鸡StAR基因非同义单核苷酸多态性的生物信息学分析 |
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引用本文: | 郝文文,张贝,任一帆,孟婕,张健,耿立英,张传生,李祥龙.鸡StAR基因非同义单核苷酸多态性的生物信息学分析[J].河北科技师范学院学报,2019(3). |
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作者姓名: | 郝文文 张贝 任一帆 孟婕 张健 耿立英 张传生 李祥龙 |
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作者单位: | 河北科技师范学院动物科技学院;河北科技师范学院农学与生物科技学院;河北科技师范学院研究生部 |
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摘 要: | 以鸡StAR基因为研究对象,在分子水平上探究StAR编码区功能性位点。利用SIFT,PolyPhen-2,PANTHER和PROVEAN等4种方法预测对nsSNPs进行分析预测有害位点,使用SWISS-MODEL, Consurf server,Pymol,I-Mutant 3.0等软件对有害nsSNPs位点进行蛋白质的空间结构、氨基酸间氢键的改变及蛋白稳定性等相关分析。结果表明:从StAR基因的nsSNPs位点筛选出来6个主要有害突变(V125G,M144R,N148T,T204P,C224W和L247Q)。其中,M144R,N148T和T204P这3个位点氢键数目和空间结构发生变化,M144R,N148T,C224W和L247Q这4个位点降低了StAR蛋白质的稳定性,且M144R,N148T,T204P,C224W和L247Q均为高保守性位点。预测M144R,N148T,T204P,C224W和L247Q这5个位点可能为鸡StAR基因的潜在功能性位点。
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