| 基于改进伪氨基酸组成的蛋白质相互作用预测 |
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| 引用本文： | 许传轲,陈月辉,赵亚欧.基于改进伪氨基酸组成的蛋白质相互作用预测[J].山东大学学报(理学版),2009,44(9):17-21. |
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| 作者姓名： | 许传轲 陈月辉 赵亚欧 |
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| 作者单位： | 济南大学信息科学与工程学院; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(60573065);;山东省自然科学基金资助项目(Y2007G33) |
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| 摘 要： | 提出了一种新的基于改进的伪氨基酸组成特征模型与随机森林的蛋白质相互作用预测方法。首先利用基于Geary自相关函数的伪氨基酸组成特征模型,对与蛋白质相互作用相关的氨基酸属性进行评价,然后根据评价结果选择相关的属性整合到基于Minkowski距离的伪氨基酸特征模型中,并使用随机森林作为分类器进行学习和预测，实验结果表明该方法相对于传统方法提高了正确率。
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| 关 键 词： | 蛋白质相互作用 伪氨基酸组成 随机森林 |
| 收稿时间： | 2009-05-20 |
Prediction of protein-protein interaction based on improved pseudo amino acid composition |
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| XU Chuan-ke,CHEN Yue-hui,ZHAO Ya-ou.Prediction of protein-protein interaction based on improved pseudo amino acid composition[J].Journal of Shandong University,2009,44(9):17-21. |
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| Authors: | XU Chuan-ke CHEN Yue-hui ZHAO Ya-ou |
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| Institution: | School of Information Science and Engineering;University of Jinan;Jinan 250022;Shandong;China |
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| Abstract: | A new prediction method for protein-protein interaction(PPI) was proposed based on an improved pseudo amino acid composition(PseAA) feature model and random forest.A new PseAA feature model based on the Geary autocorrelation function is used to evaluate amino acid properties related to PPI.Then according to the results of evaluation,relevant properties are select-ed to integrate together by another new PseAA feature model based on the Minkowski function.The random forest is adopted as classifier for learnin... |
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| Keywords: | protein-protein interaction pseudo amino acid composition random forest |
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