一款基于转录组差异基因表达分析的软件包——findDEG

【目的】随着二代测序技术的不断发展,转录组测序技术在许多物种里已被广泛地应用于基因差异表达分析和基因注释研究。现有的多种基因差异表达分析软件,分析步骤多而且复杂,不同分析方法其结果差别也较大,这给研究者分析实际数据带来了不少困难。为了简化基因差异表达分析的过程,利用现有的软件开发一个集成的软件包。【方法】针对Trinity、TopHat+Cufflinks和HISAT2+StringTie 3种比较成熟的基因差异表达分析流程,考虑研究对象有无参考基因组序列、样本数据是否有重复、单端还是双端测序、不同基因表达量的计算方法以及不同的基因差异表达显著性检验方法等因素,将多种转录组测序数据分析软件整合起来形成一个集成的软件包。【结果】 使用Perl语言开发了一个名为findDEG软件包用于转录组测序数据的基因差异表达分析。软件包共分为3个模块,即Trinity、TopHat+Cufflinks和HISAT2+StringTie模块。Trinity模块提供3种计算转录本表达量方法和4种差异表达基因显著性检验方法,TopHat+Cufflinks模块可供用户选择新版或旧版的Cufflinks分析方案,HISAT2+StringTie模块则只有一种分析方案。该软件包可以自由下载使用,其网址为http://www.bioseqdata.com/findDEG/findDEG.htm。采用新版和旧版的Cufflinks分析方案以及一种Trinity组合方法,分别对小叶杨在正常和干旱胁迫条件下的转录组数据进行了分析。结果两种Cufflinks方法分别识别出了53和33个差异表达基因,其中25个是相同的; Trinity方法识别了高达1 641个差异表达基因,其中与Cufflinks两种方法相同的分别有14和3个。【结论】 新开发的软件包findDEG有十多种基因差异表达分析方案可供选择,采用一键的方式进行数据计算分析,避免了中间环节参数输入和结果利用等操作步骤,使用方便。     

Linux环境下IPv6 DNS自动化管理系统设计与实现

随着IPv6技术的发展,DNS这项Internet的核心技术,已日趋成熟和完善.本文对IPv6地址的特点及形式做了简单介绍,并对IPv6环境下的DNS做了分析,详细介绍了IPv6环境下正向解析和反向解析过程.为了实时自动更新用户DNS数据,提出了在IPv6环境下,通过Web方式,并结合Perl语言来实现DNS自动化管理系统.     

基于服务器安全的入侵检测系统在Linux系统上实现

为防止黑客入侵,提出一种在Linux环境下实现网络入侵检测系统的实现方法.此系统由嗅探器、分析器和处理器组成.程序用C语言实现.针对网络层与传输层的IP攻击、ICMP攻击、UDP攻击、TCP攻击特征和数据报做了详细的分析;在网络入侵检测的实现上,使用IP重组预处理和模式匹配相结合的方法,提升了系统检测网络攻击行为的能力,两种检测方法成为有效的互补.     

基于Mrtg实现对网络设备的实时监控

主要探讨基于Mrtg并使用Perl做二次开发,通过对多台网络设备的动态监测,实现网管人员对当前网络状况实时了解,从而及时发现、处理各类网络异常情况.     

正则表达式匹配IP地址的实践与研究

正则表达式语言是世界上最流行的字符串匹配语言，它被许多编程语言或工具所支持。运用正则表达式匹配IP地址，比较了一些模式的写法，分析了某些模式在不同正则表达式引擎下的差异，得出了一个精确、通用的模式。     

Linux环境下IPv6 DNS自动化管理系统设计与实现

随着IPv6技术的发展,DNS这项Internet的核心技术,已日趋成熟和完善.本文对IPv6地址的特点及形式做了简单介绍,并对IPv6环境下的DNS做了分析,详细介绍了IPv6环境下正向解析和反向解析过程.为了实时自动更新用户DNS数据,提出了在IPv6环境下,通过Web方式,并结合Perl语言来实现DNS自动化管理系统.     

基于开源软件的校园网监控体系

快速发现网络故障、定位故障点,需要对接入设备进行管理,了解网络的运行情况,包括端口数据流量、设备运行性能和状况等各项指标．通过开源软件设计了一种利用遵循SNMP协议的高效监控系统,来获取校园网络节点状态信息的有效方法．并将校园网接入设备状况以非常直观的形式显示出来,以便有效地提高网络管理水平．