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| 耗散粒子动力学平衡并行算法的实现 | |
| 作者姓名： | 赵英 佟林 |
| 作者单位： | 北京化工大学信息科学与技术学院信息中心,北京,100029;北京化工大学信息科学与技术学院信息中心,北京,100029 |
| 摘 要： | 提出了一种耗散粒子动力学（DPD）的平衡并行（BPDPD）算法,解决了传统DPD程序计算时间过长的问题。通过动态的划分模拟空间实现了节点间的负载均衡,并且运用子节点数据本地重建机制有效减少了节点通信的数据量。对锚定蛋白质的聚集做了模拟,实验结果显示,该算法有效的减少DPD模拟的时间,并在10节点的集群上得到了6.3的加速比。 |
| 关 键 词： | 耗散粒子动力学 MPI程序设计 并行计算 分子模拟 锚定蛋白质 |
| 收稿时间： | 2012-03-20 |
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