| 可视化分析四肽构象空间中的模式 |
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| 引用本文： | 陈双平,郑浩然,黄国锐,王煦法.可视化分析四肽构象空间中的模式[J].中国科学技术大学学报,2005,35(5):665-673. |
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| 作者姓名： | 陈双平 郑浩然 黄国锐 王煦法 |
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| 作者单位： | 中国科学技术大学计算机科学技术系,安徽,合肥,230027 |
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| 基金项目： | 中国科技大学校科研和教改项目 |
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| 摘 要： | 用一种可视的方式分析四肽构象空间中的聚集情况,从而直观地建立了四肽结构类和二级结构之间的联系.据此给出了四肽构象类的一种划分方案,并将此方案应用于更长肽段构象模式的发现和评估其他方法对肽段构象分类的合理性.实验结果与其他方法相比更具有可解释性.
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| 关 键 词： | 四肽构象空间 可视化 模式 聚类 |
| 文章编号： | 0253-2778（2005）05-0665-09 |
| 收稿时间： | 2004-04-08 |
| 修稿时间： | 2004-10-08 |
Visualized Analysis of Motifs in Tetra-Peptide Conformational Space |
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| CHEN Shuang-ping,ZHENG Hao-ran,HUANG Guo-rui,WANG Xu-fa.Visualized Analysis of Motifs in Tetra-Peptide Conformational Space[J].Journal of University of Science and Technology of China,2005,35(5):665-673. |
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| Authors: | CHEN Shuang-ping ZHENG Hao-ran HUANG Guo-rui WANG Xu-fa |
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| Institution: | Department of Computer Science and Technology, USTC, Hefei 230027, China |
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| Abstract: | Using a visible means to display tetra-peptide conformational space, tetrapeptides can be clustered manually. However we use a half-automatic visual clustering algorithm to divide the conformational space. The solution has 14 clusters, which shows a strong relation between clusters and secondary structure elements of proteins. By encoding longer peptides to the sequence of tetra-peptide structure symbols, it is easy to discovery longer motifs. Also, it can be used to assess other segmental libraries. Compared with the results of other methods, the result is more explicable. |
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| Keywords: | tetra-peptide conformational space visualization cluster motif |
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