取的DNA纯度和产量过低,说明还需进一步进行优化.     

不同土壤微生物DNA提取方法比较

用4种土壤微生物DNA提取方法提取了3种类型土壤的微生物总DNA,利用分光光度法测定4种DNA的OD260、OD280,并计算和分析DNA提取物的产率和纯度.研究发现：方法4即改良的DNA提取方法,无论是提取DNA的产率,还是提取DNA的纯度,都较其他3种方法高,说明改良的DNA提取方法能够准确有效地提取3种类型土壤的...     

高质量冬青卫矛DNA提取方法

为了从富含多酚和多糖的冬青卫矛叶片中分离高质量基因组DNA,比较了SDS法、CTAB法、高盐低pH值法及改良的CTAB法等提取DNA的方法,获得了一种以CTAB法为基础的分离高质量完整DNA的简便、快速方法。结果表明,使用该方法从冬青卫矛叶片中分离得到高纯度、高产量的DNA,A260/A280为1.84,1 g鲜叶的DNA产量为213.5μg,表明该方法可有效地从富含多酚和多糖的药用植物组织中提取高质量DNA。     

红碱淖遗鸥血液基因组DNA提取方法的比较研究

采用酚-氯仿法和改良Miller盐析法从红碱淖遗鸥冷冻血液样品中提取基因组DNA,以筛选遗鸥冷冻血液DNA的最佳提取方法.结果显示：酚-氯仿法琼脂糖凝胶电泳DNA样品亮度和清晰度较高,条带较粗,纯度较高;而改良Miller盐析法提取基因组DNA,获得率较低,并且难以去除杂质;酚-氯仿法提取时,酶解16 h比酶解10 h的DNA提取效果好,说明在一定时间范围内,延长酶解时间可有效地提高DNA提取效果.上述结果提示,酚-氯仿法对遗鸥冷冻血液基因组DNA提取的效果优于改良Miller盐析法.     

岩陀DNA提取方法研究

以岩陀植物嫩叶为材料,用不同方法对岩陀叶片DNA进行提取,比较提取的质量差异,寻找适合岩陀叶片总DNA的提取方法,以满足多基原民族药岩陀DNA条形码识别系统构建的研究需要。采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、改良的CTAB法、十二烷基硫酸钠(SDS)法及碱裂解法提取岩陀叶片总DNA,利用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法及PCR扩增效果检查DNA提取的质量。结果显示四种方法均能从岩陀植物叶片中提取到基因组DNA,改良CTAB法提取的DNA纯度和完整性明显好于其他方法,且采用此法进行PCR扩增获得的目标条带明亮单一,扩增效率达到100%。改良的CTAB法是岩陀叶片总DNA的提取中最为合适的提取方法,能够满足后续DNA条形码的研究需要。