粗壮女贞RAPD-PCR实验体系优化的研究

以粗壮女贞嫩芽为材料,对粗壮女贞RAPD分析中一些重要影响因素,包括模板DNA浓度、dNTPs浓度、Mg2 浓度、Taq酶用量、退火温度、延伸时间以及循环次数等因子进行了比较系统的摸索和优化.建立了适合粗壮女贞RAP-PCRD分析的优化反应体系:即25μl 反应体系中Mg2 浓度为2.5mM,dNTPs浓度为200μM,Taq酶用量为2.0U,引物浓度为10pmol,模板浓度为80ng.PCR扩增程序为:94℃预变性4min,然后按94℃变性30s,37℃退火45s,72℃延伸120s,进行40个循环,最后于72℃延伸10min.以该优化的RAPD条件进行重复实验,其实验结果重现性良好.     

山药基因组DNA的提取和RAPD反应条件的优化

研究了山药基因组DNA的提取方法;对Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度和Taq酶用量进行了优化,建立了最佳的RAPD反应体系:在25μL反应体系中Mg2+浓度为2.0 mmol.L-1,dNTPs浓度为0.25 mmol.L-1,引物浓度为20 pmol.L-1,Taq酶1.5 U,模板DNA为200 ng.扩增程序为:95℃预变性7 min;94℃变性30 s,36℃退火45 s,72℃延伸2 min,共35个循环;72℃终延伸10 min.     

赤松ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为了建立赤松ISSR-PCR反应体系,利用正交试验分别对影响赤松PCR反应的dNTP浓度、Mg~(2+)浓度、Taq酶浓度、引物浓度、模板浓度进行了优化,并通过梯度PCR确定引物的最佳退火温度和循环次数.最终确定赤松ISSR-PCR最佳反应体系及扩增条件为:25μL反应体系中含2.5μL 10×PCR Buffer、3 mmol·L~(-1)dNTP、1.5 mmol·L~(-1)Mg~(2+)、0.5 U Taq酶、0.3μmol·L~(-1)引物、9 ng模板;扩增程序为:94℃预变性5 min,然后进行94℃变性30 s,55℃退火45 s(退火温度随引物不同而变化),72℃延伸2 min,35个循环,最后72℃延伸7 min.这一ISSR-PCR反应体系,为今后利用ISSR技术对赤松进行物种分类鉴定奠定了基础.     

海南普通野生稻ISSR-PCR反应体系的优化

通过不同浓度的Mg2+、模板DNA、dNTPs、Taq酶、引物、退火温度和循环次数的单因素试验,筛选海南普通野生稻最佳ISSR-PCR反应体系为:15μl反应体系中含2.0 mmol/L MgCl2,50 ng模板DNA,200μmol/L dNTPs,1.20 U Taq酶,1.5μmol/L ISSR引物,50 mmol/L KCl 10 mmol/L Tris-HCl(pH8.3).反应程序:94℃预变性5 min;94℃,1 min,52℃,1 min,72℃,2 min,35个循环;72℃延伸10min,4℃保存.     

短花针茅SSR-PCR反应体系的建立及引物筛选

以采集于我国内蒙古高原、黄土高原和新疆等地的6个短花针茅野生种群为材料,采用正交实验的方法对模板DNA、Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶和引物浓度进行5因素4水平的正交优化设计,依据同源物种紫花针茅的19对SSR引物筛选适用于短花针茅的SSR引物.结果表明:(1)短花针茅最佳SSR-PCR反应体系为(25μL):100ng模板DNA 1μL、2.0mmol/L的Mg2+2.5μL、100μmol/L dNTPs 2μL、2.0U Taq DNA聚合酶0.5μL、0.2μLmol/L上下游引物各1μL,其余用ddH2O补足.(2)建立了重复性和稳定性较好的SSR-PCR扩增程序:94℃预变性3min;94℃变性30s,退火温度与每个引物相对应,退火30s,72℃延伸30s,共30个循环;最后72℃延伸10min;4℃保存,扩增结束.(3)筛选出7对多态性较好的短花针茅SSR引物,同属植物基因组SSR引物的通用率为36.84%.本研究对于进一步探讨短花针茅种群遗传多样性提供参考价值.     

均匀设计优化黑木相思ISSR-PCR体系

采用均匀设计,对影响黑木相思ISSR-PCR体系的引物、Mg2 、dNTP、Taq DNA聚合酶和模板DNA浓度等进行5因素5水平和5因素3水平两轮优化,建立了适合于黑木相思ISSR-PCR的体系:在20μL反应体系中,含引物0.30μmol.L-1,Mg2 3.00 mmol.L-1,dNTP 0.15 mmol.L-1,Taq DNA聚合酶0.75U,模板DNA 2.00 ng.μL-1.在此基础上对扩增程序中的循环次数、退火温度、退火时间进行筛选,获得的扩增程序为:94℃预变性5 min;接着进行33个循环:94℃变性35 s,52~61.5℃退火52 s,72℃延伸90 s;循环结束后,72℃延伸10 min.同时筛选得到10个扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物.     

铁皮石斛野生居群研究(Ⅳ):RAPD反应体系的构建与优化

为获得铁皮石斛RAPD的最佳反应体系,本文对影响RAPD反应的模板含量、Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶浓度、扩增程序及退火温度等多种因子进行了构建与优化.通过各因子的组合研究,我们得到铁皮石斛RAPD反应最适扩增体系是:25μLPCR反应体积,10×Buffer 2.5μL,2.5 mmol/L MgC l2,dNTP 2.5μL(各2.5mmol/L),模板DNA为30 ng,Taq聚合酶1.5 U,随机引物12 pmol,ddH2O 14.2μL.最佳扩增程序:94℃预变性3m in,94℃变性50 s,38℃复性1 m in,72℃延伸2 m in,循环40次;最后72℃延伸5 m in.4℃保存.     

罗汉果ISSR-PCR反应体系的建立

以罗汉果 ( Siraitia grosvenorii) DNA为材料 ,分析了模板 DNA,Mg2 + ,d NTPs,引物的浓度 ,Taq DNA聚合酶的用量以及循环次数对 ISSR-PCR扩增结果的影响 ,确立了稳定的、可重复的罗汉果 ISSR最佳反应体系和 PCR扩增参数 :在 2 5μL的 PCR反应体系中 ,含 2 0～ 5 0 ng模板 DNA,1 U Taq酶 ,1× PCR缓冲液 ,2 .0 mmol/L Mg Cl2 ,4种 d NTPs各 2 0 0 μmol/L,0 .5 μmol/L引物 ;PCR扩增程序为 94°C预变性 3 min,接着进行 40个循环 :94°C变性 1 min,5 2°C退火 5 0 s,72°C延伸 2 min,循环结束后 72°C延伸 7min.     

高粱胞质雄性不育及保持系的RAPD技术优化

以高梁细胞质雄性不育系和保持系A1T623A/B,A2V2A/B为材料，考察了Mg^2 ，Taq酶，dNTP，引物，模板等的用量、循环参数及不同的PCR仪对随机扩增多态性DNA（RAPD）反应的影响。结果发现：在25μL体系中，MgCl22．0mmol/L，Taq酶0．75U（1U＝1μmol/min），dNTP0．15mmol／L，引物16．5ng，模板30ng，明0．001％，KCl50mmol。L，Tris10mmol/L（pH8．3）为最佳反应混合物组合。对PeltierThermalCycler200而言，94℃预变性5min，94℃预变性5in，94℃变性1min，35℃退火1min，72℃延伸2min，最后72℃保温5min，共计40个循环为最佳扩增条件；对PerkinElmerCetusDNAtThermalCycler-480而言,采用94℃预变性3min后，前3个循环，94℃变性1min，35℃退火1min，72℃延伸2min，后37个循环，94℃变性30s，36℃退火45s，72℃延伸45s，72℃延伸1min，最后72℃保温5min的循环程序可获得理想扩增。并阐述了优化RAPD实验体系的设计原则。     

爱玉ISSR反应体系的建立与优化

通过单因子试验和正交设计,对影响爱玉ISSR-PCR扩增效果的因素,如模板DNA用量、Taq酶用量、dNTPs浓度、引物浓度、延伸时间和循环次数等指标进行优化.实验确立了可用于爱玉ISSR-PCR分析最适宜的反应体系：20 μL反应体积中含1 ng模板DNA、1.0 U Taq酶、0.4 μmol/L引物和0.18 mmol/L dNTPs;PCR扩增程序为94 ℃预变性4 min;94 ℃变性45 s,53 ℃退火45 s,72 ℃延伸2.5 min,共35个循环;72 ℃延伸7min,4 ℃保存.应用该体系对14份爱玉种质进行扩增,证实了该体系的适用性和稳定性.     

RAPD法研究穗花杉遗传多样性的反应条件优化

以改进CTAB法抽提的中国特有濒危植物穗花杉嫩叶总DNA为模板,进行随机扩增多态性DNA(RAPD)最佳条件优化,结果表明:RAPD分析最佳反应体系为10×Buffer缓冲液2μL,模板70ng,Mg2+2.0mmol/L,dNTPs0.2mmol/L,引物0.60μmol/L,Taq酶1.5U,PCR反应体积为20μL.最佳扩增程序为94℃5min,1个循环;94℃1min、37℃1min、72℃2min,40个循环;72℃10min,1个循环.     

应用RAPD技术构建绞股蓝DNA指纹图谱

以不同类型绞股蓝(Gynostemma Pentaphyllum,(Thunb)Makino)DNA为模板,进行RAPD反应条件的优化及RAPD结果分析.最终筛选的RAPD反应条件为:20μL PCR反应体系中包括了10×buffer2.0μL,Mg2 2.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,引物0.5 mmol/L,Taq酶1U,模板DNA 50 ng.反应程序为94℃3 min→(94℃30 s→38℃40 s→72℃1 min)45个循环→72℃10min→4℃保持,并从66条随机引物中筛选出5条带型丰富、适合于绞股蓝分析的随机引物.以这5条随机引物对不同类型绞股蓝进行RAPD扩增,识别其特征性多态位点,建立分子标记检索表.     

三角梅ISSR反应体系的建立和优化

对影响三角梅ISSR-PCR扩增反应的各个参数进行优化,建立适合三角梅的ISSR反应体系:PCR反应体积为20μL,其中10×buffer(含Mg2+)2.0μL,dNTP250μmol/L,Taq酶1.0U,引物0.3μmol/L,模板DNA20ng。扩增程序为:94℃预变性5min;94℃变性1min,51.6℃退火1min,72℃延伸2min,34个循环;最后72℃延伸7min。该反应体系标记点位清晰、稳定、重复性好,适宜三角梅ISSR分析,为应用ISSR技术鉴定三角梅种质资源、分子标记辅助选择育种及其遗传多样性研究奠定了基础。     

华山松ISSR反应体系的优化

为获得条带清晰、稳定和多态性高的华山松ISSR扩增结果,对引物、Mg~(2+)浓度和退火温度等因素进行了优化.确定了ISSR分析的最佳PCR条件:15μL反应体系中,10×PCR buffer反应缓冲液1.5μL,模板DNA 22.5 ng,Mg~(2+)2.2 mmol/L,d NTPs 0.23 mmol/L,引物0.93μmol/L,Taq DNA聚合酶0.027 U/μL.PCR反应程序为:经94℃预变性4min后,经过94℃变性30 s,Tm-4.8℃退火30 s,72℃延伸108 s共33个循环;循环结束后72℃延伸10 min.从44条ISSR引物中筛选出12条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物.对华山松ISSR实验优化体系的建立,为今后利用ISSR分子标记技术开展华山松种间遗传变异分析和构建遗传图谱等研究奠定了基础.     

水稻SRAP-PCR体系的建立与优化

对影响水稻SRAP-PCR扩增结果的模板质量浓度、dNTP Mixture浓度、Mg2+浓度以及引物、反应程序进行了探索,获得在使用大连宝生物Taq酶时能够稳定扩增水稻基因组的SRAP-PCR体系:在25μL体系中,合适的模板DNA质量浓度为0.8~1.2 ng/μL,Mg2+浓度为2~3 mmol/L,dNTP浓度为0.15~0.20mmol/L,按照Li和Quiros设计的程序或按照“94℃预变性5 min;94℃变性1 min,35℃复性1 min,72℃延伸1min,35循环,最后72℃延伸10 min,4℃保存“的程序进行扩增可以得到较为满意的结果.Li和Quiros设计的30对引物均能用于水稻SRAP-PCR.     

正交设计优化太子参ISSR-PCR反应体系

利用正交设计实验对影响太子参ISSR-PCR扩增的重要因素(d NTPs、引物、Taq酶、模板DNA浓度)进行优化,以建立太子参ISSR-PCR的优化反应的最佳体系,25μL反应体系中包含d NTPs300μmol/L,引物500nmol/L,Taq酶1U及模板DNA 50ng.适宜的扩增程序为94℃预变性5min;94℃变性40s,46℃退火45s,72℃延伸2min,41次循环;最后于72℃延伸7min,4℃进行保存.该正交体系的建立,将为太子参种质资源鉴定及遗传多样性的研究提供技术支持.     

干用辣椒RAPD—PCR反应体系正交优化的研究

以干用辣椒幼苗为材料,研究了干用辣椒RAPD分析过程中的Taq酶、Mg^2＋,dNTPs、引物、模板DNA浓度、退火温度等影响因素,建立适合干用辣椒RAPD反应的PCR体系,即25μL反应体系中含有解体Taq酶1．5U、Mg^2＋2．5mmol／L,dNTPs0．6mmol／L、引物0．8μmol／L、模板DNA60ng．扩增程序为：94℃预变性4min;94℃变性1min,37℃退火1min,72％延伸1．5min,40个循环;最后72℃副延伸5min．     

新疆杏品种自交不亲和S-RNase基因PCR扩增体系的优化

以3个新疆杏品种的叶片为试材,以其叶片基因组DNA为模板,分别对PCR扩增体系中的10×Buffer(含Mg2+)、dNTP、上下游引物、TaqDNA聚合酶和退火温度5个因素设计6个梯度,研究了新疆杏品种自交不亲和S-RNase基因PCR扩增条件,建立其优化的PCR扩增体系。研究结果表明:其扩增程序为94℃预变性5min,94℃变性45s,52℃退火45s,72℃延伸2min,35个循环后72℃延伸10min,25μL反应体系10×Buffer(含Mg2+)2.5μL,dNTP0.08mmol/L,上下引物0.16μmol/L,DNA80ng,DNA聚合酶1μL,此为最优的反应体系。     

椭圆食粉螨ISSR-PCR反应体系正交优化试验设计

以椭圆食粉螨基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,建立椭圆食粉螨的ISSR最佳反应体系.优化得到的反应体系为:Mg2 浓度1.0 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U、dNTPs浓度0.2 μmol/L、引物浓度0.3 μmol/L、模版DNA量40 ng.反应程序为:94 ℃预变性5 min;94 ℃变性1 min,48℃、50℃、52 ℃(不同引物退火温度各异)复性1 min,72 ℃延伸1.5 min,35个循环;72 ℃延伸5 min;4 ℃保存.通过梯度退火试验,确定不同引物的最适退火温度.     

柚ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以柚类种质资源为材料,对影响其ISSR-PCR反应结果的模板浓度、Taq酶浓度、dNTPs浓度、引物浓度、循环次数进行了探讨.结果表明,25μL的反应体系为：20-80ng的DNA,0.2mMdNTPs,2.0mM MgCl2,1μM引物,1.5UTaq酶.PCR扩增程序为：94℃预变性4min,94℃变性40sec,48-58℃（视引物而定）1min,72℃延伸2min,35个循环,72℃延伸7min.