| 基于最小边集的De Bruijn图定位算法 |
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| 引用本文： | 于长永,金建宇,刘鹏,赵宇海.基于最小边集的De Bruijn图定位算法[J].东北大学学报(自然科学版),2022,43(2):153-159. |
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| 作者姓名： | 于长永 金建宇 刘鹏 赵宇海 |
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| 作者单位： | 东北大学 计算机科学与工程学院,辽宁 沈阳 110169 |
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| 摘 要： | 针对基因序列比对问题提出了一种DBG(de Bruijn图)模型,称为MiniDBG.它可以存储最小边集的位置列表,并通过位置列表有效地定位图上的任何节点、边和路径,从而实现对基因的序列比对.介绍了MiniDBG模型及基于该模型的路径定位算法,并对算法进行了证明.同时将MiniDBG与基于BWT和基于位置列表的路径定位方法进行了比较,实验结果表明,在频繁比对的情况下,MiniDBG的性能优于其他两种方法.
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| 关 键 词： | 基因序列比对 De Bruijn图 最小边集 位置列表 路径定位算法 |
A De Bruijn Graph Localization Algorithm Based on Minimal Set of Edges |
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| YU Chang-yong,JIN Jian-yu,LIU Peng,ZHAO Yu-hai.A De Bruijn Graph Localization Algorithm Based on Minimal Set of Edges[J].Journal of Northeastern University(Natural Science),2022,43(2):153-159. |
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| Authors: | YU Chang-yong JIN Jian-yu LIU Peng ZHAO Yu-hai |
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