| GROMOS96分子动力学模拟的并行优化算法 |
| |
| 引用本文： | 王文睿,陈国良,孙广中.GROMOS96分子动力学模拟的并行优化算法[J].中国科学技术大学学报,2004,34(1):76-82. |
| |
| 作者姓名： | 王文睿 陈国良 孙广中 |
| |
| 作者单位： | 中国科学技术大学计算机系国家高性能计算中心,合肥,230027 |
| |
| 基金项目： | 国家“八六三”高技术研究发展计划 ( 2 0 0 1AA1110 4 1) |
| |
| 摘 要： | 介绍了流行的分子动力学软件GROMOS96中的MD算法 ,分析了制约GRO MOS96性能的原因 ,并提出一种优化的算法 ,将邻域原子搜索的时间复杂度从O(N2 )降低到O(NlogN) ;同时并行化了GROMOS96算法 ,并进一步在国产曙光并行机上开发了基于MPI的软件 ,证实了性能的改进
|
| 关 键 词： | 算法 并行 分子动力学模拟 优化 |
| 文章编号： | 0253-2778(2004)01-0076-07 |
| 修稿时间： | 2003年1月27日 |
Large Parallel Optimal Algorithm for Molecular Dynamics Software GROMOS96 |
| |
| WANG Wen,rui.Large Parallel Optimal Algorithm for Molecular Dynamics Software GROMOS96[J].Journal of University of Science and Technology of China,2004,34(1):76-82. |
| |
| Authors: | WANG Wen rui |
| |
| Abstract: | The simulation strategy and algorithm in the famous MD simulation software, GROMOS, is studied and an optimized parallel strategy is developed. Also, an implementation based on MPI for the Dawn2000 machine is given, and performance analysis is conducted. |
| |
| Keywords: | algorithm paralel MD simulation optimization |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
