| 应用ABEEM/MM模型研究异亮氨酸与水的氢键作用 |
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| 引用本文： | 杨忠志,金子琳.应用ABEEM/MM模型研究异亮氨酸与水的氢键作用[J].辽宁师范大学学报(自然科学版),2011,34(1). |
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| 作者姓名： | 杨忠志 金子琳 |
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| 作者单位： | 辽宁师范大学,化学化工学院,辽宁,大连,116029 |
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| 摘 要： | 应用ABEEM/MM模型构建了异亮氨酸(Isoleucine)-水相互作用的势能函数,并将其运用到异亮氨酸与水组成的二聚体的研究中.在B3LYP/6-311++G(d,p)水平上,首先研究了异亮氨酸单体的几何构型,结果表明最稳定的构型是异亮氨酸的顺式结构,并用ABEEM/MM模型对其进行优化和电荷分布分析;其次研究了异亮氨酸与1个水的相互作用,通过分析氢键作用区域得到4种稳定构象,用ABEEM/MM和从头算方法计算稳定二聚体的结合能.数据表明,ABEEM/MM模型与从头算方法得到的结果有很好的一致性.
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| 关 键 词： | 异亮氨酸 氢键作用 从头算 结合能 |
Study on the H-bond interaction between isoleucine and H2O by ABEEM/MM model |
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| YANG Zhong-zhi,JIN Zi-lin.Study on the H-bond interaction between isoleucine and H2O by ABEEM/MM model[J].Journal of Liaoning Normal University(Natural Science Edition),2011,34(1). |
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| Authors: | YANG Zhong-zhi JIN Zi-lin |
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| Institution: | YANG Zhong-zhi,JIN Zi-lin(School of Chemistry and Chemical Engineering,Liaoning Normal University,Dalian 116029,China) |
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| Abstract: | We construct the potential energy function of isoleucine-water system by applying ABEEM/MM model(atom-bond electronegativity equalization method fused into molecular mechanics).The potential is applied to study isoleucine-water dimer.First,we research the conformation of isoleucine monomer in B3LYP/6-311++G(d,p) level,and the most stable conformation is cis-isoleucine.We optimize the configuration,and analyze the charge distribution of the configuration using ABEEM/MM model.Next,we study the interaction bet... |
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| Keywords: | ABEEM/MM |
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