基于线粒体基因组全序列的鳅科(Cobitidae)鱼类进化关系分析

为了解鳅科(Cobitidae)鱼类线粒体全基因组序列的结构特征和系统发育信息，利用生物信息学方法对已知的40种鳅科鱼类线粒体全基因组进行比对分析，用邻接法(NJ)构建系统发育树。结果显示：(1)鳅科鱼类线粒体基因组全序列长度在16 553～16 937 bp之间，基因组的结构特征及基因排列顺序与其他硬骨鱼类一致。(2)鳅科鱼类线粒体全基因组一致序列长度为17 483 bp,变异位点数为8039(45.9%),Kimura双参数平均遗传距离为0.19。在13个蛋白质编码基因中，ND2的变异程度(58.9%)和平均遗传距离(0.28)最大，变异程度最小的是12S rRNA(30.5%),tRNA拼接序列的平均遗传距离最小(0.07)。(3)Cox1、ND5、Cytb基因是进行鳅科鱼类系统发育分析较为理想的分子标记，NJ系统发育树显示，条鳅亚科(Noemacheilinae)是最早分化出来的一枝群系，位于祖先位置，沙鳅亚科(Botiinae)和花鳅亚科(Cobitinae)亲缘关系更近，互为姐妹群系。本研究为鳅科鱼类进化学研究和分子标记的选取提供参考依据。