冷水鱼固着类纤毛虫PCR检测方法探讨及感染因素分析

针对冷水鱼养殖中固着类纤毛虫检测难和污染源不明确、种类鉴定难的问题,对冷水鱼养殖环境中固着类纤毛虫的主要寄生种类及感染因素进行调查分析,在不同季节于河北省内采集冷水鱼和水环境样本。首先,采用形态学方法对鱼体及水环境中的固着类纤毛虫进行初步鉴定;然后,建立PCR方法进行分子水平鉴定,并进行系统发育学分析;最后,对冷水鱼感染寄生虫的原因进行分析。形态学鉴定结果表明,冷水鱼寄生的固着类纤毛虫主要有累枝虫(Epistylis sp.)和钟虫(Vorticella sp.)2类;引物设计、敏感性和特异性试验结果显示,建立的寄生虫PCR检测方法有效,测序比对和系统发育分析结果进一步验证了其形态学结果;运用已建立的PCR方法检测出固着类纤毛虫在水环境中高达94.38%,鱼体广泛寄生,感染率达到了100%;且无季节差异,水体中的虫体可能是造成鱼长期感染的原因之一。研究数据可为冷水鱼病害的科学预测、预防和治疗提供依据,同时为冷水鱼养殖产业的可持续发展提供疫病防治参考。     

SARS冠状病毒的系统发育基因组研究

对SARS冠状病毒(SARS Coronavirus,SARS-CoV)进行了系统发育基因组研究.应用CLUSAL-X1.83程序,将来自GenBank数据库的全部102条SARS-CoV全基因组序列记录做多序列联配,然后采用MEGA3软件包进行系统发育基因组分析,使用邻接法构建系统发育树.根据该系统树,SARS-CoV全基因组记录可以分为2类.第1类包括2个来源于动物的分离株;第2类则覆盖了所有的人源分离株,并且可进一步分为2组,其中第1组包括5个来自于广东省的分离株,而第2组则覆盖了其他的来自于香港、内地和海外的分离株.这一分支格局代表了SARS-CoV从兽到人、从广东到全球的传播过程,并且基因组的替代变异幅度在传播过程中由大到小,逐渐稳定下来.还详细地给出了区分上述2群和2组的分子标签,为新毒株的鉴定和分型提供了理论依据.     

亚洲香菇Lentinula edodes系统发育学地位的重新评估与遗传多样性分析

测定了60个中国野生香菇菌株的rDNA的内转录间区(ITS)序列,结合GenBank已有的48个其他地区不同种的菌株的序列数据,构建Lentinula属内的系统发育树.结果将该属分成了两大支共7个谱系,西半球一支2个谱系,东半球一支5个谱系,聚类结果与形态种的划分明显相关.亚洲菌株在东半球的5个谱系中占两席,系统发育关系分析表明这两大谱系所代表的种质资源的地位特殊,不可缺少.谱系V的菌株数量明显扩大,覆盖范围的地理空白也得以填补,成为了亚洲香菇的主流谱系之一;谱系I的菌株数量庞大,覆盖了绝大部分被研究区域,有进一步分化成两类的趋势.这表明中国(亚洲)是重要的香菇自然群体遗传多样性中心.将谱系I分成Ia和Ib两个亚类,与谱系V一起进行亚洲范围内香菇的遗传多样性分析,发现中国东部沿海、西北高原和中国西南及喜马拉雅地区的多样性最为丰富,是亚洲香菇的3个多样性重点保护区域.     

我国多斑按蚊复合体mtDNA-COⅡ基因序列分析及系统发育关系研究(双翅目:蚊科)

测定并比较分析了我国多斑按蚊复合体5成员种(多斑按蚊、威氏按蚊、伪威氏按蚊、达罗毗按蚊及塞沃按蚊)mtDNA—CO Ⅱ的基因序列，并依据该分子特征构建了其系统发育关系．结果显示，多斑按蚊复合体5成员种的COⅡ基因序列长度均为684bp，GC含量范围为24．85％-26．02％；其中多斑按蚊、威氏按蚊和达罗毗按蚊种内差异极小，为0．15％-0．58％；而种间序列差弄较大，为3．66％-9．63％．以中华按蚊为外群，分析多斑按蚊复合体5成员种的系统发育关系显示，威氏按蚊和达罗毗按蚊亲缘关系最近，伪威氏按蚊与其它4种的亲缘关系较远．     

用cpDNA matK基因和nrDNA ITS区序列确定我国特有植物四棱草属的系统位置

测定了我国特有植物四棱草属以及马鞭草科6属和唇形科13属共27个代表种的叶绿体DNA matK基因和核核糖体DNA ITS区序列.应用相对表观衍征分析方法(RASA)对所测DNA序列的系统发育信号及所选择外类群的有效性进行了统计评价.应用最大简约法(MP)、邻接法(NJ)和最大似然法 (ML)对matK和ITS序列进行了独立的和联合的分子系统发育分析.结果表明,四棱草与三花莸为姐妹群;Contino等提出的莸属复合群不构成单系类群,莸属4种具有复系演化关系;Contino系统中的筋骨草亚科形成一个单系分支.此外,本文结果支持马鞭草科与唇形科构成复系类群以及白骨壤属从马鞭草科中独立的观点.RASA分析和多基因联合分析为确定复杂类群间的系统发育关系提供了有效的途径.     

人类线粒体DNA中碱基缺失/插入的真伪能否从世系的系统发育关系来推断?

从线粒体DNA世系的系统发育关系角度来说, 稀少的点突变在多个不同世系(或者说单倍型类群)中出现, 就很有可能是错误的. 这条对mtDNA序列中观察到的稀少的点突变进行检验的经验是否对序列中出现的碱基缺失/插入也适用, 目前未见报道. 本研究中统计了国内50个不同人群2352个个体mtDNA序列中出现的一些稀少的碱基插入/缺失事件. 结果显示, 除去单倍型类群特征性或相关性的碱基缺失/插入外, mtDNA序列中的碱基插入/缺失事件, 特别是发生的位置上含有该突变碱基(碱基对)重复的时候, 基本上不能通过世系系统发育关系来判别其准确性. 对于研究中偶尔观察到的个别稀少的碱基插入/缺失事件, 建议进行独立多次的序列测定予以核实.     

长蝽类高级阶半系统发育初探（半翅目）

本文运用支序分析的原理和方法，采用Ｈｅｎｎｉｎｇ８６程序研究长蝽类（ｌｙｇａｅｏｉｄｃｏｍｐｌｅｘ）亚科以上阶元间的系统发育关系，研究用分类单元代表共计２１种，选用性状共４８个，内群共包括１９个ＯＴＵｓ并采用“理想祖先”作为单一外群，计算得到的首选最简约树步长＝１６５，ＣＩ＝０．３２，ＲＩ＝０．５１，相应支序图所提示的系统发育建景象的主要包括：（１）原有意义上的长蝽科为一并系群或复系群，（２）Ｒｈ     

高产5-氨基乙酰丙酸光合细菌株的分离鉴定

从不同生态环境中分离培养出20株光合细菌,进行5-氨基乙酰丙酸(5-ALA)的产量检测,筛选出一株分离自广州市云溪公园池塘底泥的菌株R5,其5-ALA产量最高,达4.92 mg/L.为了确定菌株R5的分类学地位,对该菌株的形态学、碳源利用情况等生理生化特性进行了研究,表明该菌株符合红假单胞菌属的生物学特征;以菌株R5基因组DNA为模板PCR扩增16S rDNA基因,对PCR产物进行了序列测定,将所测得的核酸序列与相关细菌的16S rRNA序列进行比对,并构建进化树进行系统发育分析,发现菌株R5与沼泽红假单胞菌株KUGB306(Rhodop-seudom onas palustrisKUGB306)形成一个类群,序列同源性为99%.故最后确定该高产5-ALA的菌株属于红假单胞菌属(Rhodopseudom onas).     

利用ITS序列对两个盐藻株的分子鉴定

对实验室长期保存的两个盐藻株(Dunaliella salina)核糖体rDNA的ITS(internal transcribed space)序列(ITS1 5.8S rDNA ITS2)用PCR技术扩增并克隆,经序列测定后,与从GenBank中获得的相关序列一起构建系统发育树.结果显示:其中一个(Dunaliella salinaSHU 01)与Dunaliella viridisCONC 002的距离最近,另一个(Dunaliella salinaSHU02)与Dunaliella salinaUTEX 1644的距离最近.因此分别命名为Dunaliella viridisSHU与Dunaliella salinaSHU.     

螺旋状专性化能自养铁氧化细菌ML-04菌株的分子鉴定

对1株螺旋状专性化能自养铁氧化细菌ML-04的16S rDNA基因PCR扩增产物进行了序列分析，并以16Sr DNA序列同源性为基础构建系统发育树，结果表明，ML-04菌株与氧化亚铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferrooxidans)具有较大的差异性，而与嗜铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferriphilum)的相似度达99．7％以上，属于同一类群．