| 生物信息学研究揭示乳腺癌组织分化中可能的microRNA调控通路 |
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| 引用本文： | 裴云飞,王志敏,费菲,邵志敏,黄薇,张学工.生物信息学研究揭示乳腺癌组织分化中可能的microRNA调控通路[J].科学通报,2010,55(8):660-668. |
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| 作者姓名： | 裴云飞 王志敏 费菲 邵志敏 黄薇 张学工 |
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| 作者单位： | 生物信息学教育部重点实验室;清华信息科学与技术国家实验室（筹）生物信息学部;清华大学自动化系;国家人类基因组南方研究中心;复旦大学附属肿瘤医院乳腺癌研究所;复旦大学上海医学院肿瘤学系; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(批准号:30625012,30625019和60721003);;国家重点基础研究发展计划(编号:2004CB518605);;国家高技术研究发展计划(编号:2006AA02Z325)资助项目 |
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| 摘 要： | microRNA (miRNA)被广泛报道能参与乳腺癌的病理发生发展过程. 但是, 在这些病理过程中, miRNA通过哪些信号通路来参与这些过程还不甚清楚. 例如, 在乳腺癌的组织学分级分化过程中, 人们对于miRNA如何与其靶标基因相互作用来调控乳腺癌的分化还知之甚少. 本研究通过计算的方法研究miRNA在乳腺癌组织学分级分化过程中的作用. 通过寻找miRNA靶标基因集合在基因芯片数据中乳腺癌Ⅰ级和Ⅲ级间显著差异表达, 鉴定了15个候选miRNAs, 其中9个关键的miRNAs通过调控差异表达的靶基因来参与6个重要的信号转导通路. 在这些通路中, TGF-β信号通路中一个主要的抑制分子SMAD7蛋白被预测为上面几个关键miRNAs的靶标基因. SMAD7既能被miRNA直接调控又能被miRNA调控的信号通路调控, 进而影响TGF-β信号通路在乳腺癌组织分化中的作用. 因此, 我们推测TGF-β信号通路作为一个核心通路在miRNA调控乳腺癌的组织分化过程中起重要作用. 预测靶标基因在乳腺癌Ⅰ级和Ⅲ级的分类性能在另外3个独立的乳腺癌数据集上得到进一步验证. 3个预测差异表达的关键miRNAs也通过实时荧光定量PCR在10个不同组织分级的乳腺癌病人样本中得到验证.
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| 关 键 词： | microRNA 组织分级 乳腺癌 TGF-β通路 |
| 收稿时间： | 2009-04-09 |
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