基于核糖体小亚基DNA序列的鼠尾藻系统发生分析

通过制备野生鼠尾藻基因组DNA,用同源克隆技术获得鼠尾藻的SSU rDNA序列。该序列长度为1 784 bp,A、G、T、C 4种碱基的含量分别为24.66%、27.75%、26.35%和21.24%,序列已提交至GenBank,登录号为JN604979。选用GenBank数据库中已有的褐藻SSU rDNA序列构建系统发生树,结果显示:鼠尾藻与半叶马尾藻,铜藻以及Sargassum macrocarpum聚为一支,并且与半叶马尾藻的亲缘关系最近。     

采用基于GSS序列的极大节旋藻(Arthrospira maxima)的基因克隆策略及其应用实例

电子克隆是随着基因组计划的实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法,已经公布的极大节旋藻GSS序列使得电子克隆极大节旋藻的功能基因成为可能.为建立极大节旋藻功能基因的高效克隆策略,应建立利用GSS序列克隆极大节旋藻功能基因的基本策略并加以应用.具体操作方法：对dbGSS数据库中的605条极大节旋藻GSS序列进行拼接及功能注释,并在分析编码区完整性的基础上设计引物并进行PCR扩增以获得基因全长序列,利用以上策略成功克隆了极大节旋藻功能基因ureaseβ和dUTPase的全长序列.     

极大节旋藻气囊蛋白基因gvpA克隆与序列分析

为了研究极大节旋藻气囊蛋白的分子生物学特性,并为gvpA基因的研究提供基础材料,在对极大节旋藻GSS序列分析的基础上,采用PCR技术克隆了gvpA基因的全长序列,并进行了相关分析。结果表明极大节旋藻gvpA基因编码区的GC含量为42.92%,核苷酸序列和蛋白序列与Planktothrix agardhii的gvpA基因相似性最高(79.4%,97.2%),其次是Pseudanabaena sp.PCC6901(75.3%,94.4%)。系统发生分析表明极大节旋藻gvpA基因与Planktothrix agardhii的gvpA基因同源性最高(89%ML,85%MP,89%NJ)。