定位于鸡选择性清扫区域的SH3RF2基因生物信息学分析

为了解鸡SH3RF2基因的结构与功能,由NCBI数据库获得鸡SH3RF2基因的mRNA和氨基酸序列数据信息,利用NCBI/Blast软件进行序列分析、同源性比对确定鸡SH3RF2基因的3’UTR区序列。在此基础上,利用公共数据库和相关软件对SH3RF2基因的CDS(coding sequence)区和其3’UTR(untranslated region)区进行了MicroRNA靶标的预测分析,进一步利用生物信息学相关数据库对其蛋白理化性质和一级结构进行分析,模拟了其二级结构和空间结构并构建了SH3RF2蛋白的系统进化树。     

鸡StAR基因非同义单核苷酸多态性的生物信息学分析

以鸡StAR基因为研究对象,在分子水平上探究StAR编码区功能性位点。利用SIFT,PolyPhen-2,PANTHER和PROVEAN等4种方法预测对nsSNPs进行分析预测有害位点,使用SWISS-MODEL, Consurf server,Pymol,I-Mutant 3.0等软件对有害nsSNPs位点进行蛋白质的空间结构、氨基酸间氢键的改变及蛋白稳定性等相关分析。结果表明:从StAR基因的nsSNPs位点筛选出来6个主要有害突变(V125G,M144R,N148T,T204P,C224W和L247Q)。其中,M144R,N148T和T204P这3个位点氢键数目和空间结构发生变化,M144R,N148T,C224W和L247Q这4个位点降低了StAR蛋白质的稳定性,且M144R,N148T,T204P,C224W和L247Q均为高保守性位点。预测M144R,N148T,T204P,C224W和L247Q这5个位点可能为鸡StAR基因的潜在功能性位点。     

鸡IFIT5基因单核苷酸多态性的生物信息学分析

为了筛选鸡IFIT5基因潜在的、具有生物学功能的nsSNPs(nonsense Single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点和UTR-SNPs(untranslated regions-SNPs)位点。利用5种SNPs在线工具对nsSNPs进行分析预测有害位点;使用SWISS-MODEL,Pymol,Consurf server等软件对有害nsSNPs位点进行蛋白质的空间结构,氨基酸的氢键变化,及保守型等进行相关分析。此外,对UTR-SNPs位点使用UTRScan分析预测其结合模式元件是否改变。结果表明:从IFIT5基因的nsSNPs位点筛选出来的6个有害nsSNPs位点(L220I,L223M,L223V,Y375C,E391G和Y414D)都为潜在性功能位点,其中E391G位点最可能影响蛋白的结构和功能。从UTR-SNPs筛选出9个位于uORF的位点可能影响IFIT5基因的转录模式。     

鸡TLR1A基因2个SNP位点功能分析及与坝上长尾鸡沙门氏菌感染抗性的相关分析

为确定鸡TLR1A基因g.926G>A和g.1076G>C等2个nsSNP位点多态性及其功能意义,采用CRS-PCR-RFLP方法检测了310只坝上长尾鸡(阳性127只,阴性183只)TLR1A基因2个nsSNP位点的多态性、二者与沙门氏菌抗性的关联,并对其进行生物信息学与适应性进化分析。结果表明,g.926G>A(S309N)和g.1076G>C(R359P)与鸡沙门氏菌易感性显著相关(P<0.05)。其中,S309N在种间种内水平均受到正选择压力;R359P在种内受到正选择压力。二者均具有有害性,且后者蛋白稳定性较低。鸡TLR1A基因的g.926G>A和g.1076G>C位点可作为鸡抗病育种中潜在的功能性位点。