|
|||||
|
|
| 基于D2shepp 统计法的非序列局部比对 | |
| 作者姓名： | 刘雪梅 文德华 於黄忠 高亚妮 |
| 作者单位： | 华南理工大学 物理系,广东 广州 510640 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目,华南理工大学中央高校基本科研业务费专项资金资助项目 |
| 摘 要： | 两条生物序列间的相似性比对是计算生物学探讨的主要问题之一,一种快速的依赖于k-元组的D2shepp 统计法目前已被应用到非序列比对中．文中在零模型的基础上产生两条相互独立的随机序列,基于D2shepp 统计法进行了两条序列的局部比对,找到局部比对的最优值并求和． 在此基础上模拟了Power 值的分布情况,并分析了不同k 参数下的Power 值分布． 在相同参数下将文中提出的局部比对与已有的D2shepp 统计的全局比
对进行比较,发现局部比对D2shepp 统计的Power 值随着序列长度的增大而快速地接近于1,比全局比对更加快速、准确． |
| 关 键 词： | 非序列比对 D2shepp 统计法 局部比对 Power 值 |
| 收稿时间： | 2011-03-18 |
| 本文献已被 万方数据 等数据库收录！ | |
| 点击此处可从《华南理工大学学报(自然科学版)》浏览原始摘要信息 | |
| 点击此处可从《华南理工大学学报(自然科学版)》下载全文 | |