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| 基于全基因组比较的SARS冠状病毒种系进化分析 | |
| 引用本文： | 齐震,狐昱,李蔚,陈燕俊,张治华,孙世伟,卢宏超,张京芬,卜东波,凌伦奖,陈润生.基于全基因组比较的SARS冠状病毒种系进化分析[J].科学通报,2003,48(12):1242-1245. |
| 作者姓名： | 齐震 狐昱 李蔚 陈燕俊 张治华 孙世伟 卢宏超 张京芬 卜东波 凌伦奖 陈润生 |
| 作者单位： | 1. 中国科学院生物物理研究所,北京,100101 2. 中国科学院计算技术研究所,北京,100080 3. 中国科学院生物物理研究所,北京,100101;中国科学院北京基因组研究所,北京,101300 4. 中国科学院生物物理研究所,北京,100101;中国科学院计算技术研究所,北京,100080;中国科学院北京基因组研究所,北京,101300 |
| 基金项目： | 本工作为国家高技术研究发展计划(批准号: 2002AA231031)和中国科学院知识创新工程(批准号: KSCX2-2-07和KJCX1-08)资助项目. |
| 摘 要： | SARS(severe acute respiratory syndrome)冠状病毒已被世界卫生组织确认为SARS传染病的病原体, 它的全基因组测序工作分别由中国、加拿大、美国等国的研究小组完成. 然而它的起源仍是一个谜. 为了探寻SARS冠状病毒的来源, 基于FDOD(function of degree of disagreement)方法, 对12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒进行了全基因组比较, 构造出种系进化无根树. 结果表明, 这两类病毒(分别由12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒构成)虽然都来自冠状病毒属, 但它们位于两个不同的进化分支上. 冠状病毒属中的3个组被准确地重构. 根据得到的结果, 推测SARS冠状病毒更类似于第一组中的冠状病毒. 根据种系进化树的拓扑结构和各SARS冠状病毒分离株与造成香港Metropole饭店疫情的SARS冠状病毒株之间的联系, 推测各SARS冠状病毒分离株分别位于进化树上两个大的分支, 这为SARS的流行病学研究提供了辅助信息. |
| 关 键 词： | SARS SARS冠状病毒 冠状病毒 种系进化 传染途径 FDOD |
| 收稿时间： | 2003-05-27 |
| 修稿时间： | 2003年5月27日 |
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