四棱豆属7个栽培种ITS序列亲缘关系分析

对四棱豆属栽培品种nrDNA ITS序列进行克隆测序,并进行序列比较与品种间亲缘关系分析.结果表明:(1)供试品种间ITS序列的变异小,GC含量低,为51.4%～51.6%.(2)供试四棱豆品种间遗传变异范围在0.0000～0.0009,表明四棱属内nrDNA ITS区存在一定的遗传变异,但变异较低,表明供试材料间亲缘...     

青钱柳叶片转录组数据组装及基因功能注释

青钱柳是一种民间常用中药,青钱柳叶中有多种生物活性的次生代谢物,如有机酸、黄酮类、皂苷类、铱类、精油、无机元素等,但对于青钱柳次生代谢产物合成的分子机制仍未见有报道.使用Illumina公司Hiseq 4000平台对青钱柳叶进行转录组测序,对 reads 进行拼接,得到50 126个unigenes平均长度为 1 247 bp,有19 875 (39.65%) unigenes由NCBI非冗余数据库进行注释的,23 716 (47.31%) unigenes被注释到GO数据库,14 950个(29.82%) unigenes匹配到COG 功能组.进一步的分析结果显示,6 012 (11.20%)个 unigenes被富集到 254个 KEGG 代谢通路,其中1 212个unigenes参与了次生代谢产物的生物合成,并且发现126个unigenes参与异戊二烯代谢,包括萜烯类、香茅醛、呋喃酮、苷的代谢途径.此外,总共检测到21 089个简单序列重复(SSRs).通过对老叶与嫩叶的转录组比较分析结果显示,在青钱柳不同生长发育时期的叶片中,基因表达上调占主异作用的过程主要涉及萜类和多肽的代谢、辅酶和维生素的代谢和氨基酸代谢,而基因表达下调占主异作用的过程主要涉及信号传输、类脂物代谢与能量代谢.该转录组数据可为青钱柳重要生物活性成分的生物合成和调控提供参考.     

一测多评法测定青钱柳中5种黄酮类成分含量

建立青钱柳中5种主要的黄酮类成分的一测多评法,验证该方法在青钱柳质量评价中应用的准确性及可行性.以木犀草素为内标,分别建立木犀草素与黄酮苷、山奈酚、槲皮素、异槲皮苷的相对较正因子,计算青钱柳中黄酮苷、山奈酚、槲皮素与异槲皮苷的量,实现一测多评.对来自3个不同地方的5个批次的青钱柳样品,同时采用外标法与一测多评法测定青钱柳中5种黄酮类成分的含量,并两种方法测得结果的差异,对一测多评法进行含量测定的科学性与可行性进行评价.结果表明5种黄酮类成分的相对校正因子在不样品中重复性较好,对于同批次样品采用一测多评法与外标法测得的结果之间没有显著性差异.以木犀草素为内标同时测定黄酮苷、山奈酚、槲皮素与异槲皮苷的一测多评法可用于青钱柳的定量分析.     

青钱柳多糖中单糖组分分析

采用水提醇沉法提取粗多糖,采用苯酚-硫酸法测定多糖含量,采用柱前衍生HPLC法测定多糖中的单糖组成.结果显示:粗多糖的质量分数为4.34%;青钱柳多糖主要由木糖、甘露糖、鼠李糖、阿拉伯糖、半乳糖、葡萄糖和核糖等单糖组成,其在粗多糖中的质量分数分别为3.04%、7.35%、8.46%、13.46%、28.72%、24.26%和6.16%.青钱柳中多糖因青钱柳来源不同而存在单糖组成差异,本研究为青钱柳的质量控制与药理药效研究提供了依据.     

金银花叶绿素a/b结合蛋白基因LjCab克隆与表达特性分析

采用设计简并性引物和RACE克隆相结合,从金银花中克隆了捕光叶绿素a/b结合蛋白基因全长,命名为LjCab(GenBank号：JQ621945.1).基因全长为960 bp,开放阅读框为798 bp,其编码265个氨基酸,基因不含内含子属于光系统II的Cab基因.对LjCab基因核苷酸序列进行亲缘关系分析发现其与烟草和五彩椒的Cab基因亲缘关系较近.金银花在不同条件处理下,对LjCab基因进行定量PCR检测分析,结果显示：LjCab基因受光、6-BA、GA3和NAA诱导表达,但是黑暗和ABA激素处理对LjCab基因的表达没有明显的影响.本研究为进一步解析金银花光合作用机理及其相关基因的诱导表达特性提供了参考.     

基于加权基因共表达网络分析挖掘茯苓抗食管癌作用靶点

该研究利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)探讨茯苓抗食管癌的潜在作用靶点，为食管癌的临床诊治开创新思路.首先在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库中筛选出茯苓的有效活性成分及对应靶点，运用Cytoscape软件中鉴定候选药物作用靶点，接着在癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达谱差异(GEO)数据库中下载肿瘤相关基因表达数据集，通过WGCNA鉴定出与食管癌紧密相关的基因，并将鉴定出的基因与茯苓的候选药物作用靶点进行比对，确定茯苓抗食管癌的潜在作用靶点，最后采用RT-PCR的方法对筛选出核心基因在人食管癌细胞中的表达量进行检测.结果共获得34种茯苓有效活性成分，及17个对应靶点，主要候选药物作用靶点为：CHRM1、NCOA2、PGR、ADRA1B、ADH1B、PTGS2.其中ADH1B为茯苓抗食管癌的潜在作用靶点.筛选出DLGAP5、MCM2、CCNA2、CDK1、TPX2、TRIP13、KIF23、KIF2C、CENPF、CHAF1A等10个核心基因，其中CHAF1A和MCM2的表达水平对食管癌患者的预后具有影响.RT-PCR结果显示，CDK1、CHAF1A、TP...     

ITS序列在天门冬属物种DNA条形码构建中的应用研究

在对天门冬属4个种ITS(internal transcribed spacer)序列克隆测序的基础上,并对4个种进行序列比较分析.结果表明:(1)4个物种的亲缘关系很近,它们间的ITS序列的变异小,GC含量高,在60％左右.(2)4个物种在系统树上聚为一类,文竹与其他3种天门冬的亲缘关系相对较远,处于系统树的一支,其...     

青钱柳叶多糖中单糖组分分析

采用水提醇沉法提取青钱柳叶中粗多糖,用苯酚-硫酸法测定多糖含量,进一步采用柱前衍生HPLC法测定多糖中的单糖组成,并对3个不同来源的青钱柳叶中多糖和单糖的含量与构成进行比较分析。研究结果显示,青钱柳叶中粗多糖的平均质量分数为4.34%,青钱柳叶中多糖主要由木糖、甘露糖、鼠李糖、阿拉伯糖、半乳糖、葡萄糖和核糖等单糖组成,其在粗多糖中的质量分数分别为3.04%、7.35%、8.46%、13.46%、24.32%、24.26%和6.16%。青钱柳叶中多糖因青钱柳叶来源不同而存在单糖组成差异。本研究为青钱柳叶质量控制与药理药效研究提供了依据。