| 茎瘤芥根和茎组织转录组比较分析 |
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| 引用本文： | 孙 全,蔡应繁,何晓红,曾 鑫,江怀仲,王微娜.茎瘤芥根和茎组织转录组比较分析[J].四川大学学报(自然科学版),2013,50(5):1090-1096. |
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| 作者姓名： | 孙 全 蔡应繁 何晓红 曾 鑫 江怀仲 王微娜 |
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| 作者单位： | 重庆邮电大学生物信息学院;重庆邮电大学生物信息学院;重庆邮电大学生物信息学院;重庆邮电大学生物信息学院;重庆邮电大学生物信息学院;重庆邮电大学生物信息学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31071461）;重庆市重点科技攻关项目（cstc 2011AB1095）;重庆市自然科学基金(cstc2012jjA80037; cstc 2009BA1088);重庆市教委项目(KJ130502) |
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| 摘 要： | 茎瘤芥是十字花科芸薹属植物的变种.本研究在前期的转录组测序和数字基因表达谱(DGE)测序的基础上进一步对榨菜的根组织进行了测序和分析.通过高通量RNA-Seq测序我们获得了高质量的数字基因表达谱数据超过一千万条,其中有约71%能比对到参考基因序列上.我们将根组织的数字基因表达谱数据与榨菜瘤茎膨大过程中的3个时期的数字基因表达谱数据进行了比较,获得了共有的(3组差异表达基因的交集)差异表达基因共3594个,对这些差异表达基因的表达趋势可以分为8个簇.同时对这些差异基因进行代谢途径的功能注释,发现这些差异表达基因除了在光合作用相关的途径外,主要分布在细胞壁的合成、降解以及二级代谢如类黄酮代谢等途径方面.通过对榨菜根组织的转录组测序,我们筛选得到了部分榨菜根与茎的差异表达基因,这些基因可能与榨菜的瘤茎膨大有关.
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| 关 键 词： | 茎瘤芥 转录组测序 数字基因表达谱 根组织 茎组织 差异表达分析 |
| 收稿时间： | 2012/6/19 0:00:00 |
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