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| 向HelmCoP数据库直系同源组添加古菌序列 | |
| 作者姓名： | 杨一子 罗大民 |
| 作者单位： | 厦门大学生命科学学院;厦门大学细胞应激生物学国家重点实验室 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(81171595);福建省自然科学基金(2010J01229) |
| 摘 要： | 含有古菌序列的直系同源组可以在很大程度上便利各种基于HelmCoP数据的研究,但是目前HelmCoP直系同源组不含有任何古菌序列.为了向HelmCoP直系同源组添加古菌序列,以1个OrthoMCL-DB网站工具的分配方法为依据,我们将29种古菌物种模式菌株的蛋白质组数据,通过BLAST比对和OrthoMCL分析,逐步添加至各个HelmCoP直系同源组中.结果显示,21 326条古菌序列被成功地分配给了1 954个HelmCoP直系同源组中,而其他2 821条古菌序列被归类至NO_GROUP类别.这些分配结果得到了良好BLAST匹配数据的支持.一些自由生活物种包括Caenorhabditis japonica、大豆和拟南芥在研究中也受到了关注,因为这些物种相当多的基因在古菌物种内有同源基因. |
| 关 键 词： | 古菌 OrthoMCL HelmCoP BLAST |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ | |