| 爱滋病病毒全序列回文结构的研究 |
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| 引用本文： | 李瑞芳,李宏,刘国庆,王芳平.爱滋病病毒全序列回文结构的研究[J].内蒙古大学学报(自然科学版),2008,39(1):40-44. |
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| 作者姓名： | 李瑞芳 李宏 刘国庆 王芳平 |
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| 作者单位： | 1. 内蒙古大学理工学院物理系,呼和浩特,010021;内蒙古师范大学物理与电子信息学院,呼和浩特,010022
2. 内蒙古大学理工学院物理系,呼和浩特,010021 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金
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教育部高等学校博士学科点专项科研基金 |
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| 摘 要： | 统计分析了爱滋病病毒全序列中中间间隔S从0到100、侧翼序列长度L从4开始的所有回文结构,通过分析不同S、L的回文结构的频数以及AT含量,发现回文结构的AT含量普遍高于全序列的AT含量.有三种辅助蛋白(Vif、Vpu、Nef)存在于病毒颗粒内,我们找出编码这三种蛋白的DNA序列,并统计出它们的回文结构,分析它们的AT含量及回文数密度(平均每1000个碱基中包含的回文数),并与丙型肝炎病毒序列回文结构进行对比.发现编码Vpu (HIV-1特有的蛋白)蛋白序列的回文结构在AT含量,和回文数密度方面均显示其特性.由此推测高AT含量的回文结构在HIV-1中起到重要作用.
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| 关 键 词： | 回文结构 艾滋病病毒 AT含量 辅助蛋白 |
| 文章编号： | 1000-1638（2008）01-0040-05 |
| 收稿时间： | 2007-05-22 |
| 修稿时间： | 2007年5月22日 |
Study on the Palindromes in HIV Sequence |
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| LI Rui-fang,LI Hong,LIU Gou-qing,WANG Fang-ping.Study on the Palindromes in HIV Sequence[J].Acta Scientiarum Naturalium Universitatis Neimongol,2008,39(1):40-44. |
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| Authors: | LI Rui-fang LI Hong LIU Gou-qing WANG Fang-ping |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | palindrome HIV viruses AT content supplementary proteins |
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