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| 自洽聚类法识别大肠杆菌SD序列 | |
| 作者姓名： | 王晓花 李宏 |
| 作者单位： | 内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特,010021;内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特,010021 |
| 摘 要： | 用自洽聚类方法判定大肠杆菌蛋白质编码基因SD序列强弱,给出构成强SD序列的17种碱基关联模式.将全部SD序列按作用强弱不同分为三类:强、中、弱,发现强弱不同时最偏好模式不同,如GGAGG是弱SD序列的最偏好模式,AAGGA是强SD序列的最偏好模式.同一模式距起始密码子的距离不同时,所起的调控作用也不同,如GGAG模式中的A在强SD序列中位于-8位点,在弱SD序列中位于-7和-9位点.平均来说,各SD序列的-9位点上碱基G出现的概率最大.结果还表明SD序列越强,基因的表达水平越高,SD序列越弱,基因表达水平越低.SD序列与anti-SD序列的配对程度和相对位置影响起始密码子的识别和翻译效率. |
| 关 键 词： | 大肠杆菌 SD序列 自洽聚类方法 离散增量 基因表达水平 |
| 文章编号： | 1000-1638(2008)03-0314-07 |
| 修稿时间： | 2007-10-08 |
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