单细胞转录组学细胞动态分化数据模拟算法的比较与评估

对9种单细胞转录组学(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)细胞动态分化数据模拟算法进行系统性地比较和评估，为算法的开发者和用户提供可靠的参考和帮助。利用多种评价指标对上述算法在准确性、可拓展性、适用性等3个方面进行全面评估，并对运行时间和内存消耗情况进行建模预测。结果显示：9种被评估的算法均不能在数据特征与拓扑结构这2个方面同时有完美的表现；算法Dyngen虽然能模拟与参考数据拓扑结构和细胞分化轨迹相似度较高的数据，但是它的运行时间较长且内存消耗过大；将近一半的算法还需要及时更新版本信息并维护相关功能。用户在使用scRNA-seq细胞动态分化数据模拟算法时应综合考虑不同的使用场景和特点来选择最适合的模拟算法。