| 单细胞RNA-seq数据缺失元素补全算法 |
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| 引用本文： | 崔璐,刘桂锋.单细胞RNA-seq数据缺失元素补全算法[J].吉林大学学报(理学版),2021,58(5):1229-1231. |
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| 作者姓名： | 崔璐 刘桂锋 |
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| 作者单位： | 1. 吉林大学 中日联谊医院医疗保险管理部, 长春 130033; 2. 吉林大学 中日联谊医院放射线科, 长春 130033 |
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| 摘 要： | 基于非负矩阵分解模型, 提出一种新的数据补全算法. 该算法通过循环遍历确定最佳构造矩阵和rank值, 解决了单细胞转录组测序(RNA-seq)数据中存在缺失值的问题, 避免了由于单细胞测序深度不足对细胞分型分析的影响. 在慢性粒细胞白血病单细胞测序数据上的实验结果表明, 由补全算法恢复缺失值后的细胞分型更清晰, 验证了该算法的有效性.
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| 关 键 词： | 单细胞RNA-seq数据 缺失元素 非负矩阵分解 |
| 收稿时间： | 2020-02-27 |
Algorithm for Missing Elements Completion on Single Cell RNA-seq Data |
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| CUI Lu,LIU Guifeng.Algorithm for Missing Elements Completion on Single Cell RNA-seq Data[J].Journal of Jilin University: Sci Ed,2021,58(5):1229-1231. |
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| Authors: | CUI Lu LIU Guifeng |
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| Institution: | 1. Department of Medical Insurance, China-Japan Union Hospital of Jilin University, Changchun 130033, China;
2. Department of Radiology, China-Japan Union Hospital of Jilin University, Changchun 130033, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | single cell RNA-seq data missing element nonnegative matrix factorization |
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