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| ABEEMσπ/MM模型对蛋白质G_A88/G_B88水溶液动力学性质的研究 | |
| 作者姓名： | 杨忠志 王晶晶 刘翠 |
| 作者单位： | 辽宁师范大学化学化工学院 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(21133005;20633050) |
| 摘 要： | 应用ABEEMσπ/MM（σπ水平的原子与键电负性均衡方法融合进分子力学）浮动电荷模型以及显性ABEEM-7P水模型,对GA88和GB88两个蛋白质分子进行了分子动力学模拟.分析了2个蛋白质的动力学性质,包括蛋白质的回旋半径、疏水表面积和亲水表面积、各类原子位置的均方根偏差以及氢键分布.通过对比水溶液和真空下2个蛋白质的回旋半径,表明该模型很好地体现了蛋白质的＂电致紧缩＂现象;对疏水表面积和亲水表面积的计算表明,GB88中残基与溶剂的相互作用更强一些;非氢原子位置的均方根偏差及氢键分布情况与实验结构相比较表明,ABEEMσπ/MM浮动电荷模型模拟的GA88和GB88的结构与实验结构有很好的一致性,进而说明该模型的合理性和参数的可转移性. |
| 关 键 词： | 分子动力学模拟 浮动电荷力场 ABEEMσπ MM GA88 GB88 回旋半径 氢键分布 |
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