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栖热菌噬菌体TSP4密码子偏嗜性及其对基因异源表达的影响
作者姓名:薛寒  张琦  李秋鹏  季秀玲  魏云林  林连兵
作者单位:昆明理工大学生命科学与技术学院生物工程技术研究中心
基金项目:国家自然科学基金资助项目(30660009,30960022);中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室开放课题资助(SKLMR-20100605)
摘    要: 为了探索噬菌体TSP4、栖热菌模式菌株Thermus thermophilus HB27中6种蛋白编码序列和Escherichia coli基因组遗传密码子使用偏嗜性,探索TSP4基因密码子偏嗜性对其基因异源表达的影响本研究利用生物学软件Editseq和RSCU算法统计噬菌体TSP4密码子使用频率并分析其偏嗜性,与栖热菌HB27的同源基因以及常温菌E.coli基因组的密码子使用偏嗜性进行对比分析.结果显示,噬菌体TSP4与栖热菌HB27优势密码子相似度高达85%,而与E.coli的相似性仅有65%.为了验证分析结果,选取TSP4基因组中一个潜在分子伴侣基因序列在E.coli BL21和E.coli Rosetta(补充了BL21菌株中缺失的6个稀有密码子)中进行异源表达.噬菌体TSP4与其宿主菌HB27之间密码子高相似性说明在长期的进化过程中TSP4在基因水平上形成对宿主的一种适应性机制.异源表达结果显示,分子伴侣基因在E.coli BL21中未见明显表达,但在Rosetta中高效表达,说明Rosetta中补充的 6个稀有密码子明显有助于分子伴侣基因的表达,该结果也进一步证明密码子偏嗜性是否一致在很大程度上影响基因的表达.

关 键 词:噬菌体TSP4  栖热菌HB27  密码子偏嗜性  异源表达  大肠杆菌Rosetta菌株
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