| 矩阵打分的方法应用于蛋白质β-发夹模体的识别 |
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| 引用本文： | 胡秀珍,李前忠.矩阵打分的方法应用于蛋白质β-发夹模体的识别[J].内蒙古大学学报(自然科学版),2007,38(6):654-659. |
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| 作者姓名： | 胡秀珍 李前忠 |
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| 作者单位： | 1. 内蒙古大学理工学院物理系,呼和浩特,010021;内蒙古工业大学理学院物理系,呼和浩特,010051
2. 内蒙古大学理工学院物理系,呼和浩特,010021 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金
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内蒙古自然科学基金 |
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| 摘 要： | 从蛋白质的一级序列出发,用矩阵打分的方法对3088个蛋白质中的β发夹和非β发夹模体进行了识别.使用10-交叉检验,预测总精度为75.9%,Matthew相关系数为0.42.同时计算了不同loop长的模体对应的序列最佳固定模式长,并对有相同最佳固定模式长的模体序列进行了组合,组合后的模体预测总精度都高于76.1%,Matthew相关系数大于0.43.
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| 关 键 词： | β-发夹模体 位置频率矩阵 位点保守性参量 打分函数 矩阵 方法 应用 蛋白质 β发夹 模体 识别 Recognition Matrix Proteins Motifs 组合 固定模式 最佳 对应 loop 计算 相关系数 总精度 预测 |
| 文章编号： | 1000-1638（2007）06-0654-06 |
| 收稿时间： | 2007-05-08 |
| 修稿时间： | 2007年5月8日 |
Recognition of the β-hairpin Motifs in Proteins by Using the Scoring Matrix |
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| HU Xiu-zhen,LI Qian-zhong.Recognition of the β-hairpin Motifs in Proteins by Using the Scoring Matrix[J].Acta Scientiarum Naturalium Universitatis Neimongol,2007,38(6):654-659. |
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| Authors: | HU Xiu-zhen LI Qian-zhong |
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