| 基于RNA-seq的HBSS诱导细胞自噬的组学分析及实验验证 |
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| 引用本文： | 阮晨,曹敬博,吴冉,王来友,贾永鹏.基于RNA-seq的HBSS诱导细胞自噬的组学分析及实验验证[J].西北师范大学学报,2023(5):88-95. |
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| 作者姓名： | 阮晨 曹敬博 吴冉 王来友 贾永鹏 |
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| 作者单位： | 1. 南阳理工学院河南省工业微生物资源与发酵技术重点实验室;2. 南阳理工学院生物与化学工程学院;3. 辽宁大学数学与统计学院;4. 南阳理工学院信息工程学院 |
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| 基金项目： | 河南省高等学校重点科研计划项目(23A180023,22A180025)；;河南省自然科学基金资助项目(222300420249)；;国家自然科学基金资助项目(22201146)； |
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| 摘 要： | 为寻找Hank’s平衡盐溶液(HBSS)诱导细胞自噬的调控蛋白,对HBSS诱导大鼠肾上皮(NRK)细胞株的细胞自噬现象进行转录组分析和实验验证.用HBSS分别处理细胞不同时长,结合LC3B-Ⅱ蛋白表达量和细胞存活率确定最佳诱导时间.根据最佳诱导时间制作细胞样品,进行转录组测序(RNA-seq),原始数据质控过滤后进行注释和分析.选取表达差异变化排序靠前的基因进行敲降实验,筛选具有潜在调控功能的蛋白质,接着用荧光定量PCR实验对该蛋白质的上游基因表达情况进行辅助验证.结果发现,HBSS诱导细胞自噬的最佳诱导时间为3 h;在转录组结果中共鉴定到32 305个基因,477个差异表达基因,差异基因的GO和KEGG富集分析结果显示这些基因主要参与代谢底物分解、氨基酸转运以及蛋白质修饰调控等信号调控通路;免疫印迹结果表明干扰基因Sat1的表达可以降低细胞内LC3B-Ⅱ的表达水平.本研究围绕HBSS诱导细胞自噬进行转录组学测序分析,并通过实验发现了影响LC3B-Ⅱ表达的潜在功能调控基因Sat1.综合考虑所有实验结果,Sat1可能通过GO和KEGG显著富集的信号通路影响HBSS诱导的细胞自噬,这些发现...
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| 关 键 词： | 转录组测序 Hank’s平衡盐溶液 自噬 表达基因 免疫印迹 |
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