水稻紫色种皮基因Pb的精细定位与候选基因分析 |
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引用本文: | 王彩霞,舒庆尧.水稻紫色种皮基因Pb的精细定位与候选基因分析[J].科学通报,2007,52(21):2517-2523. |
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作者姓名: | 王彩霞 舒庆尧 |
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作者单位: | 浙江大学原子核农业科学研究所,农业部及浙江省核农学重点实验室,杭州310029 |
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基金项目: | 致谢定位所用材料豫南黑籼糯和川黑糯分别由包劲松博士和吴殿星博士(浙江大学原子核农业科学研究所)提供.CAPSRa标记分析所用白米材料由沈圣泉博士(浙江大学原子核农业科学研究所)提供,红米与紫米材料来自中国水稻研究所国家水稻种质资源库.部分培矮64S序列由北京华大基因研究中心刘国振博士提供.在此一并表示感谢. |
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摘 要: | 紫米因其种皮内花色素苷的沉积而着色.控制种皮着色的Pb基因位于水稻第4染色体,紫色种皮对白色种皮呈显性.本研究利用培矮64S(白米)×豫南黑籼糯(紫米)和培矮64S×川黑糯(紫米)两个F2分离群体对P易基因进行了精细定位.首先用SSR标记将P易基因初步定位在距微卫星位点RM3820下游0.79cM的位置.然后,通过在候选区域内发展高密度的InDel标记和CAPS标记,将P6基因限定在两个InDel标记RID3与RID4之间25kb范围以内.在该区段内,TIGR水稻基因组(R.5)标有两个注释基因:一个为与玉米k基因同源的砌,为控制花色素苷代谢的Myc类转录因子;另一个为与拟南芥刀四同源的bhlh16,也与植物色素代谢有关.根据两者的性质和前人相关研究结果,推测Pb与Ra实为同一个基因.序列分析结果表明,与白米品种培矮64S,9311(籼)和日本晴(粳)相比,豫南黑籼糯和川黑糯中Ra基因第7外显子存在一个GT缺失.根据GT缺失发展了一个CAPS标记CAPSRa,并对两个F2分离群体和100余份水稻品种进行分析.结果发现,所有F2白米单株以及所有白米(n=63)和红米(n=23)品种的CAPSRa基因型与培矮64S相同,而所有紫米品种(n=20)与豫南黑籼糯和川黑糯相同.据此推测,水稻紫色种皮性状可能由Ra基因第7外显子内的GT缺失引起.
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关 键 词: | 水稻 紫色种皮 Pb基因 精细定位 Ra基因 |
收稿时间: | 2007-07-18 |
修稿时间: | 2007-07-18 |
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