| 识别基因-基因和基因-环境的交互作用的两阶段方法:应用于第17届遗传分析会议(GAW17)数据集 |
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| 引用本文： | 房淑荣,马维军,张双林,沙秋英.识别基因-基因和基因-环境的交互作用的两阶段方法:应用于第17届遗传分析会议(GAW17)数据集[J].黑龙江大学自然科学学报,2011,28(6). |
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| 作者姓名： | 房淑荣 马维军 张双林 沙秋英 |
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| 作者单位： | 1. 美国密歇根科技大学数学科学系,霍顿49931
2. 黑龙江大学数学科学学院,哈尔滨,150080 |
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| 摘 要： | 在全基因组关联研究中,尤其是包含罕见变异时,识别基因-基因或基因-环境的交互作用对于统计遗传来说是一个巨大的挑战.提出一个基于基因的两阶段的方法去识别基因-基因和基因-环境的交互作用,这其中亦可包括罕见的变异.第一阶段中,在每一基因型下检验每一个变异的等方差性,这相当于检验一个变异与其他变异或此变异与环境因素之间的交互作用.然后,根据p-值对变异进行排序.在第二阶段中,以一个线性模型为基础,对排序较高的变异进行交互作用的检验.当包含罕见变异时,将把在同一基因内罕见变异合并,形成一个组合的罕见变异(CRV),并把各个CRV看作一个变异.将该两阶段方法应用于第17届遗传分析会议( GAW 17)数据集,用以鉴别KDR基因和控制数量性状Q1的吸烟状态之间的交互作用.可以说明该两阶段方法比不使用第一阶段的一步法功效更高.
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| 关 键 词： | 基因-基因的交互作用 全基因组关联研究 罕见变异 两阶段的方法 |
A two-stage approach to detect gene-gene and gene-environment interaction:application to GAW17 dataset |
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| FANG Shu-rong,MA Wei-jun,ZHANG Shuang-lin,SHA Qiu-ying.A two-stage approach to detect gene-gene and gene-environment interaction:application to GAW17 dataset[J].Journal of Natural Science of Heilongjiang University,2011,28(6). |
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| Authors: | FANG Shu-rong MA Wei-jun ZHANG Shuang-lin SHA Qiu-ying |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | gene-gene interaction genome-wide association study rare variants two-stage approach |
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