扩展青霉菌实时定量PCR内参基因挖掘与应用 |
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引用本文: | 张真真,蒋礼玲,李婉炘,王谨凡,贾举庆,黄胜雄.扩展青霉菌实时定量PCR内参基因挖掘与应用[J].合肥工业大学学报(自然科学版),2023(2):261-267. |
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作者姓名: | 张真真 蒋礼玲 李婉炘 王谨凡 贾举庆 黄胜雄 |
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作者单位: | 1. 合肥工业大学食品与生物工程学院;2. 青海大学农林科学院;3. 山西农业大学农学院 |
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基金项目: | 国家自然科学基金资助项目(31461143008); |
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摘 要: | 实时定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)技术因其高效且便捷的特点在基因表达检测中被广泛应用。实时定量PCR结果数据处理策略之一是使用内参基因进行基因表达数据的标准化。文章基于扩展青霉菌孢子不同生长阶段的RNA-seq数据,挖掘和注释了694个稳定表达的候选内参基因;随机挑选出Knr4、Isy1、Spt5、Nucb、Hp1、Hp2、Whth、Hp3、Gph3、Pwi、Taf4、Hp4、Asy、GTPase在内的14个基因,以4、25℃条件下PDB培养基生长6、12、24、36 h的扩展青霉菌为材料,进行实时定量PCR实验。实时定量PCR数据基于geNorm和NormFinder 2种软件的综合分析,表明Isy1、Spt5、Nucb、Hp1适合作为内参基因。以Isy1和Spt5分别作为内参基因,检测Gh30基因在4、25℃条件下扩展青霉菌生长发育过程中的基因表达,显示出一致的基因表达水平,进一步验证了挖掘得到的内参基因的可靠性。该研究为扩展青霉菌的分子生物学研究提供了优良的内参基因,同时提供了一种高效的内参基因的挖掘和鉴定方法。
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关 键 词: | 内参基因 扩展青霉菌 RNA-seq数据 实时定量聚合酶链式反应(PCR) 稳定性 |
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