拟南芥全基因组范围的non-polyA lncRNA检测 |
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引用本文: | 鲁志,吴玥,邸超.拟南芥全基因组范围的non-polyA lncRNA检测[J].清华大学学报(自然科学版),2014(8):1117-1121. |
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作者姓名: | 鲁志 吴玥 邸超 |
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作者单位: | 清华大学生命科学学院 |
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基金项目: | 国家自然科学基金资助项目(31100601) |
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摘 要: | 长非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200nt不编码蛋白质的RNA,它们在生物体内发挥重要的调控作用。Non-polyA lncRNA是lncRNA的一个重要类型。为系统鉴定植物全基因组范围的non-polyA lncRNA,该文优化了拟南芥基因组范围鉴定新型non-polyA lncRNA的RNA样本纯化和测序方法,并且比较了3种不同的方法。结果表明:链特异性的non-polyA RNA长序列测序检测灵敏度更高,可以检测到更多低表达的lncRNA和更高比率的长序列lncRNA。因此,non-polyA RNA长序列测序适用于拟南芥全基因组范围的non-polyA lncRNA检测。该方法也可用于其它物种中non-polyA lncRNA的鉴定,为探究lncRNA功能提供帮助。
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关 键 词: | 长非编码RNA 测序方法 拟南芥 |
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