基于多重长PCR靶向捕获测序技术的高同源SNP鉴定 |
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引用本文: | 王决恒,周宇荀,李凯,肖君华.基于多重长PCR靶向捕获测序技术的高同源SNP鉴定[J].东华大学学报(自然科学版),2024(1):163-170. |
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作者姓名: | 王决恒 周宇荀 李凯 肖君华 |
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作者单位: | 东华大学化学化工与生物工程学院 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(31772550); |
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摘 要: | 为建立一种高同源区段的单核苷酸多态性(SNP)基因分型技术,通过构建本地Blast对SNP所在的200和400 bp区段进行同源性评估,并筛选出高同源区段的SNP。利用第一轮多重长PCR(polymerase chain reaction)捕获329个样本的9个高同源区段SNP所在的长片段,使用纯化后的第一轮PCR产物作为模板进行扩增子建库测序,检测样本共得2 928个SNP位点信息,测序成功率高达98.885 6%。利用Hardy-Weinberg(HWE)法则计算试验研究的9个高同源区段SNP位点的基因频率(p值均大于0.05,符合HWE法则),并与NCBI(national center for biotechnology information)中千人基因组数据库中获取的基因频率相比对,发现二者单碱基基因频率一致(误差限<0.15)。研究表明,利用多重长PCR靶向捕获技术结合二代测序技术为高同源区段的SNP分型提供一个准确、快速、大样本检测方案。
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关 键 词: | SNP分型 高同源区段 多重长PCR靶向捕获技术 高通量测序 |
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