| 基于可视化图形特征融合的蛋白质组学质谱数据分析 |
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| 引用本文： | 孟辉,洪文学,宋佳霖,王立强.基于可视化图形特征融合的蛋白质组学质谱数据分析[J].燕山大学学报,2008,32(5). |
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| 作者姓名： | 孟辉 洪文学 宋佳霖 王立强 |
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| 作者单位： | 1. 燕山大学,电气工程学院,河北,秦皇岛,066004
2. 燕山大学,车辆与能源学院,河北,秦皇岛,066004 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，河北省自然科学基金 |
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| 摘 要： | 近年来,对蛋白质组学质谱数据进行模式识别成为癌症诊断的一种新方法,由此发现的新生物标记物已经成功用于多种重大疾病的早期预测.这种方法的两个难点是:如何提取能够明显区分不同类别的特征,如何有效处理谱数据中大量的特征.本文提出基于多元图形特征融合的方法对蛋白质组学质谱高维数据进行可视化降维处理.在对质谱数据进行必要的预处理后,选择部分原始特征并将其映射到多元图表示域.通过多层递阶图形特征选择与提取得到最终的多元图癌症诊断模板.采用国际公开卵巢癌高通量数据集进行验证,得到了较好的分类效果.
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| 关 键 词： | 蛋白质组学质谱数据 癌症诊断 预处理 多元图形特征融合 |
Analysis of protein mass spectra based on multivariate feature fusion visualization |
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| MENG Hui,HONG Wen-xue,SONG Jia-lin,WANG Li-qiang.Analysis of protein mass spectra based on multivariate feature fusion visualization[J].Journal of Yanshan University,2008,32(5). |
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| Authors: | MENG Hui HONG Wen-xue SONG Jia-lin WANG Li-qiang |
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| Institution: | MENG Hui 1,HONG Wen-xue 1,SONG Jia-lin 1,WANG Liqiang 2 (1. College of ElectricalEngineering,Yanshan University,Qinhuangdao,Hebei 066004,China,2. College of Vehicle ,Energy Engineering,China) |
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| Abstract: | Protein mass spectra pattern recognition has recently emerged as a new method for cancer diagnosis. Application of pro- teomic mass spectra coupled with pattern classification techniques to discover novel biomarkers has been successfully used for the predictivediagnoses of severalcancer diseases. However, theextraction of goodfeatures that can represent the identitiesofdifferent classes plays the frontal critical factor for effective classification. In addition, another major problem is how to effectively h... |
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| Keywords: | protein mass spectra cancer diagnosis preprocessing multivariate graphical feature fusion |
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