| 基于全基因组序列的核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白的预测及特征分析 |
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| 引用本文： | 祝友朋,刘宏莉,韩长志.基于全基因组序列的核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白的预测及特征分析[J].南京林业大学学报(自然科学版),2019,62(3):17-22. |
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| 作者姓名： | 祝友朋 刘宏莉 韩长志 |
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| 作者单位： | 1. 西南林业大学生物多样性保护与利用学院,云南 昆明 650224;
2. 云南省森林灾害预警与控制重点实验室,云南 昆明 650224 |
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| 基金项目： | 国家留学基金资助项目(留金法[2017]5086号;201708535056);国家自然科学基金项目(31560211);云南省森林灾害预警与控制重点实验室开放基金项目(ZK150004);云南省高等学校大学生创新创业训练计划项目(S2017106770131) |
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| 摘 要： | 【目的】充分了解核桃黑斑病菌的侵染机制。【方法】以全基因组序列已经公布的7个核桃细菌性黑斑病菌菌株CFBP2528、CFBP7179、CFBP8253、DW3F3、J303、NCPPB1447、Xaj417等所具有的蛋白序列为预测数据,基于分泌蛋白所具有的主要特征,利用SignalP v4.1、ProtCompB v9.0、TMHMM v2.0、big-PI Fungal predictor、TargetP v1.1、LipoP v1.0等在线分析程序对分泌蛋白进行预测,同时分析其氨基酸组成及分布、信号肽长度、信号肽切割位点等特征。【结果】核桃细菌性黑斑病菌的分泌蛋白平均为74个,其氨基酸长度多集中于101～400氨基酸,所占比例为63.65%。信号肽氨基酸残基中以A最多,所占比例为22.04%; 其次是L,所占比例为19.27%。信号肽长度以19～29个氨基酸的最多,所占比例为79.62%,信号肽切割位点属于A-X-A类型。【结论】核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白的有效预测,可为深入解析核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白在侵染过程中所发挥的功能提供理论依据。
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| 关 键 词： | 核桃细菌性黑斑病菌 全基因组 分泌蛋白 生物信息学分析 |
Prediction of secretory protein in walnut bacterial black spot pathogen |
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| ZHU Youpeng,LIU Hongli,HAN Changzhi.Prediction of secretory protein in walnut bacterial black spot pathogen[J].Journal of Nanjing Forestry University(Natural Sciences ),2019,62(3):17-22. |
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| Authors: | ZHU Youpeng LIU Hongli HAN Changzhi |
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| Institution: | (College of Biodiversity Conservation and Utilization, Southwest Forestry University, Kunming 650224,China;The Key Laboratory of Forest Disaster Warning and Control of Yunnan Province, Kunming 650224,China) |
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| Abstract: | ZHU Youpeng;LIU Hongli;HAN Changzhi(College of Biodiversity Conservation and Utilization, Southwest Forestry University, Kunming 650224,China;The Key Laboratory of Forest Disaster Warning and Control of Yunnan Province, Kunming 650224,China) |
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| Keywords: | walnut bacterial black spot pathogen whole-genome secretory protein bioinformatics analysis |
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