| 基于深腾1800机群系统的分子动力学并行仿真研究 |
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| 作者姓名： | 郭晓光 郭东明 康仁科 等 |
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| 作者单位： | 大连理工大学,精密与特种加工教育部重点实验室,辽宁,大连,116024;大连理工大学,精密与特种加工教育部重点实验室,辽宁,大连,116024;大连理工大学,精密与特种加工教育部重点实验室,辽宁,大连,116024;大连理工大学,精密与特种加工教育部重点实验室,辽宁,大连,116024 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金
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国家自然科学基金 |
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| 摘 要： | 介绍了分子动力学并行仿真计算的软硬件环境,分析了现有的几种并行算法,确定采用区域分解法作为并行算法,并在此基础上提出了基于区域二次划分的分子动力学并行仿真算法.另外,阐述了原子链、原子近邻表和原子亲属表的概念,提出了基于永久序号的消息传递策略.最后,设计了分子动力学并行仿真程序,并分别在1、2、3、4台结点机上进行了实验,运行结果表明:加速比随着结点数的增加而增加,并行效率虽略有下降但都在87.5%以上,并行效率并没有随着结点数的增加有明显的降低,说明并行程序具有很好的扩展性.
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| 关 键 词： | 分子动力学仿真 并行算法 区域分解法 |
| 文章编号： | 1000-8608（2007）06-0818-05 |
| 收稿时间： | 2006-03-19 |
| 修稿时间： | 2007-09-15 |
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