进化生态学的若干重要问题

在分析进化生态学的种种提法的基础上作者主张用Ｏｒｉａｎｓ＆Ｌａｃｋ的定义来规范进化生态学。生态适应是进化生态学的最基本概念，进化生态学就是关于生态适应进化规律的科学；作者还强调了进化生态学在生命科学和生态学中的地位以及它与生态遗传学的关系。此外，文中提到了进化生态学研究中存在的目的论倾向以及平衡理论中存在的问题。     

从基于结构定义的序列模体识别蛋白质的超家族

以进化上相距较远的蛋白质酪氨酸磷酸酶Ⅰ和Ⅱ为例，通过结构比较和基于结构的序列比对及共同保守区域残基替换模式的分析，定义了基于结构的序列模体。利用这种新的模体对SWISS－PROT和TrEMBL蛋白质序列进行搜索，可特异性地同时识别磷酸酶Ⅰ和Ⅱ，其识别正确率可达98．4％，而在此之前，尚未见可同时识别磷酸酶Ⅰ和Ⅱ序列模体的报道。     

SARS及其它冠状病毒基因组组织结构和序列的初步比较分析

严重急性呼吸综合症(Severeacuterespiratorysydrome,SARS)是一种全新的传染性疾病,它可能主要是由冠状病毒的一个变种引起的.本文比较SARS及其它冠状病毒基因组组织结构和序列变异的情况,初步的结果表明:①尽管SARS病毒与冠状病毒属的另外6种病毒基因组序列上有较大的差异,但是它们具有较相似的基因组组织结构;②SARS病毒与牛冠状病毒、鼠肝炎病毒具有较近的系统发育关系;③虽然SARS病毒扩散的时间极短,但来自不同地区SARS病毒的DNA序列却存在一些突变,且这些突变又大多是改变氨基酸序列的非同义突变.     

人类基因中同义密码子的偏好与密码子-反密码子间的结合强度密切相关吗?

分析了78个人类基因（19967个密码子）中同义密码子的偏好使用情况,计算了同义密码子的相对使用度和各种二核苷酸在密码子2,3位和3,4位的相对出现频率,同时计算了密码子－－反密码子碱基以Watson-Crick配对时的堆积能,结果显示人类基因对同义密码子的选择以所有密码子家族中都呈现明显一致的偏好;即偏好使用密码子－反密码子结合作用强的密码子,恰好是以C结尾的密码子,避免使用结合作用中度的密码子,依据结果和数据分析,推测人类基因对密码子的选择除了受基因组结构中isochore和genome sigature的影响外,还和密码子－反密码子结合强度密切相关,这些因素共同作用于人类基因,从而在所有密码子家族中都呈现出对同义密码子明显一致的偏好现象。     

遗传物质与遗传信息的传递

蛋白质也可作为遗传信息的载体。在真核生物(尤其是在高等真核生物)中,蛋白质或DNA—蛋白质复合物可能是遗传的主要物质基础。遗传信息可能沿蛋白质→DNA→RNA→蛋白质传递。     

真核生物DNA连接酶Ⅲ的功能演化

DNA连接酶Ⅲ被认为只存在于脊椎动物,并在细胞核DNA的修复和线粒体DNA的复制和修复过程中发挥功能.虽然近来有关于无脊椎动物中存在着DNA连接酶Ⅲ的报道,但其功能演化及在无脊椎动物中的分布仍不清楚.为进一步探讨DNA连接酶Ⅲ的功能演化,进行了数据库搜索、线粒体定位信号(MLS)预测和功能位点保守性分析等.研究结果显示:DNA连接酶Ⅲ在变形虫、动物界和领鞭毛虫中广泛存在,但其在真菌界等发生整个蛋白或部分结构域的丢失;很多物种的DNA连接酶Ⅲ不含线粒体定位信号,因此,它们不太可能在线粒体中发挥作用,而参与细胞核DNA的修复是DNA连接酶Ⅲ较为古老和保守的功能.     

从基于结构定义的序列模体识别蛋白质的超家族

以进化上相距较远的蛋白质酪氨酸磷酸酶Ⅰ和Ⅱ为例, 通过结构比较和基于结构的序列比对及共同保守区域残基替换模式的分析, 定义了基于结构的序列模体. 利用这种新的模体对SWISS-PROT和TrEMBL蛋白质序列库进行搜索, 可特异性地同时识别磷酸酶Ⅰ和Ⅱ, 其识别正确率可达98.4%. 而在此之前, 尚未见可同时识别磷酸酶Ⅰ和Ⅱ序列模体的报道.     

生态结构与结构生态学

本文提出了生态结构的概念。生态结构可以理解为生态单位（或生态实体）中构成要素的关系格局,可分为一级结构、二级结构和三级结构。文中还讨论了生态结构的动态特征、进化特征、耗散特征和多样性特征。在此基础上提出了结构生态学。结构生态学是以生态结构作为研究对象,其基本研究内容包括：生态结构的特征、生态结构与功能的关系、生态结构的动态与进化、生态结构的设计和保护。作者相信用“生态结构”这一概念来表述生态学研究中涉及的各种结构现象,并将此作为结构生态学的研究对象将会引起更多的注意,获得更多的成果,使学科间的综合有更坚实的基础。     

蛋白质内含子的特征序列分析及模体修正

自从1990年在Saccharomydes cervisiae腺苷三磷酸核酸酶中发现第1个蛋白质内含子（Sce VMA)后，蛋白质内含子的数量在不断增多，分析这些新的蛋白质内含子序列，对正确认识它们的序列特征是非常必要的，通过系统搜索核酸以及蛋白质序列数据库，收集到蛋白质内含子101个，其中含LAGLI－DADG自导引核酸内切酶模体的蛋白质内含子序列69个，由于典型蛋白质内含子是包含自导引核酸内酶模体的，而且占蛋白质内含子的绝大多数，所以只分析这69个典型蛋白质的含子，发现这些蛋白质内含了的分布在物种以及蛋白质种类之间都有其特殊性，通过多序列联配还发现了蛋白质内含子在序列上的一些新特征，并对已有的蛋白质内含子的模体进行修正。