| 基于高通量测序的鹿角杯形珊瑚微卫星标记的开发 |
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| 作者姓名： | 罗燕秋 黄雯 余克服 李明 武茜 王英辉 李扬 陶永健 陈胤民 |
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| 作者单位： | 1. 广西大学珊瑚礁研究中心;2. 广西南海珊瑚礁研究重点实验室;3. 广西大学海洋学院;4. 广西大学林学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(41866006)；;广西自然科学基金资助项目(2016GXNSFBA380028,2017GXNSFAA198196)；;中国博士后基金资助项目(2016M592606,2017T100663)； |
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| 摘 要： | 为了更深入开展珊瑚遗传结构及其多样性研究,本研究采用高通量测序对鹿角杯形珊瑚进行微卫星标记的开发。首先用人工白化的方法获得污染较低的鹿角杯形珊瑚,然后使用该样品DNA,基于高通量测序平台对鹿角杯形珊瑚简化基因组进行了测序,最终设计得到鹿角杯形珊瑚微卫星引物2 786对。利用海南三亚鹿角杯形珊瑚对其中6对多态性较高的微卫星标记进行了评价。每个微卫星位点的有效等位基因数(Ne)为2.198～5.000;观测杂合度(Ho)为0.531～0.875;期望杂合度(He)为0.512～0.816;Shannon多样性指数为0.856～1.829;多态信息含量(PIC)为0.441～0.777,其中有4对微卫星标记呈现为高度多态性(PIC> 0.5),2对微卫星标记为中度多态性。经过Bonferroni校正后,只有微卫星标记LB11偏离哈迪—温伯格平衡;连锁不平衡检验结果表明,位点之间不存在连锁不平衡现象。
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| 关 键 词： | 鹿角杯形珊瑚 人工白化 高通量测序 微卫星标记 多态性 |
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