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| 家蚕硒蛋白组的计算机识别 | |
| 引用本文： | 陈平,段军,姜亮,刘琼,赵萍,夏庆友,徐辉碧.家蚕硒蛋白组的计算机识别[J].科学通报,2006,51(21):2505-2511. |
| 作者姓名： | 陈平 段军 姜亮 刘琼 赵萍 夏庆友 徐辉碧 |
| 作者单位： | 1. 西南大学农业部蚕桑重点实验室,重庆,400716;深圳大学生命科学学院,深圳,518060;华中科技大学化学系,武汉,430074 2. 西南大学农业部蚕桑重点实验室,重庆,400716 3. 深圳大学生命科学学院,深圳,518060 4. 华中科技大学化学系,武汉,430074 |
| 基金项目： | 致谢 本工作为国家自然科学基金（批准号：30370352和30570420）以及国家重点基础研究发展计划（批准号：2005CB121000）资助项目. |
| 摘 要： | 硒是一种生物必需微量元素, 主要以硒蛋白形式发挥生物学功能. 硒蛋白的生物合成取决于硒代半胱氨酸插入蛋白质的合成过程. TGA码既是终止码, 又可翻译成硒代半胱氨酸, 这使普通基因注释软件无法正确预测硒蛋白, 导致现有数据库中许多物种的硒蛋白被错误注释或丢失. 本研究基于已公布的家蚕基因组预测信息、采用PERL语言编程, 对家蚕基因组中硒蛋白进行了计算机检索与分析. 结果表明, 在家蚕数据库18510个已注释基因中, 以TGA码终止的基因有6348条, 其中含有SECIS结构的基因249条, 兼含半胱氨酸同源类似物的基因52条. 再经硒代半胱氨酸(Sec)侧翼序列比对, 最终检索到完全具备硒蛋白特点的基因5条, 其中谷胱甘肽硫转移酶(GST)是一种已知微生物硒蛋白, 而其他4种则是新硒蛋白, 分别在已有基因表中被注释为CG6024蛋白, CG5195蛋白, ATP-结合盒转运蛋白A型(ABCA)和核VCP相似蛋白. 通过对GST, ABCA和VCP主要性质的分析, 推测家蚕硒蛋白在氧化调节、硒储存运输和细胞凋亡等过程中起重要作用. |
| 关 键 词： | 蚕 硒 硒蛋白 基因组 硒代半胱氨酸 |
| 收稿时间： | 2006-05-09 |
| 修稿时间： | 2006-05-092006-09-06 |
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