| 短距离作用势分子动力学并行计算研究 |
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| 引用本文： | 曹小林,莫则尧.短距离作用势分子动力学并行计算研究[J].华中科技大学学报(自然科学版),2005,33(Z1):5-7. |
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| 作者姓名： | 曹小林 莫则尧 |
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| 作者单位： | 北京应用物理与计算数学研究所,高性能计算中心计算物理实验室,北京,100088 |
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| 基金项目： | 国家杰出青年基金资助项目(60425205)，中国科学院基金资助项目(20050654)，中国工程物理研究院科学技术基金资助项目(20050654) |
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| 摘 要： | 针对传统短距离作用势中链表存储数据结构所导致的非规则数据访问问题,提出了块-单元紧凑存储数据结构的解决方法.设计并实现了一个集成以上数据结构、基于实测的高维动态负载平衡方法的短距离作用势分子动力学并行软件.该软件已应用于高温高压微喷射模拟和液晶相模拟两个领域,可以在几百个处理机上模拟包含1×106~1×108个粒子的二维和三维问题,其中程序的并行效率在80%以上.与传统存储数据结构方法相比,本方法提高执行性能5%,其性能约为所用处理机峰值性能的15%以上.
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| 关 键 词： | 分子动力学 块-单元紧凑存储数据结构 并行软件 |
| 文章编号： | 1671-4512(2005)S1-0005-03 |
| 修稿时间： | 2005年9月1日 |
Study of short-range potential molecular dynamics parallel computation |
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| Cao Xiaolin,Mo Zeyao.Study of short-range potential molecular dynamics parallel computation[J].JOURNAL OF HUAZHONG UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY.NATURE SCIENCE,2005,33(Z1):5-7. |
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| Authors: | Cao Xiaolin Mo Zeyao |
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| Institution: | Cao Xiaolin Mo Zeyao Assoc.Prof.,HPCC in Institute of Applied Physics and Computational Mathematics,Laboratory of Computational Physics,Beijing 100088,China. |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | molecular dynamics compact-storing block-cell data structure parallel software |
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