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| 基于隐马尔可夫模型的array-CGH数据贝叶斯分析 | |
| 作者姓名： | 万稚慧 刘金山 |
| 作者单位： | 华南农业大学 数学与信息学院, 广州 510642 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(11171117);广东省自然科学基金(S2011010002371) |
| 摘 要： | 微阵列比较基因组杂化(comparative genomic hybridization,CGH)技术是用于发现DNA拷贝数变异的重要技术.本文根据DNA片段间的距离及测试样本与参考样本之间的荧光强度比,将微阵列实验的分辨率特征作为先验信息,建立用于分析微阵列CGH数据的贝叶斯隐马尔可夫模型.为解决基因数据变量多、抽样收敛速度慢的问题,本文将向前向后Gibbs算法应用到模型参数的马尔可夫链蒙特卡罗抽样估计中,以加快收敛.在对多形性胶质母细胞瘤基因数据分析中,本文方法能有效识别出DNA拷贝数异常的区域,所得结果与以往有关研究结论一致.模拟数据分析结果表明,在不同噪声下本文方法均能有效识别出异常区域,其误判率小于3%. |
| 关 键 词： | 比较基因组杂化技术 隐马尔可夫模型 贝叶斯方法 向前向后Gibbs算法 |
| 收稿时间： | 2014-08-12 |
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