广西廉州湾红树林群落分布特征及物种多样性分析

为全面了解广西廉州湾红树林群落本底数据，预测其发展方向，本研究以广西廉州湾红树林群落为研究对象，在东江口、木案、针鱼墩、垌尾设置4条典型断面共计36个样方，调查红树林群落的类型、树高、覆盖度、冠幅、基径等，并计算物种重要值、多样性指数等指标，分析种群动态及分布格局。结果表明，广西廉州湾红树林树种以演替前中期树种为主，群落结构简单；物种重要值的排序为桐花树（Aegiceras corniculatum）>秋茄（Kandelia obovata）>白骨壤（Avicennia marina）>老鼠簕（Acanthus ilicifolius），大多种群主要呈集群分布；更新层以桐花树和秋茄幼苗为主，与该地现有成年红树植物物种重要值排序一致。广西廉州湾红树林群落是由陆向海逐渐发育的，未来该地红树林群落物种组成发生变化的可能性不大。如果人为干扰得以控制，红树林面积有望继续增加。     

基于高通量测序分析白云岩喀斯特土壤微生物多样性

利用白云岩喀斯特土壤微生物16S rRNA V4及ITS1区的高通量测序数据,分析土壤微生物群落结构特征。基于PICRUSt算法预测土壤微生物群落功能基因组,应用皮尔逊相关系数解析土壤性质与土壤微生物群落多样性及代谢通路的相关性。结果显示:白云岩喀斯特土壤微生物主要分布于15个菌门,其中以变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和接合菌门(Zygomycota)为最主要的优势菌门。基于PICRUSt功能基因预测,共获得6 208个同源功能基因(KEGG Orthology),富集于311条代谢通路(metabolism pathway)。其中与氨基酸代谢、碳水化合物代谢等有关的基因在种类和数量上都占预测功能基因中的绝对优势。相关性分析表明:土壤微生物多样性与土壤性质间存在相关性,尤其以土壤微生物多样性与Emg~(2+)间相关性最为显著。61条代谢通路与土壤交换钙(ECa~(2+))、土壤有机碳(SOC)、土壤总磷(STP)、土壤总钾(TK)、pH以及土壤交换镁(Emg~(2+))相关。Emg~(2+)与包括精氨酸和脯氨酸代谢、丙酮酸代谢在内的31条代谢通路显著正相关。     

海南师范大学龙昆南校区的校园繁殖鸟类

分别于2018年和2019年的3 — 8月，采用样线和系统搜索法，每周1次对海南师范大 学龙昆南校区的校园繁殖鸟类进行调查。在校园内共发现12种繁殖鸟类，隶属于4目11科，其中 雀形目鸟类最多，计8科。自然筑巢繁殖的鸟类共11种，隶属于4目10科；利用人工巢箱繁殖的鸟 类2种，均属雀形目。相对于国内其他高校，海南师范大学龙昆南校区的校园繁殖鸟类较少，可能 是因为该校区占地面积较小，生境类型单一，该校区坐落于海口市中心，人为干扰相对较多。     

生物医学大数据的现状与展望

生物医学是一门新兴的前沿交叉学科,它综合了医学、生命科学和生物学的理论和方法而发展起来.近年来随着先进仪器装备与信息技术等越来越广泛和深入的整合到生物技术中来,生物医学研究中越来越频繁的涉及到大数据存储和分析等信息技术.大数据时代的来临对生物医学研究产生了重大影响.其中,一个重要发展趋势就是由假设驱动向数据驱动的转变.数十年来分子生物学水平上的实验目的是获得结论或者是提出一种新的假设,而现在基于海量生物医学大数据,可以对海量数据的研究来探索其中的规律,直接提出假设或得出可靠的结论.随着先进的生物分析技术的不断推出和更新,生物医学数据迅速积累.基于此类大数据一些以往不能解决的问题将有望解决,同时相关生物医学研究的新问题也层出不穷.生物医学相关的大数据技术和相关应用主要包括:基于高通量测序的个性化基因组、转录组和蛋白组研究,单细胞水平基因型和表型研究,人类健康相关微生物群落研究,生物医学图像研究等.相关生物医学大数据分析任务均具有着数据密集和计算密集的双密集性特点.要充分地利用这些大数据解决一系列生物医学问题,迫切需要高通量、高效率、高准确性的生物信息存储和分析策略.本文总结和回顾生物医学大数据的生成、管理和分析相关的一系列问题,其中重点讨论人体微生物群落、单细胞表型和基因型、生物医学图像等新近出现的生物医学大数据形式,以及相关数据分析和应用前景等.基于目前生物医学大数据的现状我们可以发现,生物医学大数据的研究正处于蓄势待发状态:适应于生物医学大数据的软硬件平台、大数据存储、大数据分析挖掘等方法等还不成熟,制约着生物大数据的研究.然而一旦相关研究获得突破并有所优化和应用,将会全方位地支撑生物医学大数据的深入解构;进而有助于对医学现象的趋势分析和预测,服务于相关的遗传疾病研究、公共卫生监控、医疗与医药开发等广泛生物医学应用.     

呼伦贝尔沙地樟子松根内真菌群落结构与功能群特征

为揭示呼伦贝尔沙地樟子松根内真菌群落结构和功能群特征, 以呼伦贝尔沙地樟子松天然林和不同林龄人工林为研究对象, 采用野外调查和分子生物学相结合的方法, 鉴定并分析沙地樟子松根内真菌群落结构和功能群特征。在呼伦贝尔沙地樟子松根尖样品中共获得520个真菌 OTUs, 隶属于5门87科197属, 其中担子菌门(Basidiomycota)和子囊菌门(Ascomycota)的相对丰度较高, 分别为54.98%和39.27%。天然林优势菌属 为 双 子 担 子 菌 属 (Geminibasidium) 、 红 菇 属 (Russula) 和 Phialocephala, 人 工 林 优 势 菌 属 为 乳 牛 肝 菌 属(Suillus)、Phialocephala 和口蘑属(Tricholoma), 其余菌属的相对丰度随林龄的变化波动较大。沙地樟子松人工林根内真菌α多样性指数随林龄增长均呈降低趋势, 成熟林根内真菌α多样性指数显著低于沙地樟子松近熟林、中龄林和天然林(P<0.05)。沙地樟子松天然林与人工林根内真菌群落结构变异性较小。其中, 天然林与成熟林根内真菌群落结构差异较大, 与近熟林根内真菌群落结构最接近。共生营养型真菌比例随林龄增长而逐渐增大, 腐生营养型和病理营养型真菌比例随林龄增长逐渐减小; 天然林与近熟林共生营养型真菌的占比较为接近, 腐生营养型真菌在天然林中占比较大。沙地樟子松根内真菌群落结构复杂, 物种丰富多样, 外生菌根真菌和未定义腐生菌为主要功能类群, 部分真菌在不同林分的生态策略存在差异。     

四川蜂桶山省级自然保护区4个1hm2固定观测样地植物物种组成

为研究大巴山南麓物种组成特征,在四川蜂桶山省级自然保护区建立4个有代表性的1 hm2固定观测样地,调查并鉴定样地内胸径≥1 cm的木本植物.结果 显示:固定观测样地内有木本植物145种,共计7594株,分属39科89属.在活个体数量上,1号样地有2802株,2号样地有2041株,3号样地有1777株,4号样地有974株;在科组成上,以壳斗科和蔷薇科为主,松科和桦木科为主要优势物种,显示出大巴山南麓的植物群落组成特征;从区系上看,保护区植物以温带成分居多,并呈现出由热带成分向温带成分过渡的趋势;乔木层主要物种为华山松(Pinus armandii)、马尾松(Pinus massoniana)、杉木(Cunninghamia lanceolate)和多脉鹅耳枥(Carpinus polyneura),灌木层主要物种为绢毛木姜子(Litsea sericea)、荚蒾(Viburnum dilatatum)、马桑(Coriaria nepalensis)和猫儿刺(Ilex pernyi);样地内稀有种有37个,均为阔叶树种;从径级结构分析,马尾松属于稳定型种群,华山松属于衰退型种群,杉木、漆树(Toxicodendron vernicifluum)、红桦(Betula albosinensis)均属增长型种群.     

白冠长尾雉(Syrmaticus reevesii)卵壳的超微结构及元素组成研究

对采自河南董寨国家级自然保护区的白冠长尾雉(Syrmaticus reevesii)卵壳样品进行了检测和研究,利用扫描电子显微镜观察了卵壳的超微结构,采用电感偶合等离子体光谱仪测定了卵壳中的化学元素.结果表明:白冠长尾雉卵壳的表面晶体层、栅栏锥体层和壳膜层的厚度分别为20.8,220.8和62.5μm,分别占卵壳总厚度的6.8%,72.6%和20.6%;栅栏层有很多蜂窝小孔,其直径为(0.32±0.08)μm(n=30);卵壳表面有许多圆形或椭圆形的气孔,可能与胚胎发育过程中的气体交换有关,气孔横断面呈细漏斗状,在其上半部有颗粒状填充物.同时比较了白冠长尾雉野生和笼养个体未孵化卵壳中21种化学元素的含量,发现在组成卵壳的化学元素中,野生白冠长尾雉的Ca,Mg,P,S的质量分数w>1 mg.g-1,其中Ca含量超过卵壳元素总含量的40%;Na,Si,S,K和Al次之,w=0.1~1mg.g-1;Fe,Zn,Pb,Mn,Cu,V,Ti元素的w=1~100μg.g-1;Ni,Cr,Co,Se,Cd的含量最低,w<1μg.g-1.与野生个体的卵壳相比,保护区人工饲养的白冠长尾雉的卵壳成分有显著差异,其中S,Cu,Fe,Al,Mn,Si,Sr,Se,Cr等元素野生个体与笼养个体相比,同种元素在不同个体上w的差异均达到20%以上.饲养个体对Fe,Mn,Si和Sr等4种元素摄入明显不足,而S,Cu,Al,Se,Cr等元素则显著偏高,这可能是造成董寨自然保护区白冠长尾雉卵受精率较低的主要原因.建议适当调整饲料中这些元素的配比,以保证饲养条件下白冠长尾雉拥有良好的营养供给,从而提高人工繁殖的成功率.     

福建红曲醋发酵液的细菌群落结构分析

采用非培养法和培养法对福建红曲醋的细菌菌落结构进行分析.从红曲醋发酵液样品中提取基因组DNA,构建16S r DNA文库.随机挑取16S r DNA文库中的克隆子进行ARDRA分析,通过部分克隆序列测定构建系统发育树.结果显示,非培养法16S r DNA克隆文库得到15种OTUs,主要分为3大菌群,分别是:Acetobacter属、Lactobacillus属、Pseudomonas属;培养法16S r DNA克隆文库得到11种OTUs,主要分为2大菌群,分别是:Acetobacter属、Lactobacillus属.在文库的标准多样性指数方面,非培养法文库的香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalef's richness index)分别为2.56、0.075、3.04,培养法文库香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalefs'richness index)分别为2.26、0.104、2.17.两个文库的均一度指数(Evenness index)数值均高于0.90,显示出两个文库自身较高的多样性.实验结果表明:Acetobacter属和Lactobacillus属是红曲醋发酵的优势菌群,占整个细菌群落的85%以上.红曲醋发酵是一个多菌种的发酵过程,福建红曲醋的非挥发性酸含量与其醋酸发酵伴随乳酸发酵过程产生丰富的有机酸是相关的.     

聚果榕小蜂群落在中国西双版纳和缅甸曼德勒之间的地理变异

榕树及其传粉榕小蜂之间的相互作用是互惠共生的经典例子，每种雌雄同株的榕树还庇护着多样的非传粉小蜂，并共生形成多营养级的榕小蜂群落，是研究群落生态学的有趣模型。区域的物种库、物种的生物地理特征及种间相互作用可能影响榕小蜂群落，但研究很少。本研究选择分布于中国西双版纳和缅甸曼德勒的雌雄同株聚果榕小蜂群落作为研究对象，比较地理分布差异对榕小蜂个体大小及共存网络的影响。结果显示：聚果榕小蜂群落在两地由相同的6个种组成，但分布于西双版纳的6种榕小蜂的个体均显著大于分布在曼德勒的同种榕小蜂。在两个分布地传粉榕小蜂均为优势种，然而在西双版纳传粉榕小蜂种群较大，而在曼德勒非传粉小蜂更丰富。在两地聚果榕有不同的榕小蜂群落结构和物种丰富度，且榕小蜂共存的网络也存在变异，在两地共存网络有相同的节点、边、连接度和全局聚类系数，但是在西双版纳的共存网络有较大的直径和较高的群落矩阵温度，这表明分布于西双版纳的聚果榕小蜂群落种间互作不太紧密，群落受到的干扰较大。由此，阐明了由地理分布所驱动的榕小蜂群落变异。     

山西五鹿山国家级自然保护区鸟类多样性分析

本研究采用样线调查结合红外相机照相数据收集方法,对山西五鹿山国家级自然保护区的鸟类资源在不同季节和繁殖期进行跟踪调查.调查结果统计分析显示,保护区内野生鸟类共43种,隶属于10目、19科、35属,其中,国家一级重点保护野生鸟类2种、二级重点保护野生鸟类3种、山西省重点保护鸟类2种、我国特有鸟类3种.按照居留类型分,有留鸟30种、夏候鸟5种,约占该保护区鸟类物种总数的81.3%;冬候鸟3种、旅鸟2种,约占该保护区鸟类物种总数的11.5%;依据动物区系划分,古北界鸟类较多,占65.1%.样线调查分析表明,密度较大的鸟类是大山雀、煤山雀、环颈稚和褐马鸡,优势种是稚科、啄木鸟科、鸦科、鸫科和鹟科,常见种属于鸠鸽科和山雀科,发现稀有种白冠燕尾;红外相机法调查结果表明,丰富度较大的鸟类为褐马鸡、环颈稚和红嘴蓝鹊,SPSS 24.0分析显示红嘴蓝鹊的平均海拔与时间显著相关.此外,利用两种调查方法首次在该保护区发现国家二级保护动物小杓鹬、戈氏岩鹀和白冠燕尾.这些研究成果不仅有助于山西五鹿山国家级自然保护区鸟类多样性变化的监测,而且也可为构建完整的鸟类保护与监测体系提供参考资料和实践指导.